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- PDB-9nxg: An alpha-l-arabinofuranosidase (AtAbf43C) from Acetivibrio thermo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9nxg
タイトルAn alpha-l-arabinofuranosidase (AtAbf43C) from Acetivibrio thermocellus DSM1313
要素Glycoside hydrolase family 43
キーワードHYDROLASE / FIVE-BLADED BETA PROPELLER / BETA-TREFOIL / FUROSIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


L-arabinose metabolic process / alpha-L-arabinofuranosidase activity / polysaccharide catabolic process
類似検索 - 分子機能
Alpha-L-arabinofuranosidase B, arabinose-binding domain / Alpha-L-arabinofuranosidase B, arabinose-binding domain superfamily / Alpha-L-arabinofuranosidase B (ABFB) domain / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat ...Alpha-L-arabinofuranosidase B, arabinose-binding domain / Alpha-L-arabinofuranosidase B, arabinose-binding domain superfamily / Alpha-L-arabinofuranosidase B (ABFB) domain / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycoside hydrolase family 43
類似検索 - 構成要素
生物種Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.32 Å
データ登録者Galindo, J.L. / Jeffrey, P.D. / Conway, J.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other privateEnergy Research Fund administered by the Andlinger Center for Energy and the Environment at Princeton University 米国
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2025
タイトル: Functional and structural characterization of AtAbf43C: An exo-1,5-alpha-L-arabinofuranosidase from Acetivibrio thermocellus DSM1313.
著者: Galindo, J.L. / Jeffrey, P.D. / Zhu, A. / Link, A.J. / Conway, J.M.
履歴
登録2025年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase family 43
B: Glycoside hydrolase family 43
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,68818
ポリマ－113,4182
非ポリマー1,27016
水16,826934
1
A: Glycoside hydrolase family 43
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,49411
ポリマ－56,7091
非ポリマー78510
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glycoside hydrolase family 43
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1947
ポリマ－56,7091
非ポリマー4856
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.265, 81.614, 82.105
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Glycoside hydrolase family 43


分子量: 56708.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (バクテリア)
遺伝子: Cthe_2138 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3DHB3
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 934 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.7 / 詳細: 2-Propanol, PEG3350, HEPES pH 7.7, AmSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92015 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92015 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.32→28.93 Å / Num. obs: 232133 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 9.87 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.054 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 16.7 / Num. measured all: 783892
反射 シェル解像度: 1.32→1.35 Å / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.359 / Num. measured all: 40776 / Num. unique obs: 15790 / CC1/2: 0.776 / Rpim(I) all: 0.271 / Rrim(I) all: 0.452 / Χ2: 0.78 / Net I/σ(I) obs: 2.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17_3644: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.32→28.93 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1723 11627 5.08 %
Rwork0.1576 --
obs0.1584 228831 97.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.32→28.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7542 0 81 934 8557
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0057993
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87410921
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9292908
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0891154
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061414
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.32-1.340.26492930.24626118X-RAY DIFFRACTION82
1.34-1.350.25573690.23996685X-RAY DIFFRACTION91
1.35-1.370.2333610.22556811X-RAY DIFFRACTION92
1.37-1.380.24053800.22046887X-RAY DIFFRACTION93
1.38-1.40.24323760.20847028X-RAY DIFFRACTION95
1.4-1.420.23094100.20057137X-RAY DIFFRACTION97
1.42-1.440.22463880.18787211X-RAY DIFFRACTION97
1.44-1.460.20473580.18667306X-RAY DIFFRACTION98
1.46-1.490.19523510.17617326X-RAY DIFFRACTION98
1.49-1.510.20413760.16717232X-RAY DIFFRACTION98
1.51-1.540.17894010.16667254X-RAY DIFFRACTION98
1.54-1.570.19653710.15997344X-RAY DIFFRACTION98
1.57-1.60.17573920.15547235X-RAY DIFFRACTION99
1.6-1.630.17824240.15247289X-RAY DIFFRACTION99
1.63-1.660.17783960.15717343X-RAY DIFFRACTION99
1.66-1.70.19093840.15127347X-RAY DIFFRACTION99
1.7-1.740.16863720.15167375X-RAY DIFFRACTION99
1.74-1.790.16273600.15327367X-RAY DIFFRACTION99
1.79-1.840.17794050.15047353X-RAY DIFFRACTION99
1.84-1.90.16793910.14797392X-RAY DIFFRACTION99
1.9-1.970.16553940.14677357X-RAY DIFFRACTION99
1.97-2.050.15623960.14627441X-RAY DIFFRACTION99
2.05-2.140.15944670.14837296X-RAY DIFFRACTION99
2.14-2.260.15663820.14677391X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.40.17494290.1517384X-RAY DIFFRACTION99
2.4-2.580.16613950.15527445X-RAY DIFFRACTION99
2.58-2.840.16754030.15647383X-RAY DIFFRACTION99
2.84-3.250.16113940.15147434X-RAY DIFFRACTION99
3.25-4.10.15233830.14147485X-RAY DIFFRACTION99
4.1-28.930.1514260.1527548X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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