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- PDB-9o91: Structure of IKZF2:CRBN:Compound 5 ternary structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9o91
タイトルStructure of IKZF2:CRBN:Compound 5 ternary structure
要素
  • Protein cereblon
  • Zinc finger protein Helios
キーワードIMMUNE SYSTEM / Protein Degrader
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / locomotory exploration behavior / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of protein-containing complex assembly / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Potential therapeutics for SARS / transmembrane transporter binding / protein ubiquitination ...negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / locomotory exploration behavior / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of protein-containing complex assembly / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Potential therapeutics for SARS / transmembrane transporter binding / protein ubiquitination / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / perinuclear region of cytoplasm / zinc ion binding / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) ...: / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / PUA-like superfamily / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Protein cereblon / Zinc finger protein Helios
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Strickland, C.O. / Rice, C.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2025
タイトル: Overcoming CK1 alpha liability in the discovery of a series of isoIndolinone Glutarimides as selective IKZF2 molecular glue degraders.
著者: Zhang, X. / Deng, Q. / Dhruv, H. / Tudor, M. / Nagilla, R. / Jolivette, L.J. / Rice, C.T. / Orth, P. / Behshad, E. / Strickland, C.O. / Mohammad, H.P. / Sui, Z. / Priestley, E.S.
履歴
登録2025年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein cereblon
B: Zinc finger protein Helios
C: Protein cereblon
D: Zinc finger protein Helios
E: Protein cereblon
F: Zinc finger protein Helios
G: Protein cereblon
H: Zinc finger protein Helios
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,73720
ポリマ－62,4398
非ポリマー2,29712
水5,134285
1
A: Protein cereblon
B: Zinc finger protein Helios
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1845
ポリマ－15,6102
非ポリマー5743
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Protein cereblon
D: Zinc finger protein Helios
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1845
ポリマ－15,6102
非ポリマー5743
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Protein cereblon
F: Zinc finger protein Helios
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1845
ポリマ－15,6102
非ポリマー5743
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Protein cereblon
H: Zinc finger protein Helios
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1845
ポリマ－15,6102
非ポリマー5743
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.160, 70.180, 78.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Protein cereblon


分子量: 12309.062 Da / 分子数: 4 / 断片: CULT domain / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CRBN with 4 mutations to help crystallization: C318S, C322S, C343S, C366S
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRBN, AD-006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96SW2
#2: タンパク質・ペプチド
Zinc finger protein Helios / Ikaros family zinc finger protein 2


分子量: 3300.756 Da / 分子数: 4 / 断片: zinc finger domain 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IKZF2, HELIOS, ZNFN1A2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UKS7
#3: 化合物
ChemComp-A1CAC / (3S)-3-[(5M)-1-oxo-5-{4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione


分子量: 443.498 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H25N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.76 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Magnesium chloride 0.1 M TRIS pH 8.5 33 % w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.03321 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03321 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→46.2 Å / Num. obs: 41050 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.3 / Rpim(I) all: 0.123 / Rrim(I) all: 0.325 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 1.87→1.91 Å / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.91 / Num. measured all: 13878 / Num. unique obs: 2493 / CC1/2: 0.839 / Rpim(I) all: 0.412 / Rrim(I) all: 1.002 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I) obs: 3.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACTデータ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.86→46.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 3.487 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21758 2032 4.9 %RANDOM
Rwork0.17525 ---
obs0.17734 39620 98.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.661 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.38 Å2-0 Å2-0.4 Å2
2--2.84 Å20 Å2
3----2.45 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.86→46.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4258 0 140 285 4683
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0124532
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0164129
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5311.8056168
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5211.7489560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5745537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg10.272534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.07710721
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2663
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025187
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021033
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8581.8872172
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8561.8872172
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9363.3622701
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9383.3642702
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6012.1382360
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6012.1392361
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.1483.7773468
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.86324.015046
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.83523.165001
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.908 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 127 -
Rwork0.262 2750 -
obs--92.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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