PDB-9o3q: Apo-structure of a chondroitinase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9o3q

タイトル

Apo-structure of a chondroitinase

要素

PL35 chondroitinase

キーワード

LYASE / Chondroitinase / Polysaccharide Lyase 35

機能・相同性

Heparinase II/III-like / Heparinase II/III-like, C-terminal / Chondroitin AC/alginate lyase / cell envelope / lyase activity / Heparinase II/III-like C-terminal domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides caccae (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Alvarez, B. / Boraston, A.B.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Analysis of chondroitin degradation by components of a Bacteroides caccae polysaccharide utilization locus.
著者: Alvarez, B. / Canil, O.F. / Low, K.E. / Hettle, A.G. / Abbott, D.W. / Boraston, A.B.

履歴

登録	2025年4月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2025年7月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9o3q.cif.gz	178.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9o3q.ent.gz	109.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9o3q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9o3q_validation.pdf.gz	421.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9o3q_full_validation.pdf.gz	423.7 KB	表示
XML形式データ	9o3q_validation.xml.gz	33.2 KB	表示
CIF形式データ	9o3q_validation.cif.gz	48.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/9o3q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/9o3q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9nwfC 9o4uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PL35 chondroitinase

ヘテロ分子

67.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.284, 84.043, 112.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	PL35 chondroitinase 分子量: 67520.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteroides caccae (バクテリア) / 株: ATCC 43185 / 遺伝子: DXA49_19620, F2Y36_02745 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A413IVG5
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 677 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.45 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM MES:NaOH pH 6.5, 300 mM MgCl2, and 12.5% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 291.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→30 Å / Num. obs: 2203325 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 20.2 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 20.6
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 67228 / CC_1/2: 0.924 / R_pim(I) all: 0.357 / R_rim(I) all: 0.649 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.0.32	精密化
PHENIX	1.19.2_4158	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→29.52 Å / SU ML: 0.2072 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.9729
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2177	3330	5 %
R_work	0.1854	63240	-
obs	0.187	66570	99.14 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→29.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4632	0	2	677	5311

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0075	4751
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9819	6451
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0571	689
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0082	833
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.1512	638

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.77	0.3089	114	0.277	2441	X-RAY DIFFRACTION	92.44
1.77-1.8	0.2902	140	0.2678	2523	X-RAY DIFFRACTION	96.45
1.8-1.83	0.3193	145	0.2684	2606	X-RAY DIFFRACTION	98.36
1.83-1.86	0.262	117	0.262	2601	X-RAY DIFFRACTION	99.12
1.86-1.89	0.2714	158	0.2404	2577	X-RAY DIFFRACTION	99.42
1.89-1.93	0.2541	135	0.217	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.46
1.93-1.96	0.2609	144	0.2086	2610	X-RAY DIFFRACTION	99.57
1.96-2	0.2522	142	0.2061	2631	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2-2.05	0.2457	143	0.1961	2618	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.05-2.09	0.2571	136	0.201	2637	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.09-2.15	0.2601	119	0.1978	2626	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.15-2.2	0.2283	136	0.193	2617	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.2-2.27	0.2468	148	0.1898	2640	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.27-2.34	0.2389	120	0.1928	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.34-2.43	0.264	126	0.1997	2632	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.43-2.52	0.2231	146	0.1863	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.52-2.64	0.2256	129	0.1919	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.64-2.78	0.242	133	0.1983	2639	X-RAY DIFFRACTION	99.39
2.78-2.95	0.2289	144	0.1944	2655	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.95-3.18	0.2247	156	0.1868	2641	X-RAY DIFFRACTION	99.54
3.18-3.5	0.1892	159	0.1701	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.5-4	0.178	140	0.1473	2690	X-RAY DIFFRACTION	99.82
4-5.04	0.1504	145	0.1422	2716	X-RAY DIFFRACTION	99.58
5.04-29.52	0.1964	155	0.1756	2863	X-RAY DIFFRACTION	99.93

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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