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- PDB-9o7v: Crystal Structure of the RIb:C Heterodimer of PKA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9o7v
タイトルCrystal Structure of the RIb:C Heterodimer of PKA
要素
  • cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
  • cAMP-dependent protein kinase type I-beta regulatory subunit
キーワードTRANSFERASE / cAMP-dependent protein kinase / regulatory subunit / N3A motif / allosteric crosstalk
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of fear response / spontaneous exocytosis of neurotransmitter / PKA activation in glucagon signalling / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / negative regulation of meiotic cell cycle / HDL assembly / positive regulation of triglyceride catabolic process / DARPP-32 events / Rap1 signalling / PKA activation ...positive regulation of fear response / spontaneous exocytosis of neurotransmitter / PKA activation in glucagon signalling / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / negative regulation of meiotic cell cycle / HDL assembly / positive regulation of triglyceride catabolic process / DARPP-32 events / Rap1 signalling / PKA activation / Regulation of insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / GPER1 signaling / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Hedgehog 'off' state / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / AURKA Activation by TPX2 / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / MAPK6/MAPK4 signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / CD209 (DC-SIGN) signaling / RET signaling / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Mitochondrial protein degradation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / nucleotide-activated protein kinase complex / Ion homeostasis / regulation of cellular respiration / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / regulation of synaptic vesicle cycle / histone H1-4S35 kinase activity / cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / negative regulation of glycolytic process / cAMP-dependent protein kinase activity / cellular response to parathyroid hormone stimulus / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cAMP-dependent protein kinase complex / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / interleukin-2-mediated signaling pathway / PKA activation / regulation of osteoblast differentiation / sperm capacitation / cellular response to cold / ciliary base / protein kinase A regulatory subunit binding / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / protein kinase A catalytic subunit binding / intracellular potassium ion homeostasis / mesoderm formation / TORC1 signaling / PKA activation in glucagon signalling / plasma membrane raft / DARPP-32 events / cAMP/PKA signal transduction / axoneme / sperm flagellum / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / cAMP binding / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / renal water homeostasis / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / Hedgehog 'off' state / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / multivesicular body / negative regulation of TORC1 signaling / regulation of proteasomal protein catabolic process / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / lipid droplet / cellular response to glucagon stimulus / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / cellular response to nutrient levels / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of gluconeogenesis / acrosomal vesicle / positive regulation of protein export from nucleus / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / positive regulation of long-term synaptic potentiation / negative regulation of smoothened signaling pathway / neuromuscular junction / neural tube closure / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / cellular response to glucose stimulus / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / modulation of chemical synaptic transmission / Schaffer collateral - CA1 synapse / small GTPase binding / mRNA processing / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion
類似検索 - 分子機能
RIbeta, dimerization/docking domain / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site ...RIbeta, dimerization/docking domain / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / RmlC-like jelly roll fold / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / cAMP-dependent protein kinase type I-beta regulatory subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Wu, J. / Ilouz, R. / Taylor, S.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Office of the DirectorGM130389 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2025
タイトル: N3A motifs in RI beta mediate allosteric crosstalk between cAMP and ATP in PKA activation.
著者: Wu, J. / Bruystens, J.G.H. / Sahoo, P. / Bubis, J. / Maillard, R.A. / Taylor, S.S. / Ilouz, R.
履歴
登録2025年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
B: cAMP-dependent protein kinase type I-beta regulatory subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,7882
ポリマ－83,7882
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3620 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area27610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.497, 103.497, 313.382
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha


分子量: 40657.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Prkaca, Pkaca / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05132, cAMP-dependent protein kinase
#2: タンパク質 cAMP-dependent protein kinase type I-beta regulatory subunit


分子量: 43130.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKAR1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31321
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 1.4M ammonium sulfate and 0.1M sodium acetate at pH 5.3.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: under liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→50 Å / Num. obs: 11338 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 30.8
反射 シェル解像度: 3.7→3.78 Å / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 8.4 / Num. unique obs: 638 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7_650精密化
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.7→46.371 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2931 537 4.76 %
Rwork0.2313 --
obs0.2343 11271 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 82.261 Å2 / ksol: 0.311 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.5577 Å20 Å2-0 Å2
2--13.5577 Å20 Å2
3----27.1155 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→46.371 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4902 0 0 0 4902
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0135012
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.0526785
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4271849
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.108738
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01876
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7-4.07280.30671210.26852594X-RAY DIFFRACTION99
4.0728-4.66160.27631340.21252611X-RAY DIFFRACTION100
4.6616-5.87130.28321440.23612669X-RAY DIFFRACTION100
5.8713-46.370.30191380.2252860X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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