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- PDB-9nwf: Structure of an inactive beta-D-glucuronate dehydratase mutant in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9nwf
タイトルStructure of an inactive beta-D-glucuronate dehydratase mutant in complex with chondrosine
要素Glucuronate dehydratase
キーワードLYASE / dehydratase / complex / chondrosine / chondroitin
機能・相同性Uncharacterised conserved protein UCP014753 / : / Uncharacterized protein conserved in bacteria (DUF2264) / hydrolase activity / IODIDE ION / DUF2264 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Bacteroides caccae (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Boraston, A.B. / Alvarez, B. / Canil, O.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)04355 カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Analysis of chondroitin degradation by components of a Bacteroides caccae polysaccharide utilization locus.
著者: Alvarez, B. / Canil, O.F. / Low, K.E. / Hettle, A.G. / Abbott, D.W. / Boraston, A.B.
履歴
登録2025年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucuronate dehydratase
B: Glucuronate dehydratase
C: Glucuronate dehydratase
D: Glucuronate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,80535
ポリマ－183,9574
非ポリマー4,84831
水7,422412
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18230 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area49190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.543, 105.840, 179.944
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

#1: タンパク質
Glucuronate dehydratase


分子量: 45989.293 Da / 分子数: 4 / 変異: R285A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteroides caccae (バクテリア) / 株: ATCC 43185
遺伝子: DW190_12820, DW794_00720, DXA49_19590, ERS852494_00337, F2Y31_01635, F2Y35_19060, F2Y36_02775, F2Y39_01210, NXW23_04330
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A174GN40
#2: 多糖
beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-amino-2-deoxy-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 355.295 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpAb1-3DGalpNb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5_2*N][a2122A-1b_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GalpN]{[(3+1)][b-D-GlcpA]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物...
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.25M sodium iodide, 5-13% glycerol, and 8-13% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年1月29日 / 詳細: VariMaxTM-HF ArcSec
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 58307 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.092 / Rrim(I) all: 0.191 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.65 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2858 / CC1/2: 0.844 / Rpim(I) all: 0.5 / Rrim(I) all: 0.994 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→19.96 Å / SU ML: 0.3754 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.8321
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2615 2731 5.06 %
Rwork0.1912 51220 -
obs0.1948 53951 91.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12322 0 123 412 12857
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008112819
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.962217409
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05061857
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00832222
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.00294791
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.640.3491210.26162200X-RAY DIFFRACTION79.9
2.64-2.690.37031100.25312372X-RAY DIFFRACTION85.35
2.69-2.740.41961400.2542404X-RAY DIFFRACTION87.66
2.74-2.80.34391210.242484X-RAY DIFFRACTION89.86
2.8-2.860.35841250.25092607X-RAY DIFFRACTION92.55
2.86-2.930.33391510.23812590X-RAY DIFFRACTION94.06
2.93-30.35631380.23442605X-RAY DIFFRACTION94.16
3-3.080.30651270.23812626X-RAY DIFFRACTION94.18
3.08-3.170.30481220.21932638X-RAY DIFFRACTION93.97
3.17-3.270.29341430.22872578X-RAY DIFFRACTION93.6
3.27-3.390.3191490.21272636X-RAY DIFFRACTION94.15
3.39-3.520.24921510.18762593X-RAY DIFFRACTION93.65
3.52-3.680.2511210.17972658X-RAY DIFFRACTION94.17
3.68-3.880.22871530.17682599X-RAY DIFFRACTION93.7
3.88-4.120.23411520.16922608X-RAY DIFFRACTION92.84
4.12-4.430.25041300.15532613X-RAY DIFFRACTION92.67
4.43-4.870.18941390.14662617X-RAY DIFFRACTION92.27
4.87-5.560.21241570.16862592X-RAY DIFFRACTION91.48
5.56-6.960.25881510.19332584X-RAY DIFFRACTION90.56
6.96-19.960.22521300.17442616X-RAY DIFFRACTION87.12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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