PDB-9nt6: Crystal structure of ecLacI transcription factor ancestor 4 bound...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9nt6

タイトル

Crystal structure of ecLacI transcription factor ancestor 4 bound to Beta-methyl-D-galactoside

要素

LacI Transcription Factor

キーワード

TRANSCRIPTION / Ancestral sequence reconstruction / transcription factor / LacI / BMDG / Beta-methyl-D-galactoside

機能・相同性

methyl beta-D-galactopyranoside

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Georgelin, R.L. / Frkic, R.L. / Tan, L. / Kaczmarski, J. / Jackson, C.J.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of ecLacI transcription factor ancestor 4 bound to Beta-methyl-D-galactoside
著者: Georgelin, R.L. / Frkic, R.L. / Tan, L. / Kaczmarski, J. / Jackson, C.J.

履歴

登録	2025年3月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9nt6.cif.gz	233.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9nt6.ent.gz	187.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9nt6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9nt6_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9nt6_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	9nt6_validation.xml.gz	30.2 KB	表示
CIF形式データ	9nt6_validation.cif.gz	41.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/9nt6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/9nt6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LacI Transcription Factor

B: LacI Transcription Factor

ヘテロ分子

61 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.467, 108.336, 119.601
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

LacI Transcription Factor

分子量: 30166.568 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)

#2: 糖

ChemComp-MBG / methyl beta-D-galactopyranoside / METHYL-BETA-GALACTOSE / methyl beta-D-galactoside / methyl D-galactoside / methyl galactoside / メチルβ-D-ガラクトピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 194.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.18 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 21 % PEG 3350, 0.1M HEPES pH 7.1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→49.34 Å / Num. obs: 76948 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.14 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.146 / Χ²: 0.82 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 986424
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 11 % / R_merge(I) obs: 1.767 / Num. measured all: 40988 / Num. unique obs: 3714 / CC_1/2: 0.653 / R_pim(I) all: 0.552 / R_rim(I) all: 1.853 / Χ²: 0.57 / Net I/σ(I) obs: 1.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→49.34 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2078	3845	5.01 %
R_work	0.1756	-	-
obs	0.1772	76788	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→49.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4114	0	42	409	4565

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.988
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.352	619
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	738
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	799

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.52	0.2804	131	0.2415	2633	X-RAY DIFFRACTION	98
1.52-1.54	0.2582	137	0.2324	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
1.54-1.56	0.2311	158	0.2295	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.58	0.2784	156	0.2204	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.61	0.2171	143	0.2183	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.63	0.2557	141	0.2096	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.66	0.2391	142	0.2039	2691	X-RAY DIFFRACTION	99
1.66-1.69	0.2969	124	0.2349	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.72	0.2584	148	0.2313	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.75	0.2685	138	0.2215	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.79	0.2252	147	0.2112	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.82	0.2585	147	0.195	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.87	0.2328	146	0.1889	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.91	0.2194	130	0.1815	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.97	0.2097	130	0.1786	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.02	0.2204	153	0.1799	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.09	0.2337	147	0.1902	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.16	0.2112	134	0.1844	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.25	0.2001	171	0.1715	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.35	0.2089	128	0.169	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.48	0.2047	153	0.1734	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.63	0.2145	145	0.1759	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.83	0.1901	126	0.178	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-3.12	0.2312	139	0.1733	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.57	0.1957	134	0.1601	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-4.5	0.1738	143	0.1374	2816	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5-49.34	0.1486	154	0.1528	2950	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3257	-0.6897	-2.5292	2.075	1.2424	7.5557	0.0121	-0.016	0.0697	-0.0623	-0.0453	-0.1568	0.01	0.2686	0.0223	0.1124	-0.0087	-0.0142	0.0601	0.0175	0.1229	26.7114	-8.902	-31.4298
2	1.2306	-0.267	-0.6571	2.1232	-1.7829	3.1938	0.0528	0.1554	-0.0441	-0.1894	0.0375	0.2214	0.33	-0.2534	-0.0902	0.2028	-0.0178	-0.0411	0.1825	-0.0457	0.1828	17.125	-15.3706	-36.1905
3	2.4579	-0.6138	1.1016	3.1862	-1.4947	5.4496	-0.0695	-0.0366	-0.2113	-0.0158	0.0636	0.0136	0.1843	-0.0639	0.0113	0.0735	-0.0348	0.0118	0.0446	0.0018	0.1225	14.4509	-20.5907	-7.2238
4	2.045	0.219	-0.5439	5.7747	-4.8944	8.7663	-0.0249	0.2214	-0.1757	-0.4965	0.2025	0.3048	0.4599	-0.444	-0.1885	0.1332	-0.0389	0.0027	0.1496	-0.0271	0.1792	10.4729	-23.5896	-13.5251
5	1.0491	-0.134	0.2821	1.0485	-0.18	1.0512	-0.0404	-0.0778	0.0081	0.0635	0.0671	0.1203	-0.0198	-0.1071	-0.0268	0.0807	0.0129	0.007	0.097	0.0039	0.1073	12.4258	-9.4843	-5.8748
6	0.475	-0.8802	-1.9073	2.6374	3.4585	7.8903	-0.019	0.0279	-0.0118	-0.2005	-0.0071	-0.0235	-0.007	0.1762	-0.0141	0.0865	0.0175	-0.0072	0.1302	0.003	0.1031	28.0524	-15.6642	-23.9747
7	1.0487	-0.3033	-0.5376	1.5759	1.7025	6.6135	-0.0112	0.1942	-0.1346	-0.0034	-0.0229	0.0078	0.5535	-0.2308	0.0858	0.149	-0.0061	0.0041	0.1287	-0.0082	0.1344	24.098	-20.7724	-14.522
8	2.7096	0.3781	-0.3131	3.2924	0.7992	6.5938	0.2169	0.2577	-0.0532	-0.2735	-0.0784	0.0117	-0.3282	-0.2693	-0.1002	0.1655	0.0466	-0.0109	0.1145	-0.0096	0.1547	20.0079	3.0671	-34.1945
9	2.4042	2.2478	-0.4853	3.5868	-0.5635	3.6756	0.2498	0.4081	-0.2153	-0.535	0.3307	-1.4649	-0.8788	0.623	-0.3113	0.5204	-0.0534	0.2649	0.3392	-0.0945	0.6941	29.756	8.9452	-41.2524
10	0.4825	0.6332	1.7085	2.0769	1.5881	6.1003	-0.1011	0.1628	0.0133	-0.5781	0.1894	-0.2764	-0.4879	0.3484	-0.1059	0.2907	-0.0428	0.029	0.1667	0.0155	0.2567	25.2823	20.5994	-21.046
11	1.0077	0.1996	0.1684	1.8464	0.3931	0.8652	-0.0539	0.0104	0.0186	-0.0348	0.0865	-0.1436	-0.0559	0.1088	-0.0236	0.1112	0.0011	-0.0073	0.119	-0.0116	0.1357	31.2438	12.3001	-8.6026
12	1.3305	-0.6728	0.5528	1.5633	0.3217	4.6121	0.0964	0.2511	0.0653	-0.3608	-0.1414	0.0642	-0.4032	0.0093	0.0593	0.178	0.0351	-0.0211	0.1374	0.01	0.1566	18.1135	15.351	-19.951

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 61 through 90 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 91 through 162 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 163 through 189 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 190 through 206 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 207 through 278 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 279 through 306 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 307 through 331 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 59 through 102 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 103 through 146 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 147 through 175 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 176 through 278 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 279 through 335 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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