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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 9nzk | ||||||
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| タイトル | Crystal structure of Yck2 with LY364947 | ||||||
要素 | non-specific serine/threonine protein kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/INHIBITOR / YCK2 / KINASE / KINASE INHIBITOR / STRUCTURAL GENOMICS / NIAID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex | ||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報filamentous growth / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
| 生物種 | Candida albicans (酵母) | ||||||
| 手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Stogios, P.J. / Shirley, D. / Cowen, L.E. / Willson, T. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID) | ||||||
| 資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Publishedタイトル: Crystal structure of Yck2 with LY364947 著者: Stogios, P.J. | ||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 9nzk.cif.gz | 165.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb9nzk.ent.gz | 114.2 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 9nzk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/9nzk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/9nzk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
| 類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 F&H 検索 |
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 1 |
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| 単位格子 |
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要素
| #1: タンパク質 | 分子量: 35397.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 遺伝子: FOB64_000203 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: A0A8H6C375, non-specific serine/threonine protein kinase | ||||||
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| #2: 化合物 | ChemComp-PY1 / | ||||||
| #3: 化合物 | | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | Has protein modification | N | |
-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.55 % |
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Tris pH 8, 25 mM Magnesium chloride, 20% (w/v) PEG3350 |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| 放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.5418 Å |
| 検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER R 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年11月5日 |
| 放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
| 放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
| 反射 | 解像度: 1.7→29.95 Å / Num. obs: 40815 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 26.51 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 19.25 |
| 反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.622 / Mean I/σ(I) obs: 0.48 / Num. unique obs: 4046 / CC1/2: 0.445 / % possible all: 98.8 |
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→29.95 Å / SU ML: 0.243 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 24.8367 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| 溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 原子変位パラメータ | Biso mean: 39.97 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.95 Å
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| 拘束条件 |
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| LS精密化 シェル |
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| 精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| 精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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Candida albicans (酵母)
X線回折
米国, 1件
引用
PDBj




