PDB-9nv5: Crystal structure of phosphoglycerate mutase from Trichomonas vag...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9nv5

タイトル

Crystal structure of phosphoglycerate mutase from Trichomonas vaginalis

要素

Phosphoglycerate mutase

キーワード

ISOMERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / TRANSFERASE / Trichomonas vaginalis / Phosphoglycerate mutase

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-dependent) / phosphoglycerate mutase activity / glycolytic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of phosphoglycerate mutase from Trichomonas vaginalis
著者: Seibold, S. / Lovell, S. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2025年3月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9nv5.cif.gz	380.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9nv5.ent.gz	309.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9nv5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/9nv5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/9nv5	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (8) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (8) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoglycerate mutase

B: Phosphoglycerate mutase

C: Phosphoglycerate mutase

D: Phosphoglycerate mutase

ヘテロ分子

122 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.780, 92.704, 94.002
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.09, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Phosphoglycerate mutase 分子量: 29850.227 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし) 遺伝子: TVAG_165570 / プラスミド: TrvaA.01013.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A2DUN8, phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-dependent)

#1: タンパク質

Phosphoglycerate mutase

分子量: 29850.227 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
遺伝子: TVAG_165570 / プラスミド: TrvaA.01013.a.B1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A2DUN8, phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-dependent)

-
非ポリマー , 5種, 556分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₀O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.2 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Index F7: 25% (w/v) PEG 3350, 0.1 M BIS-TRIS 6.5, 0.25 M ammonium sulfate. TrvaA.01013.a.B1.PW39315 at 18.8 mg/mL. plate SS Clover F4 IDX F7 BK 5 pg 18, Puck: PSL-0515, Cryo: 20% (v/v) PEG 200 + 80% crystallant.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年12月14日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→19.96 Å / Num. obs: 91791 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.138 / R_pim(I) all: 0.058 / R_rim(I) all: 0.15 / Χ²: 1.06 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 624081
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 1.314 / Num. measured all: 31823 / Num. unique obs: 4522 / CC_1/2: 0.672 / R_pim(I) all: 0.532 / R_rim(I) all: 1.419 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I) obs: 1.9

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_5634: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→19.96 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1865	4500	4.91 %
R_work	0.1563	-	-
obs	0.1578	91697	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7058	0	142	540	7740

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	7359
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.24	9922
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.633	2769
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	1080
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	1246

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.97	0.2437	171	0.2282	2895	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2	0.2512	164	0.2193	2868	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.02	0.2283	156	0.193	2870	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.05	0.2217	152	0.1958	2911	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.07	0.2674	151	0.1962	2897	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.1	0.2218	143	0.1934	2908	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.13	0.2255	137	0.1792	2869	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.16	0.2308	164	0.1747	2924	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.2	0.1981	146	0.1691	2885	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.23	0.1965	156	0.1649	2925	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.27	0.2034	146	0.1631	2880	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.31	0.1881	188	0.151	2873	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.36	0.1745	161	0.1489	2873	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.4	0.2	149	0.1416	2879	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.46	0.171	175	0.1448	2891	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.51	0.1885	154	0.1392	2889	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.58	0.1703	144	0.1435	2925	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.65	0.1761	120	0.1402	2946	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.72	0.1901	169	0.15	2866	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.81	0.1809	146	0.1431	2938	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-2.91	0.1864	171	0.1472	2848	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.03	0.2132	126	0.1538	2956	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.16	0.2092	114	0.1571	2928	X-RAY DIFFRACTION	100
3.16-3.33	0.2192	131	0.1615	2940	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-3.54	0.1839	104	0.1605	2952	X-RAY DIFFRACTION	99
3.54-3.81	0.1742	165	0.1455	2889	X-RAY DIFFRACTION	99
3.81-4.19	0.1599	183	0.1301	2858	X-RAY DIFFRACTION	99
4.19-4.79	0.142	164	0.1326	2916	X-RAY DIFFRACTION	100
4.79-6	0.1829	96	0.1542	3009	X-RAY DIFFRACTION	100
6.01-19.96	0.176	154	0.1857	2989	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5664	0.4695	-1.061	3.736	-0.6701	1.5274	0.0832	-0.4584	-0.4219	0.1622	-0.0793	-0.3286	0.2156	0.0675	-0.0559	0.2672	0.002	-0.037	0.2439	0.0463	0.1847	34.6011	-16.9818	38.5213
2	4.7425	-1.5961	-0.0981	3.9781	0.4342	1.1045	-0.0652	-0.4035	0.4457	0.1627	0.1516	-0.4421	-0.0138	0.2738	-0.0761	0.1932	-0.0017	-0.0079	0.242	-0.0605	0.1992	48.7712	8.4248	40.0271
3	2.6768	0.682	0.6658	2.3519	0.5989	1.389	0.1003	-0.008	-0.3109	0.1359	0.0094	-0.1798	0.2664	0.1694	-0.0925	0.2579	0.0398	-0.0086	0.1994	0.0044	0.1646	44.1608	-7.6898	33.1597
4	1.0179	-0.2009	-0.207	2.8429	1.8105	2.2963	-0.0009	-0.0904	0.0474	0.0903	0.06	-0.0544	0.0264	0.1363	-0.101	0.1785	0.0072	-0.0068	0.1463	0.0086	0.1305	40.3837	2.4884	33.6383
5	1.6289	1.0485	-2.263	3.4494	-2.0817	4.4517	0.554	-0.4799	-0.3732	0.4621	0.0798	-0.6252	0.4751	0.8349	-0.1653	0.5462	0.0362	-0.1165	0.4197	-0.0676	0.317	43.9857	14.5122	57.6347
6	1.8297	0.6593	-0.2759	3.7823	1.4779	4.179	0.0895	-0.0216	0.1997	-0.0901	-0.0742	0.0492	-0.2391	-0.1942	0.0154	0.2531	0.0318	0.0132	0.215	-0.0358	0.2501	34.2862	17.0948	40.0221
7	2.189	2.148	1.6999	5.4802	2.8905	2.9934	0.1507	-0.2672	0.1152	0.4583	-0.169	0.2457	0.2344	-0.1407	0.053	0.2124	-0.0077	0.0136	0.1946	-0.0033	0.1829	26.578	0.2825	40.095
8	3.0553	1.1288	-0.1087	3.8309	0.2414	2.1689	0.0136	-0.1737	-0.0053	0.2454	0.0393	-0.0576	0.1143	0.0981	-0.0431	0.2065	0.004	-0.0096	0.1966	0.0157	0.1637	33.1064	-5.1831	41.6084
9	9.5404	0.9897	0.6533	3.2401	-0.0216	3.8977	0.1685	-0.5319	-0.1703	0.3808	-0.0789	0.1729	0.1039	0.2031	-0.1032	0.3454	0.0032	0.0159	0.247	0.0688	0.1753	32.4523	-13.603	44.4607
10	2.2109	-0.9411	1.2851	6.3663	-0.6564	1.799	-0.1245	0.1885	0.3329	-0.0203	0.096	-0.4334	-0.4164	0.2409	-0.0281	0.3179	-0.0286	0.0266	0.2177	0.0452	0.1953	35.9163	15.7755	8.461
11	4.7771	1.3179	0.7472	3.9133	1.1309	1.3898	-0.2578	0.3203	-0.0719	-0.3665	0.2898	-0.3796	-0.0819	0.4105	-0.0249	0.2536	-0.0037	0.0247	0.2618	-0.0355	0.211	51.1546	-9.8935	8.7224
12	6.7552	-4.6982	-0.325	3.3146	0.5316	2.7354	0.0032	-0.0832	0.8327	0.0643	0.1693	-0.9632	-0.2997	0.3058	-0.1532	0.2128	-0.0653	0.0103	0.2283	-0.0481	0.276	51.69	6.878	14.4684
13	1.4837	-0.2188	0.2637	2.1422	0.1672	1.1911	-0.0449	0.0309	0.1287	0.1581	-0.0359	-0.0171	-0.1608	-0.069	-0.0033	0.2242	-0.0024	-0.0228	0.1557	0.008	0.1718	37.709	5.2789	15.1774
14	0.8763	0.0001	-0.0743	2.0343	0.8197	1.2963	-0.0067	0.0322	-0.0499	-0.0277	0.0788	-0.0449	0.0193	0.1024	-0.045	0.1838	-0.0069	-0.0091	0.1643	0.0023	0.1582	41.7902	-4.291	13.9184
15	6.9573	-1.0335	2.3379	4.9208	-0.0524	4.3983	0.2978	0.8327	0.794	-0.5865	-0.0351	-0.4174	-0.4116	0.5906	-0.2889	0.5208	-0.0521	0.1564	0.2927	-0.0393	0.3406	48.7548	-16.206	-9.6086
16	1.8236	-0.6031	-0.2488	3.8905	0.6391	3.0501	0.0323	0.0324	-0.1181	0.0196	-0.0157	0.1247	0.2367	-0.1288	-0.0179	0.2328	-0.0151	-0.0183	0.1832	-0.0372	0.2401	37.2302	-19.1899	6.9173
17	1.9988	-2.0815	-1.2221	4.5866	1.9756	2.0709	0.1228	0.2129	-0.1502	-0.3578	-0.1141	0.2807	0.001	-0.1906	0.0089	0.2137	0.0125	-0.0148	0.2069	0.0063	0.1861	28.9167	-2.6163	5.6118
18	1.8735	-1.6367	-0.0244	3.9644	0.4004	2.1548	0.0351	0.2283	-0.0175	-0.2931	0.0327	0.0135	-0.0874	-0.0322	-0.0855	0.2031	-0.0198	0.0121	0.1896	0.0198	0.1838	35.3398	3.1375	4.9646
19	7.5283	-0.2058	1.0812	3.3646	-0.4144	4.9002	0.0872	0.2201	0.0317	-0.158	-0.0358	-0.075	-0.1193	0.2386	-0.0558	0.2825	-0.0269	0.0139	0.2078	0.0712	0.1674	35.6159	11.5278	2.3196
20	8.3546	4.663	-3.3501	5.25	-2.5662	3.977	-0.0498	-0.2581	0.1178	-0.0409	-0.0152	0.2801	-0.0478	-0.3696	-0.1121	0.241	0.0582	-0.0201	0.2949	-0.0843	0.3183	1.6364	10.7637	30.9841
21	2.9622	0.5375	-0.6549	1.9375	-1.4209	2.5949	-0.108	-0.1317	0.1062	0.0784	-0.0251	0.2295	-0.2169	-0.2327	0.1054	0.2162	0.022	-0.0015	0.2416	-0.0993	0.3049	-0.2536	6.9224	28.1949
22	2.1456	-0.0771	1.0714	1.6176	-0.1355	1.0876	-0.0102	-0.2005	0.0134	0.1078	-0.1471	0.2606	0.0761	-0.2315	0.0855	0.1553	-0.0029	0.0195	0.2426	-0.0308	0.2796	4.3992	2.8093	30.9145
23	2.2521	-0.8507	-0.2642	0.6006	0.2635	2.3764	0.2918	-1.6207	0.7155	0.4646	-0.657	0.5876	-0.4357	-0.477	0.1139	0.7104	0.0564	0.1799	1.0103	-0.2048	0.6108	-2.108	9.314	56.1517
24	2.1856	0.379	0.0123	2.3177	-0.7344	3.4638	0.0244	-0.3602	-0.0388	0.3035	-0.0648	0.0751	-0.0086	-0.0787	0.0232	0.1967	0.0109	0.0232	0.3066	-0.0241	0.2396	12.2824	3.5634	39.4974
25	3.7304	0.4761	-0.9657	4.0267	-0.582	5.0859	0.0271	-0.082	0.5471	0.0463	0.1136	0.2406	-0.8156	-0.0351	0.0307	0.3814	0.0356	-0.0162	0.2382	-0.0863	0.4052	11.0584	20.8751	31.4392
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27	5.0559	2.4402	0.2665	1.8768	-0.5906	0.7526	-0.3319	1.002	0.1989	-0.2194	-0.0941	0.2462	-0.1038	-0.5853	0.3704	0.2144	0.029	-0.0776	0.4494	-0.1094	0.363	-0.8172	-4.53	2.3556
28	4.2884	-3.3247	2.3792	4.795	-2.4841	3.6043	0.1238	-0.0822	-0.9882	0.1081	-0.0444	0.9827	0.2466	-0.6105	-0.0353	0.2228	-0.0571	0.0616	0.3509	-0.0711	0.5454	-4.8337	-14.2448	18.8226
29	2.1022	-0.2028	-0.5358	1.679	-0.0755	2.3708	0.0036	0.1774	-0.1102	-0.0332	-0.1407	0.2788	0.0109	-0.1361	0.0719	0.1625	-0.0038	0.0004	0.22	-0.0538	0.2928	6.6368	-7.7259	13.9007
30	2.323	0.7808	-0.993	1.1446	0.4275	2.0747	0.87	-0.4804	-0.5896	-0.4865	-0.234	-0.037	-0.0912	-0.4842	-0.3837	0.8467	-0.141	-0.1997	0.929	-0.1657	0.5222	2.4338	-12.3643	-15.2812
31	2.3104	-0.9745	-0.5454	1.8479	0.3175	2.8796	0.2413	0.7468	0.1393	-0.7256	-0.1388	0.1429	0.0211	-0.0487	0.0567	0.4108	0.0938	-0.1035	0.4972	-0.0009	0.3049	8.9407	-1.573	-4.9179
32	1.6897	-0.0264	-0.1115	2.2675	-0.8565	2.3251	0.0299	0.1689	-0.0094	-0.1451	-0.1342	0.0203	0.0786	-0.0177	0.09	0.2162	0.0198	-0.0007	0.2884	-0.0382	0.2553	17.4469	-9.2845	8.4829
33	3.4551	0.7219	1.4811	4.6196	-2.1255	7.944	-0.1374	0.1887	-0.41	-0.3321	0.2	0.313	0.5334	-0.2461	0.0651	0.2887	-0.0076	0.0023	0.2204	-0.0948	0.4049	11.8555	-21.9217	9.4867
34	7.146	0.6865	1.0401	3.3163	0.012	5.0963	0.1067	-0.3866	-0.654	0.3654	-0.1839	0.2859	0.8234	0.0861	-0.0539	0.4799	-0.0254	-0.0044	0.2076	-0.0578	0.5771	13.7441	-27.1472	17.6486

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 16 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 17 through 37 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 38 through 66 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 67 through 105 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 106 through 123 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 124 through 158 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 159 through 179 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 180 through 201 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 202 through 237 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 3 through 16 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 17 through 37 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 38 through 53 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 54 through 66 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 67 through 105 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 106 through 123 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 124 through 158 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 159 through 179 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 180 through 201 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 202 through 238 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 8 through 25 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 26 through 66 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 67 through 105 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 106 through 123 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 124 through 189 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 190 through 238 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 8 through 24 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 25 through 37 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 38 through 53 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 54 through 105 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 106 through 120 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 121 through 145 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 146 through 189 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 190 through 224 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 225 through 239 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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