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- PDB-9oa0: The human PHB1/2 complex (open) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9oa0
タイトルThe human PHB1/2 complex (open)
要素
  • Prohibitin 1
  • Prohibitin-2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / SPFH / Mitochondria / PHB1 / PHB2
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial prohibitin complex / regulation of cardiolipin metabolic process / regulation of cytochrome-c oxidase activity / : / complement component C3a binding / proteinase activated receptor binding / host-mediated perturbation of viral RNA genome replication / regulation of branching involved in mammary gland duct morphogenesis / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / Processing of SMDT1 ...mitochondrial prohibitin complex / regulation of cardiolipin metabolic process / regulation of cytochrome-c oxidase activity / : / complement component C3a binding / proteinase activated receptor binding / host-mediated perturbation of viral RNA genome replication / regulation of branching involved in mammary gland duct morphogenesis / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / Processing of SMDT1 / sphingolipid binding / negative regulation of nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / T-helper 17 type immune response / Cellular response to mitochondrial stress / RIG-I signaling pathway / positive regulation of complement activation / mammary gland branching involved in thelarche / complement component C3b binding / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / : / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / cellular response to interleukin-6 / mammary gland epithelial cell proliferation / sister chromatid cohesion / positive regulation of immunoglobulin production / DNA biosynthetic process / positive regulation of interleukin-17 production / progesterone receptor signaling pathway / B cell activation / mammary gland alveolus development / : / : / mitophagy / estrogen receptor signaling pathway / epigenetic regulation of gene expression / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / antiviral innate immune response / nuclear estrogen receptor binding / cell periphery / mitochondrion organization / RAF activation / negative regulation of cell growth / negative regulation of protein catabolic process / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / histone deacetylase binding / nuclear matrix / protein import into nucleus / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / osteoblast differentiation / transcription corepressor activity / positive regulation of neuron apoptotic process / cell migration / regulation of apoptotic process / early endosome / mitochondrial outer membrane / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / mitochondrial inner membrane / protein stabilization / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / symbiont entry into host cell / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / cell surface / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Prohibitin / Band 7 domain / SPFH domain / Band 7 family / prohibitin homologues / Band 7/SPFH domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Prohibitin 1 / Prohibitin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Gao, J. / Shao, S. / Sherpa, D. / Kupko, N.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)AG073277 米国
David and Lucile Packard Foundation 米国
Richard and Susan Smith Family Foundation 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structures of human organellar SPFH protein complexes.
著者: Jingjing Gao / Dawafuti Sherpa / Nikita Kupko / Haruka Chino / Jianwei Zeng / Sichen Shao /
要旨: Stomatin, Prohibitin, Flotillin, and HflK/C (SPFH) family proteins are found in all kingdoms of life and in multiple eukaryotic organelles. SPFH proteins assemble into homo- or hetero-oligomeric ...Stomatin, Prohibitin, Flotillin, and HflK/C (SPFH) family proteins are found in all kingdoms of life and in multiple eukaryotic organelles. SPFH proteins assemble into homo- or hetero-oligomeric rings that form domed structures. Most SPFH assemblies also abut a cellular membrane, where they are implicated in diverse functions ranging from membrane organization to protein quality control. However, the precise architectures of different SPFH complexes remain unclear. Here, we report single-particle cryo-EM structures of the endoplasmic reticulum (ER)-resident Erlin1/2 complex and the mitochondrial prohibitin (PHB1/2) complex, revealing assemblies of 13 heterodimers of Erlin1 and Erlin2 and 11 heterodimers of PHB1 and PHB2, respectively. We also describe key interactions underlying the architecture of each complex and conformational heterogeneity of the PHB1/2 complex. Our findings elucidate the distinct stoichiometries and properties of human organellar SPFH complexes and highlight common principles of SPFH complex organization.
履歴
登録2025年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Additional map / Part number: 2 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年12月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.12025年12月24日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prohibitin 1
B: Prohibitin 1
C: Prohibitin 1
D: Prohibitin 1
E: Prohibitin 1
F: Prohibitin 1
G: Prohibitin 1
H: Prohibitin 1
I: Prohibitin 1
J: Prohibitin 1
K: Prohibitin 1
a: Prohibitin-2
b: Prohibitin-2
c: Prohibitin-2
d: Prohibitin-2
e: Prohibitin-2
f: Prohibitin-2
g: Prohibitin-2
h: Prohibitin-2
i: Prohibitin-2
j: Prohibitin-2
k: Prohibitin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)732,93022
ポリマ－732,93022
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Prohibitin 1


分子量: 33288.652 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHB1, PHB / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P35232
#2: タンパク質
Prohibitin-2 / B-cell receptor-associated protein BAP37 / D-prohibitin / Repressor of estrogen receptor activity


分子量: 33341.355 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHB2, BAP, REA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99623
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human PHB1/2 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C11 (11回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 7010 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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