PDB-9o66: Crystal Structure of Tryptophanyl-tRNA synthetase from Klebsiella...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9o66

タイトル

Crystal Structure of Tryptophanyl-tRNA synthetase from Klebsiella aerogenes

要素

Tryptophan--tRNA ligase

キーワード

LIGASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Tryptophanyl-tRNA synthetase / Klebsiella aerogenes

機能・相同性

機能・相同性情報

tryptophan-tRNA ligase / tryptophanyl-tRNA aminoacylation / tryptophan-tRNA ligase activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Tryptophanyl-tRNA synthetase from Klebsiella aerogenes
著者: Seibold, S. / Lovell, S. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2025年4月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9o66.cif.gz	259.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9o66.ent.gz	207.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9o66.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9o66_validation.pdf.gz	456.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9o66_full_validation.pdf.gz	464.1 KB	表示
XML形式データ	9o66_validation.xml.gz	28.8 KB	表示
CIF形式データ	9o66_validation.cif.gz	37.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/9o66 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/9o66	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (2) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (2)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tryptophan--tRNA ligase

B: Tryptophan--tRNA ligase

ヘテロ分子

79.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	153.156, 75.510, 56.754
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.93, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Tryptophan--tRNA ligase / Tryptophanyl-tRNA synthetase / TrpRS 分子量: 39766.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア) 遺伝子: trpS, EAE_05135 / プラスミド: KlaeA.00241.a.UX1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3FKK2, tryptophan-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.06 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Morpheus A1: 20%(v/v) PEG 500 MME, 10%(w/v) PEG 20000, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 30 mM MgCl2 and 30 mM CaCl2. KlaeA.00241.a.UX1.PW39324 at 11.1 mg/mL. plate 19612 A1 drop 1. Puck: PSL-1906, Cryo: Direct

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年12月15日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→47.77 Å / Num. obs: 37570 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.978 / R_merge(I) obs: 0.173 / R_pim(I) all: 0.073 / R_rim(I) all: 0.188 / Χ²: 1.06 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 251613
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 1.098 / Num. measured all: 20511 / Num. unique obs: 3047 / CC_1/2: 0.618 / R_pim(I) all: 0.456 / R_rim(I) all: 1.191 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I) obs: 2.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_5660	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→43.27 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.247	1840	4.9 %
R_work	0.2014	-	-
obs	0.2036	37529	99.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4807	0	11	169	4987

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4937
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.544	6705
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.073	1782
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	757
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	880

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.16	0.3128	145	0.2691	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.22	0.2905	155	0.2554	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.29	0.3193	136	0.2835	2712	X-RAY DIFFRACTION	98
2.29-2.37	0.2808	134	0.2289	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.47	0.2795	139	0.2168	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.58	0.2426	139	0.2119	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.72	0.2234	141	0.2003	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.89	0.2494	160	0.1948	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-3.11	0.2656	148	0.203	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.42	0.2668	121	0.1968	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.92	0.2056	132	0.1839	2757	X-RAY DIFFRACTION	99
3.92-4.93	0.2114	146	0.162	2754	X-RAY DIFFRACTION	99
4.94-43.27	0.2382	144	0.1963	2831	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7379	-0.5163	-1.42	2.2525	-0.6671	1.7242	-0.2602	-0.5943	0.4906	0.8907	-0.0846	0.2393	-0.2739	0.1238	0.336	0.4597	-0.0391	0.0534	0.3749	-0.0342	0.3839	16.671	-0.5707	25.4032
2	0.9047	0.1256	-0.1855	1.2301	-0.1181	1.1547	0.0138	-0.1059	0.017	0.1793	-0.0225	0.2133	-0.0377	-0.0929	0.0117	0.2387	-0.0015	0.0117	0.1652	-0.012	0.1832	25.5075	2.1569	17.7948
3	0.6112	0.3377	-0.46	0.3151	0.0662	3.6636	0.16	-0.0906	0.0758	0.4533	-0.0097	0.1502	0.18	-0.8152	-0.0948	0.5711	0.0054	-0.0051	0.3763	-0.0097	0.4049	16.7784	9.5126	25.41
4	1.9162	-0.7146	1.1094	2.409	2.1108	3.6329	0.2782	-0.1685	-0.1297	-0.1934	-0.3363	-0.126	0.3255	-0.3323	0.1193	0.6207	-0.0745	0.0904	0.6103	-0.08	0.6328	17.4098	-1.2242	43.8968
5	0.9212	-0.223	0.3486	0.9893	0.3758	1.0871	0.043	-0.3838	0.4328	0.139	-0.4652	0.6709	-0.0628	-0.6044	0.3842	0.494	-0.1229	0.1239	0.7079	-0.2727	0.8739	4.3425	1.4842	42.6794
6	0.9766	0.7366	-1.2735	0.9209	-1.0986	2.3153	-0.0806	0.004	-0.1677	0.0384	-0.017	0.0716	0.456	-0.1221	0.0603	0.3472	-0.0705	-0.0056	0.1943	-0.0151	0.2575	26.7789	-8.3496	6.9259
7	2.2418	-0.0032	-0.9357	0.071	0.2943	1.6096	0.064	-0.0768	0.3438	-0.3218	-0.0715	-0.4464	-0.0463	0.311	-0.0044	0.2827	-0.0027	0.0135	0.3201	0.0438	0.2921	57.9055	-3.0469	-2.1337
8	0.4778	-0.1784	-0.5704	0.9098	0.7444	1.3241	-0.0141	-0.0635	0.0162	0.0321	0.0192	-0.0831	0.0032	0.1525	-0.0071	0.212	-0.0168	-0.0246	0.1923	0.0032	0.1473	48.0085	-1.4224	2.3103
9	1.731	-1.4739	-0.1075	3.028	0.2978	1.1556	0.1199	-0.1617	0.2105	-0.2686	0.0231	-0.2501	-0.0465	0.4062	-0.1689	0.2442	-0.0392	-0.0184	0.2439	-0.0205	0.145	50.1313	-0.9171	10.6627
10	3.3588	0.6265	-0.633	3.6957	-0.8907	3.2066	-0.1708	0.1279	0.5615	-0.1022	0.0611	-0.4935	-0.1949	0.4844	0.0783	0.2775	-0.0528	-0.0706	0.3126	-0.0229	0.2796	53.8412	-0.4144	18.4901
11	1.9179	0.968	-2.2347	1.5587	-1.8335	3.0641	-0.2582	-0.2698	0.0242	-0.1416	-0.0542	-0.3704	0.0332	0.605	0.3231	0.245	-0.1241	-0.0993	0.4445	-0.0158	0.3461	62.6452	-1.3762	6.2484
12	2.0687	1.0868	0.1749	3.0647	0.3345	0.9254	-0.0749	-0.3355	1.205	0.0018	-0.2078	0.2866	-0.5001	0.0177	0.2945	0.3966	-0.0546	0.007	0.5775	0.0743	0.8359	61.937	10.5163	-10.4648
13	1.5617	0.349	-0.8384	1.224	-0.0135	0.6632	-0.0804	0.1724	-0.0082	-0.3298	-0.1033	-0.8839	0.0248	0.5951	0.1362	0.3972	-0.0291	0.0471	0.7118	0.1896	0.7206	70.9375	4.1061	-17.7302
14	0.5549	-0.2987	-0.5676	0.9678	0.382	2.7763	0.049	-0.0607	-0.0691	0.163	-0.0428	0.0875	0.0926	0.1455	-0.0198	0.2176	-0.0135	-0.0351	0.1217	0.0102	0.1853	40.4439	-12.8042	6.3909

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 24 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 25 through 168 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 169 through 195 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 196 through 221 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 222 through 298 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 299 through 334 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 2 through 24 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 25 through 122 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 123 through 147 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 148 through 168 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 169 through 191 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 192 through 212 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 213 through 298 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 299 through 334 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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