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- PDB-9ny8: Crystal structure of the ribose operon repressor, RbsR, bound to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ny8
タイトルCrystal structure of the ribose operon repressor, RbsR, bound to ribose operon
要素
  • (ribose operon) x 2
  • Ribose operon repressor
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


monosaccharide binding / DNA-binding transcription activator activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Ribose operon repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wells, M.L. / Lu, C. / Sultanov, D. / Weber, K.C. / Gong, Z. / Glasgow, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R00GM135529 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Conserved energetic changes drive function in an ancient protein fold.
著者: Wells, M.L. / Lu, C. / Sultanov, D. / Weber, K.C. / Gong, Z. / Glasgow, A.
履歴
登録2025年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribose operon repressor
B: Ribose operon repressor
C: ribose operon
D: ribose operon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,9487
ポリマ－91,6604
非ポリマー2883
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12880 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area34150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.530, 125.530, 122.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Ribose operon repressor


分子量: 36605.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rbsR, b3753, JW3732 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACQ0
#2: DNA鎖 ribose operon


分子量: 9360.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: DNA鎖 ribose operon


分子量: 9088.858 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.1 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M sodium sulfate, 0.1 M bis-tris-propane (pH 6.5), and 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→43.84 Å / Num. obs: 47896 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 30.5 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.33 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2397 / CC1/2: 0.184

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8精密化
xia2データ削減
STARANISOデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→43.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 18.994 / SU ML: 0.195 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.259 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22327 2323 4.9 %RANDOM
Rwork0.19214 ---
obs0.1937 45573 73.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.63 Å20.31 Å20 Å2
2--0.63 Å2-0 Å2
3----2.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5126 1232 15 58 6431
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0166691
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0165651
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0581.7159236
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.371.55813058
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1285.299702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.00610909
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0450.21064
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026924
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021382
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.2494.8152643
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.2494.8142643
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.1038.673302
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.1038.673303
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.4145.4084048
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.2765.3984037
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.869.6825917
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.88677.3513112
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.88677.3513110
LS精密化 シェル解像度: 2.102→2.156 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.447 3 -
Rwork0.375 41 -
obs--0.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8119-0.3678-0.18530.58250.06380.43730.0991-0.01180.31920.00590.02670.0303-0.06350.0638-0.12570.0431-0.03070.06090.0637-0.00670.13365.31-25.811-21.029
21.4552-1.1812-0.17882.0240.10260.25830.0394-0.0428-0.187-0.01410.03240.32120.0739-0.0404-0.07180.0283-0.0151-0.03260.05390.05120.138457.102-40.077-34.367
32.29410.75850.1863.4189-1.57712.94980.0990.24090.60810.24110.35441.0005-0.509-0.9388-0.45350.20450.17410.16920.39480.20220.742719.883-10.232-28.291
42.78321.0898-1.02694.1357-1.49513.9640.10590.18380.58910.2780.31711.1001-0.455-1.1253-0.42310.0670.11590.10840.38650.1620.724519.765-10.961-27.638
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 330
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 330
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 30
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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