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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9o68
タイトルCrystal Structure of Tryptophanyl-tRNA synthetase from Klebsiella aerogenes (tryptophan bound)
要素Tryptophan--tRNA ligase
キーワードLIGASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Tryptophanyl-tRNA synthetase / Klebsiella aerogenes
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan-tRNA ligase / tryptophanyl-tRNA aminoacylation / tryptophan-tRNA ligase activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tryptophan-tRNA ligase, bacterial-type / : / Tryptophan-tRNA ligase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
TRYPTOPHAN / Tryptophan--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00036 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD030394 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Tryptophanyl-tRNA synthetase from Klebsiella aerogenes (tryptophan bound)
著者: Seibold, S. / Lovell, S. / Battaile, K.P.
履歴
登録2025年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan--tRNA ligase
B: Tryptophan--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,53210
ポリマ-79,5322
非ポリマー9998
2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5750 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area26380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.054, 120.798, 55.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tryptophan--tRNA ligase / Tryptophanyl-tRNA synthetase / TrpRS


分子量: 39766.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア)
遺伝子: trpS, EAE_05135 / プラスミド: KlaeA.00241.a.UX1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3FKK2, tryptophan-tRNA ligase

-
非ポリマー , 5種, 156分子

#2: 化合物 ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C11H12N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / : C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.65 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: Berkeley

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年12月15日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→48.88 Å / Num. obs: 34439 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.069 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 120058
反射 シェル解像度: 2.15→2.22 Å / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.551 / Num. measured all: 9365 / Num. unique obs: 2868 / CC1/2: 0.769 / Rpim(I) all: 0.353 / Rrim(I) all: 0.657 / Χ2: 1 / Net I/σ(I) obs: 2.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_5660精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→48.88 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2225 1710 4.97 %
Rwork0.1799 --
obs0.1821 34400 97.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→48.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4900 0 64 148 5112
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035058
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5666860
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5181832
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041773
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005891
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.210.29881310.2342596X-RAY DIFFRACTION94
2.21-2.280.24851590.20732675X-RAY DIFFRACTION97
2.28-2.370.23761540.1982710X-RAY DIFFRACTION98
2.37-2.460.23581600.19492747X-RAY DIFFRACTION98
2.46-2.570.23791230.18252726X-RAY DIFFRACTION98
2.57-2.710.29141210.18572757X-RAY DIFFRACTION98
2.71-2.880.24461450.19222742X-RAY DIFFRACTION99
2.88-3.10.27121560.20922749X-RAY DIFFRACTION99
3.1-3.410.23281410.1852706X-RAY DIFFRACTION98
3.41-3.910.20361360.16662770X-RAY DIFFRACTION99
3.91-4.920.17461370.14612780X-RAY DIFFRACTION99
4.92-48.880.2151470.18752732X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3996-0.9795-0.72190.72820.241.9986-0.0344-0.4976-0.11450.1680.01740.1673-0.0275-0.15510.02720.31980.0258-0.01230.464-0.02680.33611.8713.8719.872
20.4767-0.499-0.14161.54590.36620.78970.0063-0.12460.02260.22070.02310.03320.03190.0152-0.03760.30790.025-0.00630.3527-0.02150.24968.046-5.244.421
34.1332-0.6243-1.39710.73530.6180.9822-0.1057-0.6228-0.07970.24550.1637-0.14430.06140.4369-0.21040.3930.048-0.08470.4556-0.00220.38758.2710.12416.253
42.98540.0222-0.37942.726-0.46563.0169-0.1193-0.0161-0.2550.19220.1908-0.04570.08180.0537-0.0840.35030.0113-0.01410.34870.01210.2929-13.9476.20526.05
51.1286-0.1371-2.81560.38260.43866.92260.05250.1647-0.05050.0356-0.26840.1304-0.7731-0.78470.12230.35460.0884-0.01670.4306-0.01990.3524-13.91212.60711.227
62.7644-1.5832-0.81741.8730.86270.5671-0.0435-0.06770.3407-0.15670.2018-0.3888-0.13540.0919-0.13790.3381-0.0460.02690.35970.00340.318214.7231.06-7.701
72.003-0.4773-1.28592.52961.03251.1974-0.2133-0.1429-0.0450.27050.046-0.36270.3659-0.06710.14850.3237-0.0370.02240.2847-0.03380.422422.414-26.348-23.616
82.1735-0.382-0.38761.27330.07921.9470.08740.0090.0085-0.13540.0352-0.1839-0.08530.0506-0.13970.28930.02530.01550.2658-0.00680.31923.689-19.044-20.868
91.5949-0.50640.24180.39150.26822.06910.02520.0406-0.3258-0.02280.07010.03170.23270.0644-0.04170.32270.0086-0.01610.31070.00490.38219.806-22.286-8.85
103.0913-2.2781-1.06591.67570.62110.4704-0.0687-0.0751-0.3878-0.0050.0060.11940.07210.05820.08080.3393-0.0359-0.0680.3265-0.00430.4989.938-30.098-16.23
111.61191.06760.0264.5025-0.89992.0431-0.1397-0.0206-0.3930.39710.0944-1.10340.1682-0.05190.05810.51340.01760.0240.4679-0.07660.66736.261-43.948-25.92
120.15510.2754-0.08363.8260.44580.7852-0.10390.4711-0.1294-1.20790.1786-1.00040.0211-0.0244-0.12990.5409-0.07220.20.5551-0.12010.607937.706-34.807-33.332
132.3946-0.8636-1.07540.55010.2191.29160.23290.34460.1277-0.1304-0.1263-0.0284-0.1867-0.2067-0.17550.3550.03630.02350.29840.03820.34511.909-7.566-18.878
141.4091-0.5790.762.67131.40652.4519-0.0661-0.4729-0.41660.24730.40020.19530.1193-0.2626-0.26550.36070.034-0.04110.81920.49651.290311.535-15.193-3.561
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 2:24 )A2 - 24
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 25:168 )A25 - 168
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 169:190 )A169 - 190
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 191:269 )A191 - 269
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 270:298 )A270 - 298
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 299:334 )A299 - 334
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 2:24 )B2 - 24
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 25:86 )B25 - 86
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 87:147 )B87 - 147
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 148:193 )B148 - 193
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 194:254 )B194 - 254
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 255:298 )B255 - 298
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 299:334 )B299 - 334
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN A AND RESID 401:401 ) OR ( CHAIN B AND RESID 401:401 )A401
15X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN A AND RESID 401:401 ) OR ( CHAIN B AND RESID 401:401 )B401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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