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万見
- PDB-9o7m: Cryo-EM Structure of YfdQ Reveals a Widespread Novel Family of Ba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9o7m
タイトルCryo-EM Structure of YfdQ Reveals a Widespread Novel Family of Bacteriophage-Associated Proteins with Shell-Like Assemblies
要素YfdQ Protein
キーワードVIRAL PROTEIN / D18 symmetry / shell-like structure / DUF2303 / YfdQ
生物種Caudoviricetes (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Guzzo, C.R. / Araujo, G.G. / Merighi, D.G.S.
資金援助 ブラジル, 4件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2017/15340-2 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2022/08730-7 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2017/17303-7, 2021/10577-0 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2023/13894-1, 2023/16089-2 ブラジル
引用ジャーナル: Structure / 年: 2026
タイトル: Cryo-EM structure of YfdQ reveals a widespread family of bacteriophage-associated proteins with shell-like assemblies.
著者: Davi Gabriel Salustiano Merighi / Guilherme Camargo Pompeu / Gabriel Guarany de Araujo / Anacleto Silva de Souza / Germán Gustavo Sgro / Chuck Shaker Farah / Cristiane Rodrigues Guzzo /
要旨: Bacteriophages are key players in microbial ecosystems with strong biotechnological potential, yet many phage-encoded proteins remain uncharacterized. We present the structure of the YfdQ complex ...Bacteriophages are key players in microbial ecosystems with strong biotechnological potential, yet many phage-encoded proteins remain uncharacterized. We present the structure of the YfdQ complex from the Xanthomonas citri ΦXacm4-11 phage, a conserved DUF2303 protein encoded by double-stranded DNA bacteriophages of the Caudoviricetes class. Using cryo-electron microscopy, we report that native YfdQ assembles into a shell-like structure with D18 symmetry forming a ∼1.1 MegaDalton complex, a hollow interior and a unique equatorial β strand stitching oligomerization interface that holds together the two hemispheres. YfdQ homologs are widely distributed among phages infecting diverse bacterial hosts, suggesting a conserved biological role. YfdQ are found in prophages and cryptic phages. Our results suggest that heterologous expression of YfdQ in X. citri and in Escherichia coli allows the obtention of structurally heterogeneous YfdQ complexes, suggesting that its proper assembly into the shell-like structure may depend on still unidentified viral factors.
履歴
登録2025年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月8日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月8日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月8日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月8日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月8日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月8日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月8日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: YfdQ Protein
D: YfdQ Protein
E: YfdQ Protein
F: YfdQ Protein
G: YfdQ Protein
H: YfdQ Protein
I: YfdQ Protein
J: YfdQ Protein
K: YfdQ Protein
L: YfdQ Protein
M: YfdQ Protein
N: YfdQ Protein
O: YfdQ Protein
P: YfdQ Protein
Q: YfdQ Protein
R: YfdQ Protein
S: YfdQ Protein
T: YfdQ Protein
U: YfdQ Protein
V: YfdQ Protein
W: YfdQ Protein
X: YfdQ Protein
Y: YfdQ Protein
Z: YfdQ Protein
a: YfdQ Protein
b: YfdQ Protein
c: YfdQ Protein
d: YfdQ Protein
e: YfdQ Protein
f: YfdQ Protein
g: YfdQ Protein
h: YfdQ Protein
i: YfdQ Protein
j: YfdQ Protein
k: YfdQ Protein
l: YfdQ Protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,060,45636
ポリマ－1,060,45636
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 ...
YfdQ Protein


分子量: 29457.115 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caudoviricetes (ウイルス) / 株: phiXacm4-11
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: YfdQ pprotein complex / タイプ: COMPLEX / 詳細: YfdQ / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 1.059 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Caudoviricetes (ウイルス) / 株: phiXacm4-11
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Xanthomonas citri pv. citri str. 306 / 株: 306
緩衝液pH: 7.5
詳細: 50 mM Tris-HCl, 100 mM NaCl, 10 mM MgSO47(H2O), pH 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: native particles produced during phiXacm4-11 infection
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K
詳細: A purified YfdQ proteins were pipetted over Glow-Discharged Quantifoil CU-R2/2 400 Mesh grids with a 2 nm ultrathin carbon layer and vitrified by plunge-freezing using a Vitrobot (Thermo ...詳細: A purified YfdQ proteins were pipetted over Glow-Discharged Quantifoil CU-R2/2 400 Mesh grids with a 2 nm ultrathin carbon layer and vitrified by plunge-freezing using a Vitrobot (Thermo Fisher Scientific). The sample was drained by 3.5 s blot and 0 force, and 4.5 s and 0 force programs.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 0.001 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
撮影電子線照射量: 44.89 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
詳細: Data were acquired using a Titan Krios G3i cryo-electron microscope, 300 kV (Thermo Fisher Scientific), at the LNNano facility, CNPEM, Campinas, Brazil. The microscope was equipped with a 4k- ...詳細: Data were acquired using a Titan Krios G3i cryo-electron microscope, 300 kV (Thermo Fisher Scientific), at the LNNano facility, CNPEM, Campinas, Brazil. The microscope was equipped with a 4k-4k CMOS camera, phase plate, spherical aberration corrector, and Falcon 3 detector without energy filter or a K3 detector with energy filter. For the native YfdQ dataset, data collection utilized the Falcon 3 detector in counting mode.

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
4cryoSPARCCTF補正
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9Cootモデル精密化
画像処理詳細: Using CryoSPARC, patch motion correction and patch CTF estimation jobs were run before using a combination of Blob Picker and Template Picker in micrograph subsets to obtain a stack of ...詳細: Using CryoSPARC, patch motion correction and patch CTF estimation jobs were run before using a combination of Blob Picker and Template Picker in micrograph subsets to obtain a stack of 369,017 particles after extraction in 460-460 pixel boxes. Rounds of 2D classification were used to select the particles that contributed to the best resolved classes. The chosen 249,600 particles were used to reconstruct an ab Initio model using D18 symmetry inferred from the 2D classes (C1 did not produce shell-like models). Homogeneous refinement using this volume as input and maintaining the symmetry yielded an interpretable model at 3.85 A resolution. To assess possible heterogeneities, a 3D classification job was run (C1 symmetry, 10 classes), but no other shell configurations could be observed. A non-uniform refinement with applied D18 symmetry of the 237,960 particles from the largest class yielded the final 3.44 A resolution map.
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: D18 (2回x18回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 237960 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
精密化最高解像度: 3.9 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00269480
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.51793960
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.0479756
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03910800
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00312312

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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