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- PDB-9nyu: Crystal structure of KwaB dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9nyu
タイトルCrystal structure of KwaB dimer
要素Kiwa protein KwaB
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / Antiphage / Kiwa system / KwaB dimer
機能・相同性Protein of unknown function DUF4868 / : / Kiwa protein KwaB-like / defense response to virus / Kiwa protein KwaB
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Zhiying, Z. / Dinshaw, J.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other privateP30CA008748 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of KwaB dimer
著者: Zhiying, Z. / Dinshaw, J.P.
履歴
登録2025年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kiwa protein KwaB
K: Kiwa protein KwaB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2952
ポリマ－72,2952
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6810 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area27670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.974, 163.974, 61.124
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "K"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 1 - 315 / Label seq-ID: 1 - 315

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1AA
d_2KB

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.855329273631, -0.464523329311, 0.229412096883), (-0.434525881302, 0.402073365285, -0.805930683997), (0.282133110693, -0.789021600119, -0.545752528529)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.855329273631, -0.464523329311, 0.229412096883), (-0.434525881302, 0.402073365285, -0.805930683997), (0.282133110693, -0.789021600119, -0.545752528529)
ベクター: 73.6374093079, -11.6576579638, -62.289880422)

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要素

#1: タンパク質 Kiwa protein KwaB


分子量: 36147.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: kwaB, ECO55CA74_24530 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DW46
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.51 %
結晶化温度: 289 K / 手法: liquid diffusion
詳細: 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0; 30% v/v Jeffamine ED-2001 pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 289 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9201 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→30.99 Å / Num. obs: 11145 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 3.6→3.79 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 1115 / CC1/2: 0.403 / Rpim(I) all: 0.936

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
RAPDdata processing
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.6→30.99 Å / SU ML: 0.6357 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.8498
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3242 1115 10 %
Rwork0.2764 10030 -
obs0.2811 11145 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 176.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→30.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5058 0 0 0 5058
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00425134
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74326908
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0475798
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059876
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.92666
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.36922902838 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6-3.760.40451370.38031223X-RAY DIFFRACTION99.78
3.76-3.960.40251340.35731247X-RAY DIFFRACTION100
3.96-4.210.32211360.34521245X-RAY DIFFRACTION100
4.21-4.530.37891390.32261237X-RAY DIFFRACTION100
4.53-4.990.32821420.32321259X-RAY DIFFRACTION99.86
4.99-5.710.42771380.30421244X-RAY DIFFRACTION100
5.71-7.170.38351460.31681259X-RAY DIFFRACTION99.93
7.18-30.990.23781430.19281316X-RAY DIFFRACTION99.66
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 53.3962680396 Å / Origin y: -55.1737221557 Å / Origin z: -2.33871769993 Å
111213212223313233
T0.660762998549 Å2-0.0687358814027 Å20.197456411388 Å2-1.17087342162 Å20.0551684889519 Å2--1.16455847276 Å2
L1.61408059616 °20.465528458649 °2-0.484451734223 °2-2.44200239296 °2-0.593381455065 °2--2.35397753715 °2
S0.076794270518 Å °-0.183667431708 Å °0.228096979438 Å °0.00400426279831 Å °0.161219715302 Å °0.355187086072 Å °-0.213663821967 Å °-0.33487544131 Å °-0.19026858838 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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