PDB-9nz4: SARS-CoV M protein dimer in complex with FAb B

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9nz4

タイトル

SARS-CoV M protein dimer in complex with FAb B

要素

FAb B heavy chain
FAb B light chain
Membrane protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM/INHIBITOR / M protein / SARS-CoV-2 / inhibitor bound complex / viral protein / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Maturation of protein M / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell Golgi membrane / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Attachment and Entry / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / structural constituent of virion / viral envelope / virion membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å

データ登録者

Mann, M.K. / Abeywickrema, P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: SARS-CoV M protein dimer in complex with FAb B
著者: Mann, M.K. / Abeywickrema, P.

履歴

登録	2025年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月29日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月29日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月29日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月29日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月29日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9nz4.cif.gz	247.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9nz4.ent.gz	197.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9nz4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9nz4_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9nz4_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9nz4_validation.xml.gz	43.4 KB	表示
CIF形式データ	9nz4_validation.cif.gz	65.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/9nz4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/9nz4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	49950MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (3) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Membrane protein

B: Membrane protein

C: FAb B light chain

D: FAb B heavy chain

E: FAb B light chain

F: FAb B heavy chain

157 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Membrane protein / M protein / E1 glycoprotein / Matrix glycoprotein / Membrane glycoprotein 分子量: 29889.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス) 遺伝子: M, 5 発現宿主: Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1 (その他) 参照: UniProt: P59596
#2: 抗体	FAb B light chain 分子量: 24157.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1 (その他)
#3: 抗体	FAb B heavy chain 分子量: 24211.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1 (その他)
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: SARS-CoV M protein dimer in complex with FAb B / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: NITROGEN

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡	モデル: TFS GLACIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: DIFFRACTION / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影	電子線照射量: 40 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	cryoSPARC		粒子像選択
2	PHENIX	1.20.1_4487	モデル精密化
13	cryoSPARC		３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1210771 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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