PDB-9nvh: NMR structure of conotoxin k-SrXIA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9nvh

タイトル

NMR structure of conotoxin k-SrXIA

要素

Kappa-conotoxin SrXIA

キーワード

TOXIN / Conotoxin / ion channel / Potassium

機能・相同性

Conotoxin I2-superfamily / I2-superfamily conotoxins / Conotoxin-I, conserved site / I-superfamily conotoxin signature. / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Kappa-conotoxin SrXIA

機能・相同性情報

生物種

Conus spurius (無脊椎動物)

手法

溶液NMR / molecular dynamics

データ登録者

Melchor-Meneses, C.M. / del Rio-Portilla, F.

資金援助

メキシコ, 1件

引用

ジャーナル: Toxicon / 年: 2025
タイトル: Block of Kv1 potassium channels and NMR structure of recombinant conotoxin kappa-SrXIA.
著者: Escobar, L.I. / Quezada Suaste, C.D. / Salvador, C. / Aparicio, D.L. / Melchor-Meneses, C.M. / Bravo-Martinez, J. / de la Rosa, V. / Lopez-Gonzalez, Z. / Del Rio-Portilla, F.

履歴

登録	2025年3月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9nvh.cif.gz	188.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9nvh.ent.gz	158.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9nvh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/9nvh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/9nvh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 31235NMR structure of conotoxin k-SrXIA

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Kappa-conotoxin SrXIA

3.87 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: NMR Distance Restraints, not applicable

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Kappa-conotoxin SrXIA / Kappa-SrXIA / I2-superfamily conotoxin sr11a 分子量: 3865.345 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Conus spurius (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P0C615
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D-TOCSY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 1 mM Conotoxin k-SrXIA, 95% H2O/5% D2O / Label: 1_Sample / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料	濃度: 1 mM / 構成要素: Conotoxin k-SrXIA / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態	イオン強度: 1 mM / Label: Sample_1 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE III HD / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III HD / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
Amber	Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollman	精密化
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
CARA	Keller and Wuthrich	chemical shift assignment
CARA	Keller and Wuthrich	peak picking
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: used also for simulated annealing

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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