PDB-9o8v: Apo Form of Photoactive Yellow Protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9o8v

タイトル

Apo Form of Photoactive Yellow Protein

要素

Photoactive yellow protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Photoreceptor / p-coumaric acid / chromophore / phototaxis

機能・相同性

機能・相同性情報

photoreceptor activity / phototransduction / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.29 Å

データ登録者

Fried, S.D.E. / Mukherjee, S.M. / Mathews, I.I. / Boxer, S.G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Covalent Drug Binding in Live Cells Monitored by Mid-IR Quantum Cascade Laser Spectroscopy: Photoactive Yellow Protein as a Model System.
著者: Mukherjee, S. / Fried, S.D.E. / Hong, N.Y. / Bagheri, N. / Kozuch, J. / Mathews, I.I. / Kirsh, J.M. / Boxer, S.G.

履歴

登録	2025年4月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年9月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9o8v.cif.gz	110.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9o8v.ent.gz	83.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9o8v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9o8v_validation.pdf.gz	430.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9o8v_full_validation.pdf.gz	430.5 KB	表示
XML形式データ	9o8v_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	9o8v_validation.cif.gz	18.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/9o8v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/9o8v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (4) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (2) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (2) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#207 - 2017年3月
光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein)
類似性 (4)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (2)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (2)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (2)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (2)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Photoactive yellow protein

B: Photoactive yellow protein

ヘテロ分子

28 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.631, 50.723, 71.252
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 132.93, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Photoactive yellow protein / PYP 分子量: 13888.575 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌) 遺伝子: pyp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH10B / 参照: UniProt: P16113
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.64 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: Ammonium Sulfate, Sodium chloride, Potassium phosphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年3月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.29→40 Å / Num. obs: 66798 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.7 % / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.065 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.073 / Χ²: 2.426 / Net I/σ(I): 13

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.3-1.32	4	0.708	3224	0.729	0.918	0.389	0.811	0.7	95.2
1.32-1.35	4.2	0.617	3271	0.813	0.947	0.33	0.702	0.753	97.5
1.35-1.37	4.4	0.593	3340	0.809	0.946	0.312	0.673	0.787	99.3
1.37-1.4	4.6	0.527	3333	0.852	0.959	0.273	0.596	0.89	98.8
1.4-1.43	4.6	0.464	3292	0.893	0.971	0.239	0.524	0.966	97.9
1.43-1.46	4.4	0.379	3241	0.908	0.976	0.2	0.431	1.091	95.3
1.46-1.5	5	0.325	3366	0.942	0.985	0.163	0.365	1.343	99.8
1.5-1.54	5.1	0.283	3392	0.96	0.99	0.141	0.317	1.55	99.8
1.54-1.59	5.1	0.234	3336	0.972	0.993	0.117	0.262	1.743	99.6
1.59-1.64	5	0.195	3381	0.978	0.994	0.099	0.22	1.973	99.5
1.64-1.7	4.9	0.163	3353	0.98	0.995	0.083	0.183	2.226	99.6
1.7-1.76	4.8	0.14	3379	0.98	0.995	0.073	0.158	2.615	99.6
1.76-1.84	4.7	0.113	3329	0.986	0.997	0.06	0.128	2.953	99.2
1.84-1.94	4.4	0.096	3338	0.987	0.997	0.053	0.11	3.46	97.1
1.94-2.06	4.3	0.081	3245	0.99	0.998	0.044	0.093	3.828	96.6
2.06-2.22	4.8	0.075	3387	0.991	0.998	0.04	0.085	4.17	99.6
2.22-2.45	4.7	0.069	3412	0.993	0.998	0.036	0.078	4.466	99.6
2.45-2.8	4.7	0.063	3388	0.994	0.998	0.033	0.071	4.338	99.1
2.8-3.53	4.4	0.054	3340	0.996	0.999	0.028	0.061	4.291	97.7
3.53-40	4.8	0.048	3451	0.996	0.999	0.024	0.054	3.882	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.29→38.3 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1853	3445	5.16 %
R_work	0.158	-	-
obs	0.1594	66760	98.05 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.29→38.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1752	0	6	171	1929

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	1811
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.352	2451
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.881	633
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1	261
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	324

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.29-1.31	0.3132	112	0.2697	2138	X-RAY DIFFRACTION	86
1.31-1.33	0.2771	172	0.2337	2462	X-RAY DIFFRACTION	97
1.33-1.35	0.2488	141	0.2196	2593	X-RAY DIFFRACTION	98
1.35-1.37	0.2342	144	0.2139	2527	X-RAY DIFFRACTION	99
1.37-1.39	0.3138	133	0.2436	2522	X-RAY DIFFRACTION	99
1.39-1.42	0.2737	155	0.2487	2548	X-RAY DIFFRACTION	98
1.42-1.44	0.2434	137	0.223	2446	X-RAY DIFFRACTION	96
1.44-1.47	0.2119	139	0.1886	2467	X-RAY DIFFRACTION	96
1.47-1.5	0.1721	150	0.1419	2534	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5-1.53	0.1718	137	0.1344	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
1.53-1.57	0.1719	137	0.1337	2549	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.61	0.1848	132	0.1352	2566	X-RAY DIFFRACTION	99
1.61-1.65	0.1744	143	0.1466	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.7	0.1757	123	0.1514	2557	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7-1.76	0.1771	152	0.1421	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.82	0.1826	157	0.1363	2556	X-RAY DIFFRACTION	99
1.82-1.89	0.1685	115	0.1369	2533	X-RAY DIFFRACTION	98
1.89-1.98	0.1873	123	0.1343	2456	X-RAY DIFFRACTION	95
1.98-2.08	0.1708	106	0.1453	2592	X-RAY DIFFRACTION	99
2.08-2.21	0.1674	123	0.138	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.38	0.1939	133	0.1467	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.62	0.1517	145	0.1617	2597	X-RAY DIFFRACTION	99
2.62-3	0.162	132	0.1767	2555	X-RAY DIFFRACTION	98
3-3.78	0.1723	143	0.1618	2538	X-RAY DIFFRACTION	97
3.78-38.3	0.2095	161	0.1567	2653	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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