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- PDB-9nv3: Hybrid model of a complex of BREX proteins BrxB and PglZ from Sal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9nv3
タイトルHybrid model of a complex of BREX proteins BrxB and PglZ from Salmonella typhimurium
要素
  • DUF1788 domain-containing protein
  • PglZ domain-containing protein
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / Restriction / Bacteriophage / Defense / BREX / Salmonella typhimurium / Salmonella / AlphaFold
機能・相同性Alkaline phosphatase-like protein PglZ / BREX protein BrxB / BREX protein BrxB / PglZ domain / PglZ domain / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / PglZ domain-containing protein / DUF1788 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. D23580 (サルモネラ菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.45 Å
データ登録者Doyle, L.A. / Stoddard, B. / Blower, T.R. / Kaiser, B.
資金援助 英国, 米国, 7件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/Y003659/1 英国
The Lister Institute of Preventive Medicine 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T008695/1 英国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R35GM148166 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM140375 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)5 P30 CA015704-49 米国
Other private
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: PglZ from Type I BREX phage defence systems is a metal-dependent nuclease that forms a sub-complex with BrxB.
著者: Jennifer J Readshaw / Lindsey A Doyle / Maria Puiu / Abigail Kelly / Andrew Nelson / Alex J Kaiser / Sydney F McGuire / Julieta Peralta Acosta / Darren L Smith / Barry L Stoddard / Brett K ...著者: Jennifer J Readshaw / Lindsey A Doyle / Maria Puiu / Abigail Kelly / Andrew Nelson / Alex J Kaiser / Sydney F McGuire / Julieta Peralta Acosta / Darren L Smith / Barry L Stoddard / Brett K Kaiser / Tim R Blower /
要旨: BREX (Bacteriophage Exclusion) systems, identified through shared identity with Pgl (Phage Growth Limitation) systems, are a widespread, highly diverse group of phage defence systems found throughout ...BREX (Bacteriophage Exclusion) systems, identified through shared identity with Pgl (Phage Growth Limitation) systems, are a widespread, highly diverse group of phage defence systems found throughout bacteria and archaea. The varied BREX Types harbour multiple protein subunits (between four and eight) and all encode a conserved putative phosphatase, PglZ, and an equally conserved, putative ATPase, BrxC. Almost all BREX systems also contain a site-specific methyltransferase, PglX. Despite having determined the structure and fundamental biophysical and biochemical behaviours of several BREX factors (including the PglX methyltransferase, the BrxL effector, the BrxA DNA-binding protein, and a commonly-associated transcriptional regulator, BrxR), the mechanism by which BREX impedes phage replication remains largely undetermined. In this study, we identified a stable BREX sub-complex of PglZ:BrxB, generated and validated a structural model of that protein complex, and assessed the biochemical activity of PglZ from BREX, revealing it to be a metal-dependent nuclease. PglZ can cleave cyclic oligonucleotides, linear oligonucleotides, plasmid DNA and both non-modified and modified linear phage genomes. PglZ nuclease activity has no obvious role in BREX-dependent methylation, but does contribute to BREX phage defence. BrxB binding does not impact PglZ nuclease activity. These data contribute to our growing understanding of BREX phage defence.
履歴
登録2025年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DUF1788 domain-containing protein
C: PglZ domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,5332
ポリマ－125,5332
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Mass Photometry also performed
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 DUF1788 domain-containing protein


分子量: 22867.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. D23580 (サルモネラ菌)
遺伝子: STMMW_44421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6C7ILK3
#2: タンパク質 PglZ domain-containing protein


分子量: 102665.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. D23580 (サルモネラ菌)
遺伝子: STMMW_44371 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6C7IK08
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of BREX proteins BrxB / PglZ from Salmonella Typhimurium str. D23580
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. D23580 (サルモネラ菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1300 mMPotassium chlorideKCl1
220 mMTris1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 36000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 9417 / 詳細: 4686 from grid 1 and 4731 from grid 2

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC4.2.1粒子像選択Blob picker
2cryoSPARC4.2.1粒子像選択Template picker
3SerialEM画像取得
5cryoSPARC4.2.1CTF補正Patch CTF
8UCSF ChimeraX1.9モデルフィッティング
9ISOLDE1.6モデルフィッティング
11cryoSPARC4.2.1初期オイラー角割当
12cryoSPARC4.2.1最終オイラー角割当
13cryoSPARC4.2.1分類
14cryoSPARC4.2.1３次元再構成
21PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 15593169
詳細: 10,876,932 from blob picking on dataset 1 4,716,237 from template picking on dataset 2
3次元再構成解像度: 4.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 123964 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
詳細: AlphaFold model, split into domains at "hinge" points, was rigid fit into the cryo-EM map. The following domains were used: (1) BrxB + 1-96 PglZ, (2) 97-292 PglZ, (3) 293-748 PglZ, and (4) ...詳細: AlphaFold model, split into domains at "hinge" points, was rigid fit into the cryo-EM map. The following domains were used: (1) BrxB + 1-96 PglZ, (2) 97-292 PglZ, (3) 293-748 PglZ, and (4) 749-867 PglZ. The model was then simulated in the ISOLDE plug-in for ChimeraX to resolve distortions from rigid domain fitiing.
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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