PDB-9o4v: RNase A in complex with Pseudouridine Vanadate and decavanadates

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9o4v

タイトル

RNase A in complex with Pseudouridine Vanadate and decavanadates

要素

Ribonuclease pancreatic

キーワード

HYDROLASE / Ribonuclease / pseudouridine / pseudouridine vanadate / decavanadate

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Gutierrez, C.S. / Lim, D.C. / Silkenath, B. / Kojasoy, V. / Raines, R.T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Rna / 年: 2025
タイトル: Pseudouridine Residues as Substrates for Serum Ribonucleases.
著者: Gutierrez, C.S. / Silkenath, B. / Kojasoy, V. / Pich, J.A. / Lim, D.C. / Raines, R.T.

履歴

登録	2025年4月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9o4v.cif.gz	158.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9o4v.ent.gz	129.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9o4v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9o4v_validation.pdf.gz	3.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9o4v_full_validation.pdf.gz	3.9 MB	表示
XML形式データ	9o4v_validation.xml.gz	17 KB	表示
CIF形式データ	9o4v_validation.cif.gz	23.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/9o4v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/9o4v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ncsC 9o5bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Ribonuclease pancreatic

B: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

31.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: mass spectrometry
14.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.631, 32.512, 71.879
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.09, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-367- HOH
2	1	B-326- HOH

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Pancreas / Plasmid details: Millipore Sigma R6513 / 参照: UniProt: P61823, pancreatic ribonuclease
#2: 化合物	ChemComp-DVT / DECAVANADATE 分子量: 957.398 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₂₈V₁₀
#3: 化合物	ChemComp-FJF / 5-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]-1~{H}-pyrimidine-2,4-dione 分子量: 244.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₂N₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-VVO / oxovanadium(2+) 分子量: 66.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: OV
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.18 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Crystallization: 20mM Sodium Citrate pH 5.5, 25% PEG 4000 seeded with crystals grown in 20mM Sodium Citrate pH 5.5, 20% PEG 4000 Ligand soaking: 16.7mM Imidazole pH 5.5, 30% PEG 4000, 5% ...詳細: Crystallization: 20mM Sodium Citrate pH 5.5, 25% PEG 4000 seeded with crystals grown in 20mM Sodium Citrate pH 5.5, 20% PEG 4000 Ligand soaking: 16.7mM Imidazole pH 5.5, 30% PEG 4000, 5% glycerol, 5mM Pseudouridine Vanadate

結晶

マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.18 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Crystallization: 20mM Sodium Citrate pH 5.5, 25% PEG 4000 seeded with crystals grown in 20mM Sodium Citrate pH 5.5, 20% PEG 4000 Ligand soaking: 16.7mM Imidazole pH 5.5, 30% PEG 4000, 5% ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2024年2月2日 / 詳細: Varimax HF

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→29.17 Å / Num. obs: 22942 / % possible obs: 28.2 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.032 / R_rim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 10.57

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.7-1.8	0.1611	398	0.956	0.2218	1
1.8-1.92	0.046	903	0.996	0.065	1
1.92-2.08	0.033	1239	0.995	0.047	1
2.08-2.28	0.026	1119	0.997	0.037	1
2.28-2.54	0.025	1024	0.998	0.036	1
2.54-2.94	0.028	896	0.997	0.039	1
2.94-3.59	0.021	775	0.998	0.03	1
3.59-5.06	0.031	621	0.996	0.044	1
5.06-29.17	0.043	326	0.995	0.061	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.2_5419: ???)	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→29.17 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 21.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2048	3695	8.66 %
R_work	0.1675	-	-
obs	0.1707	42688	85.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1864	0	171	246	2281

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2352
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.985	4057
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.157	828
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	290
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	343

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.72	0.8786	32	0.6828	300	X-RAY DIFFRACTION	18
1.72-1.74	0.6456	52	0.6254	620	X-RAY DIFFRACTION	34
1.74-1.77	0.4572	78	0.497	693	X-RAY DIFFRACTION	42
1.77-1.79	0.4234	96	0.378	962	X-RAY DIFFRACTION	53
1.79-1.82	0.3762	100	0.3008	1039	X-RAY DIFFRACTION	60
1.82-1.85	0.2297	118	0.2554	1209	X-RAY DIFFRACTION	70
1.85-1.88	0.224	144	0.2122	1449	X-RAY DIFFRACTION	82
1.88-1.92	0.2796	147	0.1855	1601	X-RAY DIFFRACTION	91
1.92-1.96	0.2411	169	0.1698	1716	X-RAY DIFFRACTION	98
1.96-2	0.2135	159	0.1695	1718	X-RAY DIFFRACTION	99
2-2.04	0.1873	161	0.1651	1761	X-RAY DIFFRACTION	99
2.04-2.09	0.2431	161	0.1675	1750	X-RAY DIFFRACTION	99
2.09-2.14	0.2293	160	0.1648	1692	X-RAY DIFFRACTION	99
2.14-2.2	0.2086	163	0.1556	1773	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2-2.26	0.1943	165	0.1592	1735	X-RAY DIFFRACTION	99
2.26-2.33	0.1845	157	0.1503	1750	X-RAY DIFFRACTION	99
2.33-2.42	0.1779	161	0.151	1689	X-RAY DIFFRACTION	98
2.42-2.51	0.1982	161	0.148	1741	X-RAY DIFFRACTION	98
2.51-2.63	0.1724	165	0.1503	1702	X-RAY DIFFRACTION	98
2.63-2.77	0.2051	151	0.1541	1759	X-RAY DIFFRACTION	98
2.77-2.94	0.2147	165	0.1564	1701	X-RAY DIFFRACTION	98
2.94-3.17	0.1823	174	0.1601	1719	X-RAY DIFFRACTION	99
3.17-3.49	0.1729	164	0.1522	1741	X-RAY DIFFRACTION	99
3.49-3.99	0.1685	165	0.1438	1750	X-RAY DIFFRACTION	99
3.99-5.02	0.1744	162	0.1341	1700	X-RAY DIFFRACTION	99
5.02-29.17	0.2401	165	0.2181	1723	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7952	-0.4878	0.0917	0.7451	-0.037	0.5877	0.0976	0.4212	0.032	-0.2918	-0.0007	0.1696	0.2601	-0.007	0.0193	0.1714	-0.0314	-0.0348	0.1899	0.0041	0.1081	-33.161	-19.7214	3.2237
2	1.0202	0.2915	-0.1094	0.7476	0.4364	1.1247	-0.0612	0.1058	0.1024	-0.0904	0.0393	0.1194	-0.069	0.0514	-0.011	0.0609	-0.0108	-0.0082	0.0458	0.0058	0.062	-30.2906	-14.7961	13.2363
3	1.1021	-0.3881	0.5765	0.1754	-0.0707	0.7687	-0.0421	0.0372	0.2695	0.0754	0.0589	-0.091	-0.3668	-0.0043	-0.1349	0.1214	0.0133	0.0035	0.0783	-0.0109	0.0924	-16.2334	-9.2902	30.7446
4	0.6117	-0.4012	0.086	0.2768	-0.0112	0.5165	0.0035	0.4459	0.0531	-0.2324	-0.0849	-0.1658	0.1001	-0.0154	-0.0164	0.1732	0.0292	0.0313	0.2309	-0.0274	0.1524	-9.5885	-15.1564	20.7583
5	1.1742	-0.108	0.1558	0.8897	-0.4524	0.8264	0.0075	0.1374	0.0246	-0.1495	-0.0715	-0.1515	0.0477	0.1104	-0.0179	0.0689	0.0082	0.019	0.0458	-0.0106	0.0995	-8.9085	-17.2175	34.6478

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 2 through 42 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 43 through 124 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1 through 12 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 13 through 42 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 43 through 124 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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