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- PDB-9nt4: Crystal structure of ecLacI transcription factor ancestor 1 bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9nt4
タイトルCrystal structure of ecLacI transcription factor ancestor 1 bound to d-fucose
要素LacI Transcription Factor
キーワードTRANSCRIPTION / Ancestral sequence reconstruction / transcription factor / LacI / d-fucose
機能・相同性beta-D-fucopyranose
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Georgelin, R.L. / Frkic, R.L. / Jackson, C.J.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号
Australian Research Council (ARC)CE200100012 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)CE200100029 オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of ecLacI transcription factor ancestor 1 bound to d-fucose
著者: Georgelin, R. / Frkic, R.L. / Jackson, C.J.
履歴
登録2025年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LacI Transcription Factor
B: LacI Transcription Factor
C: LacI Transcription Factor
D: LacI Transcription Factor
E: LacI Transcription Factor
F: LacI Transcription Factor
G: LacI Transcription Factor
H: LacI Transcription Factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,90016
ポリマ-245,5878
非ポリマー1,3138
1,20767
1
A: LacI Transcription Factor
H: LacI Transcription Factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7254
ポリマ-61,3972
非ポリマー3282
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3930 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area21250 Å2
手法PISA
2
B: LacI Transcription Factor
F: LacI Transcription Factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7254
ポリマ-61,3972
非ポリマー3282
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3840 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area21200 Å2
手法PISA
3
C: LacI Transcription Factor
E: LacI Transcription Factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7254
ポリマ-61,3972
非ポリマー3282
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area21870 Å2
手法PISA
4
D: LacI Transcription Factor
G: LacI Transcription Factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7254
ポリマ-61,3972
非ポリマー3282
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3950 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area21710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.446, 210.997, 87.315
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
LacI Transcription Factor


分子量: 30698.393 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 糖
ChemComp-FCB / beta-D-fucopyranose / beta-D-fucose / 6-deoxy-beta-D-galactopyranose / D-fucose / fucose / β-D-フコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : C6H12O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DFucpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.31 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 15%w/v PEG 4000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→43.66 Å / Num. obs: 88505 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.199 / Rpim(I) all: 0.08 / Rrim(I) all: 0.215 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 629149
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 1.285 / Num. measured all: 33242 / Num. unique obs: 4558 / CC1/2: 0.395 / Rpim(I) all: 0.509 / Rrim(I) all: 1.383 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→43.66 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2701 4413 4.99 %
Rwork0.2187 --
obs0.2212 88448 99.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→43.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15998 0 88 67 16153
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.688
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.1322240
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0462571
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073024
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.430.32471510.29332811X-RAY DIFFRACTION99
2.43-2.460.34191400.29432755X-RAY DIFFRACTION98
2.46-2.490.34651590.31412757X-RAY DIFFRACTION99
2.49-2.520.36971660.29742780X-RAY DIFFRACTION98
2.52-2.550.37641710.29932756X-RAY DIFFRACTION99
2.55-2.590.36571640.28862726X-RAY DIFFRACTION99
2.59-2.620.32511660.28332795X-RAY DIFFRACTION99
2.62-2.660.3481270.28272808X-RAY DIFFRACTION99
2.66-2.70.3341250.27292780X-RAY DIFFRACTION99
2.7-2.750.31381510.28892816X-RAY DIFFRACTION99
2.75-2.790.34181730.26982746X-RAY DIFFRACTION99
2.79-2.850.33211470.262793X-RAY DIFFRACTION99
2.85-2.90.29081500.25622823X-RAY DIFFRACTION99
2.9-2.960.3211650.25082730X-RAY DIFFRACTION99
2.96-3.020.32641750.24322810X-RAY DIFFRACTION99
3.02-3.090.29441340.25292775X-RAY DIFFRACTION99
3.09-3.170.30241450.26142823X-RAY DIFFRACTION99
3.17-3.260.32361320.24662795X-RAY DIFFRACTION99
3.26-3.350.29951690.23592809X-RAY DIFFRACTION99
3.35-3.460.27521160.20642796X-RAY DIFFRACTION99
3.46-3.580.25641500.20372810X-RAY DIFFRACTION99
3.58-3.730.25261530.20152827X-RAY DIFFRACTION99
3.73-3.90.24661410.19372794X-RAY DIFFRACTION99
3.9-4.10.23171540.17942801X-RAY DIFFRACTION99
4.1-4.360.20171230.16722853X-RAY DIFFRACTION99
4.36-4.70.19511510.16792820X-RAY DIFFRACTION100
4.7-5.170.22241080.16992879X-RAY DIFFRACTION100
5.17-5.910.23941430.19182832X-RAY DIFFRACTION100
5.91-7.450.25041240.20812858X-RAY DIFFRACTION100
7.45-43.660.2171400.19332877X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4457-0.6754-0.06234.9889-2.20152.45330.2691-0.47970.21030.8967-0.1481-0.2473-0.18290.1218-0.13840.5292-0.0308-0.06790.3017-0.03050.443436.505626.168877.1449
22.77850.0708-0.33843.0313-0.90162.72460.0482-0.0614-0.29840.0398-0.0269-0.1159-0.00790.1432-0.05550.22560.0037-0.0230.2160.04030.305436.116449.564859.8133
30.22920.5014-0.09445.4022-4.60794.0192-0.1366-0.0291-0.1089-0.7082-0.2161-1.00530.60910.15360.33590.35890.05210.02170.3252-0.01880.431439.172134.211458.1089
42.5101-0.7478-0.41837.03312.49591.7457-0.2047-0.39290.0406-0.3090.4105-0.1331-0.1870.4041-0.28920.31070.02260.02210.3180.06290.59020.439912.607631.2532
54.2862-0.8546-0.36375.18020.04482.7746-0.369-0.8071-0.23951.20920.23840.36510.2818-0.2920.1690.62250.03750.22040.4550.00570.5715-7.51811.600541.5195
62.4031-0.74490.87033.9077-1.61961.2439-0.2136-0.42250.5036-0.160.15620.9823-0.751-0.1535-0.06510.18570.01760.03740.3061-0.03390.5839-12.6733-0.594520.0005
74.0525-0.98681.19473.39340.03063.5902-0.1195-0.69730.26350.3335-0.0660.3691-0.0481-0.64720.23160.2158-0.00070.04010.2749-0.070.3459-11.9051-10.450822.2817
81.99340.46280.90892.31270.78522.44340.0882-0.0935-0.0110.07760.0119-0.1930.20570.0042-0.07730.2452-0.00790.02420.2087-0.05720.26120.8641-13.08420.9406
90.1908-0.9117-0.50974.5052.36373.2436-0.108-0.19570.1698-0.42-0.37530.8919-0.4857-0.7290.51930.39050.09450.04110.477-0.11110.7357-10.26915.326724.5535
103.55063.36722.19093.87193.04223.05620.2242-0.4569-0.2752-0.057-0.69350.2997-0.0304-0.37640.38260.27790.0050.03360.2056-0.08090.3131-2.3949-17.45376.6946
116.20241.4397-0.3422.97810.77832.1643-0.1245-0.1319-0.76230.2017-0.05870.43190.1381-0.80830.13850.3829-0.1020.0960.8582-0.13730.49772.2934-26.289156.4085
120.8971-0.2338-0.49881.85810.70443.8951-0.0603-0.0443-0.01110.001-0.01550.00780.2239-0.11290.02350.16830.0138-0.01120.2618-0.0510.329627.1367-25.84844.0146
138.10150.1727-1.50482.05170.03422.2644-0.40720.66080.21560.02920.250.27050.0225-0.72930.17430.35980.0627-0.05780.5556-0.02820.304613.5614-19.278540.2123
146.90291.27092.06782.03790.36614.16350.30150.1981-0.48970.0646-0.154-0.49270.53490.6675-0.0860.4696-0.0099-0.07030.47230.08760.373327.417754.624517.4423
154.64331.6919-2.32184.9134-2.45793.8540.24690.7303-1.02090.7139-0.4231-1.31830.28280.71940.07630.6299-0.0375-0.13130.60040.07030.525232.700350.582423.0652
162.5425-1.7612-1.34371.20770.9320.7879-0.1339-0.9912-1.94231.151-0.0564-0.5254-0.12410.34810.04840.5192-0.0445-0.10170.55840.24250.653422.602447.531229.117
172.66330.5413-1.83222.6094-1.69513.6792-0.24530.102-0.2474-0.1660.18220.20330.518-0.08820.04570.3371-0.051-0.02670.31170.08230.38381.344741.756616.1366
188.93351.50092.15251.44640.3071.5474-0.3286-0.9054-0.21340.12680.1082-0.0717-0.3271-0.33230.11790.3293-0.01040.00390.39650.05640.281513.85254.508527.9386
193.2606-0.11680.11311.6688-0.173.43380.27770.09390.43470.5006-0.14120.5254-0.4368-0.9651-0.08840.5585-0.03130.19710.7219-0.18530.58943.4127-12.862969.4913
203.24281.23362.02595.65071.58633.3173-0.18280.17620.14080.05120.1643-0.2117-0.34750.19630.01620.3164-0.01690.00570.2816-0.02880.250631.6105-4.168865.9778
215.47240.3564-1.73611.5881-0.62931.2795-0.0957-0.7371-0.36310.35270.02290.05520.17930.2406-0.02510.5151-0.10050.01670.6222-0.16520.314117.5038-16.254376.853
225.6615-1.7267-2.26174.84382.19697.7654-0.20510.41830.57680.43120.3197-0.3568-0.2619-0.6748-0.09440.36380.0841-0.0340.3818-0.06530.41578.545112.733739.2827
231.3324-1.1731-1.19811.59931.3781.358-0.207-0.43061.27950.29570.3104-1.0463-0.91280.0539-0.16890.75080.08060.03180.4271-0.24090.786114.366920.4241.0863
243.5929-1.0907-0.50791.50190.6361.6023-0.0240.14570.272-0.0151-0.0107-0.1636-0.1630.06420.02920.1928-0.03250.01940.2378-0.03880.332626.4962-2.742323.1535
252.3986-1.3255-0.45722.85960.87013.7318-0.2508-0.50020.33460.65730.2293-0.11210.04590.1876-0.00470.31660.016-0.02120.3881-0.12810.411819.50680.489240.5384
265.85571.04570.91042.69650.58812.4682-0.1212-0.30380.5010.04750.1491-0.2026-0.15540.3234-0.01990.3142-0.0196-0.00260.45040.06920.306629.716964.73649.0864
276.36722.95291.14164.5463-2.88964.26630.30980.37850.97221.05980.56340.4163-1.52550.2314-0.2846-0.002-0.10410.04740.84310.22770.799327.262272.2349-1.8397
282.24670.33230.37752.1352-0.1023.34660.0239-0.06120.0720.15880.00060.2062-0.1561-0.1489-0.0180.18820.04680.01130.19680.04190.27042.222964.3196-4.5034
295.82691.12752.20592.6795-0.00813.27550.15060.5683-0.24180.1536-0.0741-0.15230.07990.5615-0.03030.32120.07010.07730.40290.02810.230120.309959.8513-7.5894
302.4195-0.58220.2643.6114-1.9663.3498-0.0604-0.1901-0.98150.23630.58910.58360.7030.6144-0.49490.52340.1841-0.03420.42320.02260.631422.31323.294378.9166
310.2197-0.20460.39131.62060.07720.8797-0.698-1.0931-1.46090.2452-0.15440.55820.36370.1553-0.34830.49310.12180.23520.70080.51180.986710.963325.540880.8442
323.5367-0.2279-0.24911.45540.40671.9143-0.10820.2839-0.2448-0.01590.03210.06730.07310.0260.08470.2-0.032-0.04030.2390.02290.35725.988542.323562.591
332.8403-1.3861-0.09222.7225-1.04612.6873-0.5198-0.9305-0.47190.70050.65850.49850.2003-0.1824-0.32150.45290.10960.090.52920.14810.422111.635237.274381.8279
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 59 through 146 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 147 through 289 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 290 through 335 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 63 through 90 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 91 through 146 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 147 through 175 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 176 through 205 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 206 through 289 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 290 through 321 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 322 through 336 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 62 through 146 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 147 through 289 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 290 through 335 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 62 through 115 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 116 through 142 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 143 through 160 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 161 through 289 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 290 through 330 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 61 through 160 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 161 through 289 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 290 through 330 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 61 through 104 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 105 through 160 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 161 through 278 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 279 through 330 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'G' and (resid 59 through 124 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'G' and (resid 125 through 160 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'G' and (resid 161 through 289 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'G' and (resid 290 through 333 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'H' and (resid 62 through 124 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'H' and (resid 125 through 160 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'H' and (resid 161 through 289 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'H' and (resid 290 through 331 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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