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- PDB-9nz6: Oxidoreductase isolated from Xanthomonas citri pv. citri A306 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9nz6
タイトルOxidoreductase isolated from Xanthomonas citri pv. citri A306
要素Oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Reductase / flavin / NADH / NADPH
機能・相同性methylglyoxal catabolic process / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB-related / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / oxidoreductase activity / Oxidoreductase
機能・相同性情報
生物種Xanthomonas citri pv. citri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Santos, L.S. / Torres, S.C. / Balan, A.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2023/15874-8 ブラジル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Oxidoreductase isolated from Xanthomonas citri pv. citri A306
著者: Santos, L.S. / Torres, S.C. / Balan, A.
履歴
登録2025年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxidoreductase
B: Oxidoreductase
C: Oxidoreductase
D: Oxidoreductase
E: Oxidoreductase
F: Oxidoreductase
G: Oxidoreductase
H: Oxidoreductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)322,3948
ポリマ－322,3948
非ポリマー00
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21070 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area88180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.620, 129.756, 228.937
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Oxidoreductase


分子量: 40299.223 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas citri pv. citri (バクテリア)
株: 306 / 遺伝子: XAC3199 / プラスミド: pET28a / 詳細 (発現宿主): 6xHis + Thrombin at N-term / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0AAI7ZHB9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.81 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 17% PEG 6000, 0.2 M NaCl, 0.05 M MOPS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS SIRIUS / ビームライン: MANACA / 波長: 0.97718 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97718 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.978→112.885 Å / Num. obs: 55278 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.54 / Rpim(I) all: 0.15 / Rrim(I) all: 0.561 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 2.982→3.28 Å / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 2.309 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2764 / CC1/2: 0.544 / Rpim(I) all: 0.639 / Rrim(I) all: 2.396 / % possible all: 64.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
autoPROC1.0.5データ削減
autoPROC1.0.5データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.98→85.84 Å / SU ML: 0.3498 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.9857
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 5458 9.89 %
Rwork0.2311 49709 -
obs0.2355 55167 69.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.98→85.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19049 0 0 3 19052
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001619498
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.426226490
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0372867
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00363472
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.25857058
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.98-3.010.486840.332733X-RAY DIFFRACTION1.41
3.01-3.050.4317110.429770X-RAY DIFFRACTION3.19
3.05-3.080.5085290.3753192X-RAY DIFFRACTION8.43
3.08-3.120.3426290.3538241X-RAY DIFFRACTION10.65
3.12-3.160.4421270.3244377X-RAY DIFFRACTION15.19
3.16-3.210.3151510.3166444X-RAY DIFFRACTION19.16
3.21-3.250.4133680.3148662X-RAY DIFFRACTION27.73
3.25-3.30.41121010.3237918X-RAY DIFFRACTION38.95
3.3-3.350.38441290.30561128X-RAY DIFFRACTION48.12
3.35-3.410.36721360.30661294X-RAY DIFFRACTION53.48
3.41-3.470.38351490.28471354X-RAY DIFFRACTION58.05
3.47-3.530.29121580.29431537X-RAY DIFFRACTION64.01
3.53-3.60.37042040.28231684X-RAY DIFFRACTION71.3
3.6-3.670.3381970.26541851X-RAY DIFFRACTION78.08
3.67-3.750.29041990.25932003X-RAY DIFFRACTION83.73
3.75-3.840.29942280.23772211X-RAY DIFFRACTION92.6
3.84-3.940.29812680.23182331X-RAY DIFFRACTION97.2
3.94-4.040.28882760.23892322X-RAY DIFFRACTION98.93
4.04-4.160.27332540.23192383X-RAY DIFFRACTION99.66
4.16-4.290.26122510.20982400X-RAY DIFFRACTION99.85
4.3-4.450.22562590.19112400X-RAY DIFFRACTION99.85
4.45-4.630.2582940.19952351X-RAY DIFFRACTION99.81
4.63-4.840.22972730.18972382X-RAY DIFFRACTION99.77
4.84-5.090.23972510.19782411X-RAY DIFFRACTION99.89
5.09-5.410.26092910.21522397X-RAY DIFFRACTION99.93
5.41-5.830.29922720.22172385X-RAY DIFFRACTION99.92
5.83-6.420.272660.22412443X-RAY DIFFRACTION99.82
6.42-7.340.24042670.22542445X-RAY DIFFRACTION99.74
7.34-9.250.20622800.20312457X-RAY DIFFRACTION99.93
9.25-85.840.24312360.22362603X-RAY DIFFRACTION98.41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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