PDB-9o57: Crystal structure of Thymidylate kinase (Tmk) from Klebsiella aer...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9o57

タイトル

Crystal structure of Thymidylate kinase (Tmk) from Klebsiella aerogenes.

要素

Thymidylate kinase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Klebsiella / Thymidylate kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

dTMP kinase / dTMP kinase activity / dUDP biosynthetic process / dTDP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Thymidylate kinase (Tmk) from Klebsiella aerogenes.
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Seibold, S. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2025年4月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9o57.cif.gz	161.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9o57.ent.gz	127.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9o57.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/9o57 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/9o57	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thymidylate kinase

B: Thymidylate kinase

ヘテロ分子

49.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thymidylate kinase

ヘテロ分子

B: Thymidylate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
49.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.407, 75.450, 76.018
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Thymidylate kinase / dTMP kinase 分子量: 24838.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア) 遺伝子: tmk, CWM85_24435, N5C89_07930, NP224_17505 / プラスミド: KlaeA.01628.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0J2I384, dTMP kinase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.83 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: PACT B2: 0.10 M MIB buffer, pH 5.0, 25% PEG 1500. KlaeA.01628.a.B1.PW39187 at 19.7 mg/mL. plate 19509 well B2 drop 2, 2mM UMP added to the protein prior to crystallization but ligand is not ...詳細: PACT B2: 0.10 M MIB buffer, pH 5.0, 25% PEG 1500. KlaeA.01628.a.B1.PW39187 at 19.7 mg/mL. plate 19509 well B2 drop 2, 2mM UMP added to the protein prior to crystallization but ligand is not bound. Puck: PSL-0313, Cryo: 0.10M MIB buffer, pH 5.0, 35% PEG 1500.

結晶

マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.83 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: PACT B2: 0.10 M MIB buffer, pH 5.0, 25% PEG 1500. KlaeA.01628.a.B1.PW39187 at 19.7 mg/mL. plate 19509 well B2 drop 2, 2mM UMP added to the protein prior to crystallization but ligand is not ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年2月15日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.85→19.46 Å / Num. obs: 9361 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.158 / R_pim(I) all: 0.056 / R_rim(I) all: 0.168 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 79766
反射シェル	解像度: 2.85→3 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.4 % / R_merge(I) obs: 1.281 / Num. measured all: 11261 / Num. unique obs: 1348 / CC_1/2: 0.699 / R_pim(I) all: 0.46 / R_rim(I) all: 1.364 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_5660	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.85→19.46 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2679	499	5.35 %
R_work	0.2378	-	-
obs	0.2396	9327	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.85→19.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2891	0	2	0	2893

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	2928
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.664	3968
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.961	1089
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	477
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	510

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.85-3.14	0.3336	115	0.3065	2176	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.59	0.2899	116	0.277	2182	X-RAY DIFFRACTION	100
3.59-4.51	0.2655	117	0.2209	2193	X-RAY DIFFRACTION	100
4.51-19.46	0.2509	151	0.2185	2277	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.636	-1.6429	0.0171	3.4054	1.3694	0.7452	-0.0674	-0.4715	0.4414	0.4281	-0.5278	-0.1866	-0.8894	0.8387	-0.008	0.6558	0.0183	-0.0174	0.5321	-0.0136	0.5499	-8.3051	1.6639	34.1776
2	1.062	0.5524	0.7644	0.7634	0.584	0.6173	0.0559	1.16	0.6518	-0.6535	0.3588	-0.5435	-1.0731	-0.3311	0.0011	0.6758	-0.0487	0.007	0.6028	0.0355	0.6761	-0.8644	3.5652	35.2603
3	1.0775	-0.9848	-0.9694	1.6391	1.2055	0.9713	0.343	0.021	0.3149	-0.0803	-0.1076	-0.0473	-0.9802	0.028	0.0008	0.4733	-0.0482	0.0568	0.5699	0.0035	0.4245	13.1159	0.9052	18.7456
4	1.7711	1.5514	0.345	1.5785	0.0104	0.3193	-0.1736	0.06	-0.5237	0.4623	0.3234	0.3141	-0.1008	0.7844	-0.0301	0.4218	-0.0161	0.0439	0.6763	-0.0587	0.464	2.8132	-7.2725	30.9523
5	1.6043	-0.0866	0.353	0.117	0.4233	1.8945	0.3637	0.3668	-0.0159	0.1596	-0.0467	0.0094	0.0703	0.4724	-0.0003	0.5693	0.1095	-0.0987	0.6676	-0.1347	0.5075	-11.5073	-2.4354	15.5494
6	0.7288	-0.35	-0.4566	0.586	-0.6078	1.8392	-0.0765	-0.2156	-0.094	-0.1246	0.1983	0.0479	-0.124	-0.3035	-0.0002	0.4355	-0.019	-0.0808	0.4825	-0.0504	0.6168	-16.799	-2.4375	31.3238
7	2.2278	0.5882	0.8325	2.3391	-0.6344	0.7657	0.0918	-0.0334	-0.6196	0.0899	-0.4078	0.5504	0.5115	-0.1346	-0.0054	0.5207	-0.0394	0.0594	0.5608	0.028	0.5294	-1.8637	13.8255	43.0424
8	1.1223	-0.0383	-1.3874	1.2067	-0.4572	1.795	0.0063	-0.6844	0.095	0.0798	-0.026	0.1424	0.154	-0.5635	-0.0019	0.5719	0.0427	-0.0711	0.6397	0.0344	0.4864	11.7773	2.4033	59.6683
9	1.3425	0.1538	0.6556	2.6219	-0.0716	1.5051	-0.3331	0.2292	0.6491	-0.1689	0.4743	-0.3593	-0.0963	0.7985	-0.0723	0.3845	0.1219	-0.0256	0.3097	-0.0603	0.5541	10.2247	14.2654	47.2904
10	0.3597	-0.1913	0.9547	3.5833	0.359	2.6659	0.3307	-0.3373	0.3799	0.5167	-0.4251	0.3484	-0.3875	-0.0464	-0.0004	0.4773	-0.093	0.0551	0.4747	-0.1042	0.6022	-3.5971	22.8756	51.8459

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 29 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 30 through 44 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 45 through 84 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 85 through 134 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 135 through 180 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 181 through 211 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 44 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 45 through 84 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 85 through 127 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 128 through 211 )

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