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- PDB-9nwn: Structure of minimal CRISPR polymerase bound to ApNHpp -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9nwn
タイトルStructure of minimal CRISPR polymerase bound to ApNHpp
要素MCpol domain-containing protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / cyclase / palm domain / cyclic oligonucleotide / mCpol
機能・相同性Minimal CRISPR polymerase domain / minimal CRISPR polymerase domain / Chem-ZAN / MCpol domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Doherty, E.E. / Bolling, C.B. / Wilcox, X.E. / Doudna, J.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM153031 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of minimal CRISPR polymerase bound to ApNHpp
著者: Doherty, E.E. / Bolling, C.B. / Wilcox, X.E. / Doudna, J.A.
履歴
登録2025年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: MCpol domain-containing protein
A: MCpol domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1556
ポリマ－28,0942
非ポリマー1,0614
水1,27971
1
B: MCpol domain-containing protein
ヘテロ分子

B: MCpol domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1556
ポリマ－28,0942
非ポリマー1,0614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area2450 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area10980 Å2
手法PISA
2
A: MCpol domain-containing protein
ヘテロ分子

A: MCpol domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1556
ポリマ－28,0942
非ポリマー1,0614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area2520 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area11410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.135, 56.769, 93.705
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-333-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 MCpol domain-containing protein / Minimal CRISPR polymerase


分子量: 14046.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: ECOR 31 / 遺伝子: DU321_04150 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
Variant (発現宿主): F-ompT hsdSB(rB- mB-) gal dcm (DE3) pLysSRARE2 (CamR)
参照: UniProt: A0A426EXS8
#2: 化合物 ChemComp-ZAN / 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine / アデノシン5′-[α,β-イミド]三りん酸


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Bicine pH 8.0, 15% PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→48.55 Å / Num. obs: 12367 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 35.28 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.159 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.28→2.37 Å / Num. unique obs: 1349 / CC1/2: 0.884 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.28→48.55 Å / SU ML: 0.2679 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.847
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2488 1229 10 %
Rwork0.2243 11064 -
obs0.2269 12293 98.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→48.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1878 0 64 71 2013
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01791987
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.95852690
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0857307
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0151332
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d29.2555335
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.28-2.370.28991350.28091214X-RAY DIFFRACTION99.78
2.37-2.480.26951360.26981221X-RAY DIFFRACTION99.41
2.48-2.610.29991340.25861222X-RAY DIFFRACTION99.34
2.61-2.770.32841350.27081209X-RAY DIFFRACTION98.1
2.77-2.990.2931350.25121225X-RAY DIFFRACTION99.27
2.99-3.290.26311380.2311237X-RAY DIFFRACTION99.71
3.29-3.760.26651330.22521196X-RAY DIFFRACTION94.59
3.76-4.740.1971340.18361197X-RAY DIFFRACTION94.6
4.74-48.550.21981490.20521343X-RAY DIFFRACTION99.14
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.77651649553-2.6979740505-0.6100611862776.005024581570.6621713798673.86797007226-0.32514318692-0.1519638051130.393953152351-0.03657754166350.473782055849-1.25513223072-0.1654620212480.276110269378-0.2601641038260.423208224259-0.0359953250292-0.009114873025190.281787216804-0.001361684952860.3008512158976.4807439380631.4286474782-31.845571796
29.09173423954-7.38268873609-4.875166992366.861616480965.704982344966.03444034289-0.0928284326220.03231595332610.125533060733-0.792730686466-0.0682215386028-0.0973574420115-0.3787675274470.372930186549-0.002345084190990.498179674642-0.03442359039890.06786716626690.3174939521910.09379037270940.3095186334948.9083226517629.8985670606-42.8148760941
32.91908791576-0.7837039994190.6127235707790.634442010499-0.6961448733696.21793658350.02734998863880.0418472837833-0.032363954644-0.307814138581-0.0211169711403-0.3697108425210.1612429313330.3832685762850.02514299297170.436077631839-0.002631286425220.07282919308130.1927276104170.01309306415880.40204305080611.712917976816.1073144561-33.8192877371
43.19985700348-3.228811118730.2108123250173.80716769523-0.5080132622842.40458172015-0.5255884848990.327398999281-0.3809941126-0.141140064175-0.188998276555-0.1484844312710.0725917456977-0.0673735237823-0.4090861243520.943362955983-0.02341542966120.1458689399870.263995123022-0.02037672484130.4457055024-4.3375727587416.0826157167-11.7318683405
55.10805873101-1.18342273176-1.286902915115.63445057516-3.735513418484.209943074590.08305419769960.1905983124-0.2945341708940.3818514676620.3872554277941.360578536110.0794805648383-0.631810118493-0.2170563463810.778856012539-0.02014062522920.03814772420410.222122951371-0.02966223219160.40559134319-9.2449163746438.0915478573-15.0363778707
61.79118294962-0.623755691191-0.2685154409713.32197710737-3.191339957443.501844354190.0250190161335-0.2004241418590.1620127123880.2711940776980.06362257401860.7053661574930.0620953245469-0.0315207462973-0.038276394070.751210203363-0.09059272114620.08556182347740.267191529909-0.05990422389220.401518541539-8.7129229025126.5085176177-2.75812087213
71.84977794759-0.491962261135-1.252442526241.480436714980.2940034533682.49613138637-0.0674113969930.0193782528492-0.5275297586550.614945910281-0.0334797042750.6295352374890.371916551647-0.1461803243310.1930062725840.905879134323-0.1142984812940.05996893470980.2364364559050.0003064713839240.460050859063-6.3324425819912.0033027734-4.9002025318
84.896286720231.3132360242-5.082600071568.618749025224.374105198829.269411188080.1013990865250.314113526618-0.2819153807210.4211167410620.1882551609210.998754637701-1.33499292261-1.670982846840.04255454085910.4770507383880.1254663983930.008298061439730.64483579857-0.1053736533410.575261944557-15.769444511326.4904393933-11.2016909535
92.59166677136-1.02932226945-0.9793041963110.695336364131-0.07525797520332.77225026393-0.0562401668670.120842267068-0.5888802118780.665543088565-0.1654875326680.2126358227330.179374148423-0.009491801905680.2462688758480.561539873824-0.04064849743780.0601000869580.215346506106-0.006884982126580.391583186408-4.3262620065811.2058036826-18.1182094864
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 22 )AB1 - 221 - 22
22chain 'A' and (resid 23 through 47 )AB23 - 4723 - 47
33chain 'A' and (resid 48 through 120 )AB48 - 12048 - 120
44chain 'B' and (resid 1 through 9 )BA1 - 91 - 9
55chain 'B' and (resid 10 through 22 )BA10 - 2210 - 22
66chain 'B' and (resid 23 through 47 )BA23 - 4723 - 47
77chain 'B' and (resid 48 through 79 )BA48 - 7948 - 79
88chain 'B' and (resid 80 through 85 )BA80 - 8580 - 85
99chain 'B' and (resid 86 through 120 )BA86 - 12086 - 120

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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