PDB-9ny7: Crystal structure of the ribose operon repressor, RbsR, bound to ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ny7

タイトル

Crystal structure of the ribose operon repressor, RbsR, bound to ribose

要素

Ribose operon repressor

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / ribose operon repressor / RbsR

機能・相同性

機能・相同性情報

monosaccharide binding / DNA-binding transcription activator activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.07 Å

データ登録者

Wells, M.L. / Lu, C. / Sultanov, D. / Weber, K.C. / Gong, Z. / Glasgow, A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Conserved energetic changes drive function in an ancient protein fold.
著者: Wells, M.L. / Lu, C. / Sultanov, D. / Weber, K.C. / Gong, Z. / Glasgow, A.

履歴

登録	2025年3月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ny7.cif.gz	680.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ny7.ent.gz	566.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ny7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ny7_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ny7_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	9ny7_validation.xml.gz	75.6 KB	表示
CIF形式データ	9ny7_validation.cif.gz	97.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/9ny7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/9ny7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ny8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (7) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribose operon repressor

B: Ribose operon repressor

C: Ribose operon repressor

D: Ribose operon repressor

E: Ribose operon repressor

F: Ribose operon repressor

ヘテロ分子

221 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribose operon repressor

B: Ribose operon repressor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
73.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Ribose operon repressor

ヘテロ分子

E: Ribose operon repressor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: Ribose operon repressor

ヘテロ分子

D: Ribose operon repressor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

F: Ribose operon repressor

ヘテロ分子

F: Ribose operon repressor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	177.461, 87.353, 130.942
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.378, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質

Ribose operon repressor

分子量: 36605.695 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rbsR, b3753, JW3732 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACQ0

#2: 糖

ChemComp-RIP / beta-D-ribopyranose / beta-D-ribose / D-ribose / ribose / RIBOSE(PYRANOSE FORM) / β-D-リボピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₀O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.14 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.2 M sodium malonate (pH 4.0) and 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979493 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979493 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.07→33.82 Å / Num. obs: 72942 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.985 / R_pim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 4.8
反射シェル	解像度: 2.07→2.367 Å / Num. unique obs: 3646 / CC_1/2: 0.573

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
STARANISO		データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.07→33.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 15.337 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.46 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23438	3661	5 %	RANDOM
R_work	0.19147	-	-	-
obs	0.19361	70230	61.43 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.886 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.3 Å²	0 Å²	-0.13 Å²
2-	-	0.34 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.07→33.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13378	0	60	421	13859

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.017	13703
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	13057
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.247	1.82	18602
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.438	1.559	30048
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.078	5.313	1819
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.553	10	2367
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	2134
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	16249
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3091
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.565	2.233	6835
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.565	2.233	6835
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.03	4.005	8535
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.03	4.005	8536
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.904	2.815	6868
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.904	2.815	6869
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.905	4.904	10068
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	12.817	23.75	14992
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	12.832	23.42	14916

LS精密化シェル

解像度: 2.07→2.122 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.422	3	-
R_work	0.354	48	-
obs	-	-	0.58 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5373	1.9576	0.1575	2.59	0.4285	0.8276	0.2354	-0.2136	-0.0335	0.2906	-0.1197	-0.2654	-0.1065	0.2454	-0.1157	0.1116	-0.0548	0.0023	0.1106	-0.0176	0.068	23.103	-2.193	69.048
2	2.2575	0.7393	1.0835	0.7348	0.3904	1.1705	-0.0927	0.2357	0.259	-0.0445	0.0651	-0.1579	-0.1672	0.2053	0.0276	0.1699	-0.0221	0.0271	0.0889	0.012	0.1705	36.528	5.373	42.71
3	2.1525	1.7322	0.1522	2.2632	0.4012	0.8242	0.1325	-0.1823	-0.0152	0.2016	-0.0548	-0.1864	-0.0707	0.2015	-0.0777	0.0878	-0.0174	0.006	0.0757	-0.0156	0.0506	35.143	-6.75	5.24
4	2.959	-0.7199	0.5064	2.5453	-0.6949	1.3957	-0.0178	-0.5475	-0.9165	0.2217	0.1733	0.1452	0.3768	-0.1788	-0.1555	0.1966	-0.0119	-0.0168	0.1581	0.1456	0.3611	81.345	-13.524	11.761
5	2.9625	-0.9821	1.5373	0.8845	-0.604	1.4461	-0.141	-0.2082	0.2507	0.1058	0.1205	0.0498	-0.1614	-0.0955	0.0205	0.1218	0.0335	0.0137	0.033	-0.0109	0.0661	46.22	-44.461	20.656
6	1.6407	0.7912	0.0235	3.1348	0.374	1.4867	-0.1116	0.317	-0.6454	-0.2816	0.175	-0.3003	0.505	0.0826	-0.0634	0.2337	-0.0035	0.0135	0.1037	-0.0883	0.3119	83.905	-9.061	52.37

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	52 - 330
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 330
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	53 - 330
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	58 - 330
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	52 - 330
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	58 - 330

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)