PDB-9o9r: Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase Cryptosporidiu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9o9r

タイトル

Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase Cryptosporidium parvum

要素

nucleoside-diphosphate kinase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.31 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase Cryptosporidium parvum
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2025年4月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9o9r.cif.gz	200.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9o9r.ent.gz	158.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9o9r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9o9r_validation.pdf.gz	432.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9o9r_full_validation.pdf.gz	432.7 KB	表示
XML形式データ	9o9r_validation.xml.gz	27.9 KB	表示
CIF形式データ	9o9r_validation.cif.gz	39 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/9o9r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/9o9r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: nucleoside-diphosphate kinase

B: nucleoside-diphosphate kinase

C: nucleoside-diphosphate kinase

ヘテロ分子

53.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.985, 69.985, 315.415
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-384- HOH
2	1	A-459- HOH
3	1	C-496- HOH

#1: タンパク質	nucleoside-diphosphate kinase 分子量: 17612.361 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム) 遺伝子: cgd4_1940 / プラスミド: CrpaA.01302.a.B2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5CR64, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 574 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.71 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Index HT C6: 1.5M ammonium sufate, 0.1M sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5. CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 8.9 mg/mL. plate 19658 C6 drop 1, Puck: PSL-0601, Cryo: Paratone-N and parafin oil (1:1)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年2月2日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.31→48.05 Å / Num. obs: 111176 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 36.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.156 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.158 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 22.9 / Num. measured all: 4047371
反射シェル	解像度: 1.31→1.34 Å / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 20.9 % / R_merge(I) obs: 1.304 / Num. measured all: 168206 / Num. unique obs: 8057 / CC_1/2: 0.564 / R_pim(I) all: 0.289 / R_rim(I) all: 1.336 / Χ²: 0.76 / Net I/σ(I) obs: 2.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21rc1_5156: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
SHELX		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.31→48.05 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1871	5522	4.98 %
R_work	0.1475	-	-
obs	0.1494	110988	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.31→48.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3497	0	55	574	4126

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3700
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.933	5019
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.909	1432
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	546
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	643

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.31-1.32	0.3514	184	0.2724	3437	X-RAY DIFFRACTION	99
1.32-1.34	0.2715	193	0.2345	3405	X-RAY DIFFRACTION	100
1.34-1.36	0.3095	193	0.2244	3435	X-RAY DIFFRACTION	100
1.36-1.37	0.2583	170	0.2124	3497	X-RAY DIFFRACTION	100
1.37-1.39	0.273	173	0.2118	3431	X-RAY DIFFRACTION	100
1.39-1.41	0.2755	189	0.1912	3454	X-RAY DIFFRACTION	100
1.41-1.43	0.2527	183	0.1837	3444	X-RAY DIFFRACTION	100
1.43-1.45	0.2361	193	0.1772	3442	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.48	0.2134	194	0.1722	3447	X-RAY DIFFRACTION	100
1.48-1.5	0.2344	166	0.164	3467	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5-1.53	0.2176	193	0.1606	3481	X-RAY DIFFRACTION	100
1.53-1.55	0.2172	175	0.1607	3475	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.58	0.2005	173	0.1502	3472	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.62	0.1939	197	0.1439	3445	X-RAY DIFFRACTION	100
1.62-1.65	0.2039	179	0.14	3477	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.69	0.2046	217	0.1402	3447	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.73	0.1869	212	0.1346	3466	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.78	0.1744	175	0.1342	3509	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.83	0.2039	193	0.1324	3477	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.89	0.1773	183	0.1321	3535	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.96	0.1612	172	0.1295	3512	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.04	0.1609	179	0.1246	3511	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.13	0.159	170	0.1222	3562	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.24	0.1662	186	0.1229	3529	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.38	0.1488	169	0.1266	3574	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.56	0.156	176	0.1304	3585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.82	0.1539	197	0.1403	3589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-3.23	0.177	159	0.1538	3659	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-4.07	0.1409	177	0.1318	3729	X-RAY DIFFRACTION	100
4.07-48.05	0.1961	202	0.1555	3973	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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