PDB-9nxj: The GH43 domain of an alpha-l-arabinofuranosidase (AtAbf43C_GH43)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9nxj

タイトル

The GH43 domain of an alpha-l-arabinofuranosidase (AtAbf43C_GH43) from Acetivibrio thermocellus DSM1313

要素

Glycoside hydrolase family 43

キーワード

HYDROLASE / FIVE-BLADED BETA PROPELLER / BETA-TREFOIL / FUROSIDASE

機能・相同性

機能・相同性情報

L-arabinose metabolic process / alpha-L-arabinofuranosidase activity / polysaccharide catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.32 Å

データ登録者

Galindo, J.L. / Jeffrey, P.D. / Conway, J.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2025
タイトル: Functional and structural characterization of AtAbf43C: an exo-1,5-alpha-L-arabinofuranosidase from Acetivibrio thermocellus DSM1313.
著者: Galindo, J.L. / Jeffrey, P.D. / Zhu, A. / Link, A.J. / Conway, J.M.

履歴

登録	2025年3月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年8月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9nxj.cif.gz	174.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9nxj.ent.gz	111.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9nxj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9nxj_validation.pdf.gz	459 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9nxj_full_validation.pdf.gz	461.4 KB	表示
XML形式データ	9nxj_validation.xml.gz	28.3 KB	表示
CIF形式データ	9nxj_validation.cif.gz	37.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/9nxj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/9nxj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9nxgC 9nxhC 9nxiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycoside hydrolase family 43

B: Glycoside hydrolase family 43

ヘテロ分子

76.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glycoside hydrolase family 43

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
38.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glycoside hydrolase family 43

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
38.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.304, 105.304, 128.856
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅
Space group name Hall	P6₅
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+5/6 #3: y,-x+y,z+1/6 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: -x,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	VAL	VAL	(chain 'A' and (resid 149 through 163 or resid 165...	A	A	149 - 163	3 - 17
1	2	ARG	ARG	ILE	ILE	(chain 'A' and (resid 149 through 163 or resid 165...	A	A	165 - 338	19 - 192
1	3	ALA	ALA	PRO	PRO	(chain 'A' and (resid 149 through 163 or resid 165...	A	A	341 - 474	195 - 328
1	4	AHR	AHR	AHR	AHR	(chain 'A' and (resid 149 through 163 or resid 165...	A	C	501
2	5	PRO	PRO	VAL	VAL	(chain 'B' and (resid 149 through 163 or resid 165...	B	B	149 - 163	3 - 17
2	6	ARG	ARG	ILE	ILE	(chain 'B' and (resid 149 through 163 or resid 165...	B	B	164 - 338	18 - 192
2	7	ALA	ALA	PRO	PRO	(chain 'B' and (resid 149 through 163 or resid 165...	B	B	341 - 473	195 - 327
2	8	AHR	AHR	AHR	AHR	(chain 'B' and (resid 149 through 163 or resid 165...	B	G	501

#1: タンパク質

Glycoside hydrolase family 43

分子量: 38103.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (バクテリア)
遺伝子: Cthe_2138 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3DHB3

#2: 糖

ChemComp-AHR / alpha-L-arabinofuranose / alpha-L-arabinose / L-arabinose / arabinose / α-L-アラビノフラノ-ス

タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₀O₅

識別子	タイプ	プログラム
LArafa	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
a-L-arabinofuranose	COMMON NAME	GMML 1.0
a-L-Araf	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Ara	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: PEGmme 5000, pH 5.5 Bis-Tris, AmS04

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92015 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年9月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92015 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.32→29.59 Å / Num. obs: 35192 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 20.6 % / B_iso Wilson estimate: 41.4 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.118 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.121 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 21.2 / Num. measured all: 724982
反射シェル	解像度: 2.32→2.38 Å / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 20.2 % / R_merge(I) obs: 0.852 / Num. measured all: 50475 / Num. unique obs: 2503 / CC_1/2: 0.867 / R_pim(I) all: 0.192 / R_rim(I) all: 0.874 / Χ²: 0.54 / Net I/σ(I) obs: 3.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17_3644	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.32→29.59 Å / SU ML: 0.3461 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.8714
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2469	1644	4.76 %
R_work	0.2027	32864	-
obs	0.2049	34508	97.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.32→29.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5192	0	40	88	5320

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5408
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9918	7396
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0609	788
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	950
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.8321	1943

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.32-2.38	0.3666	147	0.2915	2578	X-RAY DIFFRACTION	93.29
2.38-2.46	0.3595	110	0.2739	2692	X-RAY DIFFRACTION	96.02
2.46-2.55	0.3502	155	0.2695	2706	X-RAY DIFFRACTION	97.05
2.55-2.65	0.3563	130	0.2542	2712	X-RAY DIFFRACTION	97.4
2.65-2.77	0.3135	135	0.2543	2724	X-RAY DIFFRACTION	97.08
2.77-2.92	0.3066	131	0.2475	2691	X-RAY DIFFRACTION	97.18
2.92-3.1	0.2717	157	0.2404	2761	X-RAY DIFFRACTION	98.65
3.1-3.34	0.3147	114	0.2335	2779	X-RAY DIFFRACTION	99.31
3.34-3.67	0.263	129	0.2124	2797	X-RAY DIFFRACTION	99.59
3.67-4.2	0.2215	156	0.1803	2791	X-RAY DIFFRACTION	99.7
4.2-5.29	0.1759	142	0.1464	2797	X-RAY DIFFRACTION	99.8
5.29-29.59	0.1831	138	0.1637	2836	X-RAY DIFFRACTION	99.77

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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