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- PDB-9o05: Structure of human MAIT A-F7 TCR in complex with human MR1-riboflavin -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 9o05

タイトル

Structure of human MAIT A-F7 TCR in complex with human MR1-riboflavin

要素

Beta-2-microglobulin
Major histocompatibility complex class I-related gene protein
TCR-alpha
TCR-beta

キーワード

IMMUNE SYSTEM / receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / beta-2-microglobulin binding / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / T cell receptor binding / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions ...positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / beta-2-microglobulin binding / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / T cell receptor binding / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / regulation of erythrocyte differentiation / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / defense response to Gram-negative bacterium / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / lysosomal membrane / innate immune response / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Abdelaal, M. / Rossjohn, J. / Awad, W.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Major histocompatibility complex class I-related gene protein / TCR alpha /TCR beta / Beta-2-microglobulin complex
著者: Abdelaal, M. / Rossjohn, J. / Awad, W.

履歴

登録	2025年4月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年11月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9o05.cif.gz	848.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9o05.ent.gz	579.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9o05.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9o05_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9o05_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9o05_validation.xml.gz	89.8 KB	表示
CIF形式データ	9o05_validation.cif.gz	123.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/9o05 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/9o05	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9o06C 9o07C 9o08C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

A: Major histocompatibility complex class I-related gene protein

B: Beta-2-microglobulin

C: Major histocompatibility complex class I-related gene protein

D: TCR-alpha

E: TCR-beta

F: Beta-2-microglobulin

G: TCR-alpha

H: TCR-beta

ヘテロ分子

190 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

A: Major histocompatibility complex class I-related gene protein

B: Beta-2-microglobulin

G: TCR-alpha

H: TCR-beta

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
94.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

C: Major histocompatibility complex class I-related gene protein

D: TCR-alpha

E: TCR-beta

F: Beta-2-microglobulin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
94.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	217.380, 70.773, 143.629
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.702, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

-
タンパク質 , 4種, 8分子 ACBFDGEH

#1: タンパク質	Major histocompatibility complex class I-related gene protein / MHC class I-related gene protein / Class I histocompatibility antigen-like protein 分子量: 31711.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q95460
#2: タンパク質	Beta-2-microglobulin 分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質	TCR-alpha 分子量: 22781.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質	TCR-beta 分子量: 27677.760 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 6種, 1629分子

#5: 化合物	ChemComp-RBF / RIBOFLAVIN / RIBOFLAVINE / VITAMIN B2 分子量: 376.364 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₀N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1617 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.7 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 / 詳細: Bis-Tris-propane, PEG3350 and sodium acetate

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.953723585849 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953723585849 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→47.01 Å / Num. obs: 152073 / % possible obs: 98.67 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 31.87 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.68
反射シェル	解像度: 1.95→1.97 Å / Num. unique obs: 5066 / CC_1/2: 0.743

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21_5207	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX	1.21_5207	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→47.01 Å / SU ML: 0.2059 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.792
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2009	7577	4.98 %
R_work	0.1642	144437	-
obs	0.166	152014	98.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→47.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12735	0	100	1622	14457

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0063	13547
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.815	18514
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0541	1974
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0071	2455
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.8485	4953

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.97	0.3088	239	0.2718	4825	X-RAY DIFFRACTION	98.01
1.97-2	0.2719	235	0.2508	4695	X-RAY DIFFRACTION	97.93
2-2.02	0.2886	238	0.2463	4813	X-RAY DIFFRACTION	98.12
2.02-2.05	0.2505	224	0.2416	4721	X-RAY DIFFRACTION	98.21
2.05-2.07	0.2721	248	0.2263	4776	X-RAY DIFFRACTION	98.26
2.07-2.1	0.2467	256	0.2126	4788	X-RAY DIFFRACTION	98.19
2.1-2.13	0.2474	256	0.2069	4743	X-RAY DIFFRACTION	98.25
2.13-2.16	0.2457	248	0.205	4796	X-RAY DIFFRACTION	98.48
2.16-2.2	0.2708	262	0.2	4792	X-RAY DIFFRACTION	98.54
2.2-2.23	0.2602	247	0.1936	4771	X-RAY DIFFRACTION	98.37
2.23-2.27	0.2534	264	0.1915	4766	X-RAY DIFFRACTION	98.49
2.27-2.31	0.2503	258	0.1874	4748	X-RAY DIFFRACTION	98.58
2.31-2.36	0.2534	268	0.192	4809	X-RAY DIFFRACTION	98.64
2.36-2.4	0.211	263	0.1742	4742	X-RAY DIFFRACTION	98.72
2.4-2.46	0.2291	235	0.1731	4866	X-RAY DIFFRACTION	98.91
2.46-2.51	0.2128	259	0.1768	4805	X-RAY DIFFRACTION	98.85
2.51-2.58	0.2526	223	0.1874	4824	X-RAY DIFFRACTION	98.92
2.58-2.65	0.257	262	0.1836	4819	X-RAY DIFFRACTION	98.99
2.65-2.72	0.2149	239	0.1745	4875	X-RAY DIFFRACTION	98.99
2.72-2.81	0.2337	247	0.1744	4831	X-RAY DIFFRACTION	99.04
2.81-2.91	0.2262	271	0.171	4812	X-RAY DIFFRACTION	99.18
2.91-3.03	0.2037	228	0.165	4836	X-RAY DIFFRACTION	99.08
3.03-3.17	0.2031	272	0.1681	4811	X-RAY DIFFRACTION	99.05
3.17-3.33	0.1895	264	0.1595	4849	X-RAY DIFFRACTION	99.05
3.33-3.54	0.1815	263	0.1513	4844	X-RAY DIFFRACTION	99.32
3.54-3.82	0.1828	239	0.1469	4884	X-RAY DIFFRACTION	99.01
3.82-4.2	0.1662	272	0.1345	4821	X-RAY DIFFRACTION	98.32
4.2-4.81	0.1353	260	0.1103	4823	X-RAY DIFFRACTION	98.34
4.81-6.05	0.1563	265	0.1359	4933	X-RAY DIFFRACTION	99.46
6.06-47.01	0.2018	272	0.174	5019	X-RAY DIFFRACTION	98.88

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.980400455851	-0.0180254273009	-0.285073133208	0.995887814805	0.845046356743	0.849104859301	-0.00943121687725	0.166470121611	0.139023476338	-0.156327365016	0.155884772675	-0.0834188627977	0.00909685427929	0.204194862249	-2.58154066456E-5	0.237836350839	-0.0518707743306	-0.0251099964	0.37472511257	0.00417378813593	0.315927372464	48.6879906053	77.6139537254	224.107591262
2	1.12159038816	0.0505607987209	-0.0623885609623	0.817446095047	0.437159052282	0.192005358757	-0.0161767322469	-0.0209817107249	0.20182023198	0.0687577585665	0.0606284357321	0.0891442147632	0.0221537759818	0.0411768480459	2.3172841349E-5	0.253676989277	-0.020076358441	-0.0106603701187	0.260884769378	0.0229825401444	0.331627083681	36.7403716645	80.5537837394	235.112682492
3	1.32085956516	-0.240426663675	0.669114533392	0.218002800637	-0.395245862728	0.554009126234	-0.104569861427	-0.144496906896	0.129681386953	0.103432965749	0.0907796701809	-0.0904503491579	-0.00962454055259	0.0667813811357	-0.0101171805798	0.264676013782	0.0774755679327	-0.0674540059592	0.429292796179	-0.132552423278	0.335848576948	64.5161731541	76.4035845207	251.386564871
4	0.175348494367	-0.0286753544089	-0.156844417885	0.124488115009	-7.80992823647E-5	0.152136787452	-0.0633473587904	-0.146171226455	0.184641144705	0.281355022868	0.146178571517	0.218038329069	-0.131153610652	0.408836602677	-0.00254494332663	0.309732350571	-0.0601247309865	-0.037014038142	0.394721979672	-0.0522341095404	0.6656500831	59.9377321082	92.7629265771	238.153894324
5	0.0417916752064	0.0534708422471	0.029011413566	0.0556467960482	0.0489518346076	0.10805848172	-0.169401507677	-0.185661658758	0.0640335130742	0.162398595825	-0.230457227019	-0.462772230621	0.0197806766628	0.578802794714	-0.105470595487	0.299413650364	0.00243861199175	-0.197359009649	0.811786265599	-0.0872468178417	0.805018258152	81.9618940728	80.2537659854	241.425648369
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46	0.108933086403	-0.134353883805	-0.342886955764	0.0407046201844	0.260386718563	0.970965946119	0.0211240822743	-0.101499571474	0.212956290083	-0.0511270800527	0.175992277243	0.0557538019768	-0.279302295293	0.211753072971	0.144230784828	0.43345106522	-0.0672582122337	0.018913019487	0.21888140255	0.0804027413984	0.337396095637	-2.15361925681	62.4538323398	190.247005849
47	0.197784856845	-0.109535206028	0.0643563600417	0.0429042026524	-0.0771976934484	0.125329640751	0.215861625364	-0.29773297189	-0.244742261451	-0.0608901258457	-0.105556093904	-0.179034525384	0.101028154975	0.433454721726	-4.02290525316E-5	0.354914207871	-0.0536278281998	-0.0329010142885	0.411252837557	0.0474459362909	0.323539625385	23.2429178783	58.5184108468	180.198136586
48	0.0485063878954	-0.0614061737211	0.053538074008	0.261325766882	-0.00411071027846	0.0618913484562	-0.032034948101	0.130293792967	0.10835313043	-0.173687978725	0.0922032062943	0.201820480818	-0.178292592144	-0.0222669540223	4.32100154681E-5	0.349766125247	-0.0432696949359	-0.013117395253	0.325069124269	0.02755844055	0.342900164914	-2.53645058845	59.235863535	187.007247035

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 0 through 84 )	A	A	0 - 84	1 - 85
2	2	chain 'A' and (resid 85 through 158 )	A	A	85 - 158	86 - 159
3	3	chain 'A' and (resid 159 through 270 )	A	A	159 - 270	160 - 265
4	4	chain 'B' and (resid 0 through 11 )	B	D	0 - 11	1 - 12
5	5	chain 'B' and (resid 12 through 19 )	B	D	12 - 19	13 - 20
6	6	chain 'B' and (resid 20 through 30 )	B	D	20 - 30	21 - 31
7	7	chain 'B' and (resid 31 through 41 )	B	D	31 - 41	32 - 42
8	8	chain 'B' and (resid 42 through 51 )	B	D	42 - 51	43 - 52
9	9	chain 'B' and (resid 52 through 71 )	B	D	52 - 71	53 - 72
10	10	chain 'B' and (resid 72 through 77 )	B	D	72 - 77	73 - 78
11	11	chain 'B' and (resid 78 through 90 )	B	D	78 - 90	79 - 91
12	12	chain 'B' and (resid 91 through 97 )	B	D	91 - 97	92 - 98
13	13	chain 'C' and (resid 1 through 84 )	C	E	1 - 84	1 - 84
14	14	chain 'C' and (resid 85 through 171 )	C	E	85 - 171	85 - 171
15	15	chain 'C' and (resid 172 through 270 )	C	E	172 - 270	172 - 266
16	16	chain 'D' and (resid 1 through 102 )	D	H	1 - 102	1 - 102
17	17	chain 'D' and (resid 103 through 135 )	D	H	103 - 135	103 - 129
18	18	chain 'D' and (resid 136 through 150 )	D	H	136 - 150	130 - 144
19	19	chain 'D' and (resid 151 through 198 )	D	H	151 - 198	145 - 189
20	20	chain 'E' and (resid 3 through 37 )	E	I	3 - 37	1 - 35
21	21	chain 'E' and (resid 38 through 94 )	E	I	38 - 94	36 - 92
22	22	chain 'E' and (resid 95 through 109 )	E	I	95 - 109	93 - 107
23	23	chain 'E' and (resid 110 through 124 )	E	I	110 - 124	108 - 122
24	24	chain 'E' and (resid 125 through 203 )	E	I	125 - 203	123 - 201
25	25	chain 'E' and (resid 204 through 215 )	E	I	204 - 215	202 - 213
26	26	chain 'E' and (resid 216 through 233 )	E	I	216 - 233	214 - 231
27	27	chain 'E' and (resid 234 through 245 )	E	I	234 - 245	232 - 243
28	28	chain 'F' and (resid 0 through 5 )	F	K	0 - 5	1 - 6
29	29	chain 'F' and (resid 6 through 11 )	F	K	6 - 11	7 - 12
30	30	chain 'F' and (resid 12 through 19 )	F	K	12 - 19	13 - 20
31	31	chain 'F' and (resid 20 through 30 )	F	K	20 - 30	21 - 31
32	32	chain 'F' and (resid 31 through 41 )	F	K	31 - 41	32 - 42
33	33	chain 'F' and (resid 42 through 51 )	F	K	42 - 51	43 - 52
34	34	chain 'F' and (resid 52 through 61 )	F	K	52 - 61	53 - 62
35	35	chain 'F' and (resid 62 through 71 )	F	K	62 - 71	63 - 72
36	36	chain 'F' and (resid 72 through 77 )	F	K	72 - 77	73 - 78
37	37	chain 'F' and (resid 78 through 90 )	F	K	78 - 90	79 - 91
38	38	chain 'F' and (resid 91 through 99 )	F	K	91 - 99	92 - 100
39	39	chain 'G' and (resid 1 through 108 )	G	O	1 - 108	1 - 108
40	40	chain 'G' and (resid 109 through 200 )	G	O	109 - 200	109 - 200
41	41	chain 'H' and (resid 1 through 73 )	H	Q	1 - 73	1 - 73
42	42	chain 'H' and (resid 74 through 109 )	H	Q	74 - 109	74 - 109
43	43	chain 'H' and (resid 110 through 124 )	H	Q	110 - 124	110 - 124
44	44	chain 'H' and (resid 125 through 162 )	H	Q	125 - 162	125 - 162
45	45	chain 'H' and (resid 163 through 203 )	H	Q	163 - 203	163 - 203
46	46	chain 'H' and (resid 204 through 215 )	H	Q	204 - 215	204 - 215
47	47	chain 'H' and (resid 216 through 233 )	H	Q	216 - 233	216 - 233
48	48	chain 'H' and (resid 234 through 245 )	H	Q	234 - 245	234 - 245

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