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- PDB-9o63: Crystal structure of PLK4 and RP1664 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9o63
タイトルCrystal structure of PLK4 and RP1664 complex
要素Serine/threonine-protein kinase PLK4
キーワードTRANSFERASE / Kinase / Inhibitor / Cell-cycle regulated / Centrioles
機能・相同性
機能・相同性情報


de novo centriole assembly involved in multi-ciliated epithelial cell differentiation / procentriole / deuterosome / trophoblast giant cell differentiation / procentriole replication complex / positive regulation of centriole replication / polo kinase / XY body / centriole replication / cleavage furrow ...de novo centriole assembly involved in multi-ciliated epithelial cell differentiation / procentriole / deuterosome / trophoblast giant cell differentiation / procentriole replication complex / positive regulation of centriole replication / polo kinase / XY body / centriole replication / cleavage furrow / cilium assembly / centriole / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / nucleolus / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Plk4, C-terminal polo-box domain / Plk4, second cryptic polo-box domain / Plk4, first cryptic polo-box domain / Polo-like Kinase 4 Polo Box 1 / Polo-like Kinase 4 Polo Box 2 / Cryptic Polo-Box 1 (CPB1) domain profile. / Cryptic Polo-Box 2 (CPB2) domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, first cryptic polo-box domain superfamily / : / POLO box domain ...Plk4, C-terminal polo-box domain / Plk4, second cryptic polo-box domain / Plk4, first cryptic polo-box domain / Polo-like Kinase 4 Polo Box 1 / Polo-like Kinase 4 Polo Box 2 / Cryptic Polo-Box 1 (CPB1) domain profile. / Cryptic Polo-Box 2 (CPB2) domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, first cryptic polo-box domain superfamily / : / POLO box domain / POLO box domain profile. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Serine/threonine-protein kinase PLK4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Pau, V.P.T. / Mao, D.Y.L. / Mader, P. / Maderova, Z. / Zimmermann, M. / Sicheri, F.
資金援助 カナダ, 3件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-178026 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-180338 カナダ
Other private
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Discovery of RP-1664: A First-in-Class Orally Bioavailable, Selective PLK4 Inhibitor.
著者: Vallee, F. / Casas-Selves, M. / Bubenik, M. / Duplessis, M. / Sow, B. / Suarez, C. / Sangiorgi, B. / Li, L. / Hyer, M. / Papp, R. / Leclaire, M.E. / Perryman, A.L. / Liu, B. / Surprenant, S. ...著者: Vallee, F. / Casas-Selves, M. / Bubenik, M. / Duplessis, M. / Sow, B. / Suarez, C. / Sangiorgi, B. / Li, L. / Hyer, M. / Papp, R. / Leclaire, M.E. / Perryman, A.L. / Liu, B. / Surprenant, S. / Mochirian, P. / Pau, V. / Maderova, Z. / Mader, P. / Yin, S.Y. / Goodfellow, E. / Roulston, A. / Stocco, R. / Godbout, C. / Baruah, P. / Bonneau-Fortin, A. / Schonhoft, J.D. / Nejad, P. / Norman, D. / Truong, V.L. / Crane, S. / Attia, M.A. / Mao, D. / Sicheri, F. / Marshall, C.G. / Zimmermann, M. / Bendahan, D. / Gallant, M. / Black, W.C.
履歴
登録2025年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PLK4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4304
ポリマ－31,7241
非ポリマー7073
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.140, 83.890, 52.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PLK4 / Polo-like kinase 4 / PLK-4 / Serine/threonine-protein kinase 18 / Serine/threonine-protein kinase Sak


分子量: 31723.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The missing part are disordered loop or regions in the x-ray structure
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLK4, SAK, STK18 / プラスミド: pET42a(+)-GST-6HIS-TEV-SL-PLK4(2-267) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: O00444, polo kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-A1CAD / 5-cyclopropyl-N~2~-[2,6-difluoro-4-(methanesulfonyl)phenyl]-N~2~-methyl-6-(1-methyl-1H-imidazol-4-yl)-N~4~-(5-methyl-1H-pyrazol-3-yl)pyrimidine-2,4-diamine


分子量: 514.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H24F2N8O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.8 % / 解説: Plate Cluster
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 9 - 14% PEG4K, 0.1 M Na Cit; pH 5.4 - 5.5, 0.2 M (NH4)2SO4
PH範囲: 5.4 - 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→44.54 Å / Num. obs: 25230 / % possible obs: 99.66 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rrim(I) all: 0.163 / Net I/σ(I): 3.87
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
2.26-2.41.44413410.0571.6311
2.4-2.561.40512800.1681.9511
2.56-2.760.89911770.3721.2421
2.76-3.030.46310870.740.6321
3.03-3.380.2289950.8830.3081
3.38-3.90.0958990.9770.1251
3.9-4.770.0537290.9950.071
4.77-6.710.0575560.9880.0751
6.71-44.540.0343040.9970.0441

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.2_5419: ???)精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.26→44.54 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2636 680 5 %
Rwork0.2126 --
obs0.2151 13589 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→44.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1854 0 46 38 1938
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041939
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6242626
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.885692
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041289
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005329
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.26-2.430.38571310.33712492X-RAY DIFFRACTION99
2.43-2.680.36391340.29282551X-RAY DIFFRACTION100
2.68-3.060.30651350.24842550X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.860.22471360.19722590X-RAY DIFFRACTION100
3.86-44.540.23751440.18062726X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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