PDB-9nsz: OXA-23-NA-1-157, 6 minute soak

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9nsz

タイトル

OXA-23-NA-1-157, 6 minute soak

要素

Beta-lactamase OXA-23

キーワード

HYDROLASE / OXA / antibiotic resistance / inhibitor / NA-1-157

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / cell wall organization / beta-lactamase / periplasmic space / hydrolase activity / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Smith, C.A. / Toth, M. / Stewart, N.K. / Vakulenko, S.B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dual Mechanism of the OXA-23 Carbapenemase Inhibition via Catalytic Lysine Decarboxylation and Water Access Restriction by the Carbapenem NA-1-157
著者: Toth, M. / Stewart, N.K. / Buynak, J.D. / Smith, C.A. / Vakulenko, S.B.

履歴

登録	2025年3月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9nsz.cif.gz	119.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9nsz.ent.gz	90.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9nsz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9nsz_validation.pdf.gz	763.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9nsz_full_validation.pdf.gz	764.4 KB	表示
XML形式データ	9nsz_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	9nsz_validation.cif.gz	20.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/9nsz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/9nsz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9nswC 9nsxC 9nsyC 9nt0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-lactamase OXA-23

ヘテロ分子

31.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.771, 82.771, 86.045
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-539- HOH

#1: タンパク質	Beta-lactamase OXA-23 分子量: 31054.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: OXA-23, ari-1, bla-OXA-23, bla_2, bla_3, blaOXA, blaOXA-23, ABUW_0563 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9L4P2, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-Y33 / (5R)-3-{[(3S,5S)-5-(dimethylcarbamoyl)pyrrolidin-3-yl]sulfanyl}-5-[(2S,3R)-3-hydroxy-1-oxobutan-2-yl]-5-methyl-4,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carboxylic acid 分子量: 401.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₇N₃O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.16 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→38.2 Å / Num. obs: 28335 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 16.1
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1634 / CC_1/2: 0.807 / R_pim(I) all: 0.028

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.2_5419: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.8→38.17 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1995	1389	4.91 %
R_work	0.1726	-	-
obs	0.1738	28273	99.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→38.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1972	0	39	142	2153

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2079
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.944	2816
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.665	803
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	313
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	360

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.86	0.3266	133	0.3359	2605	X-RAY DIFFRACTION	99
1.86-1.94	0.3091	143	0.2489	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-2.03	0.2266	139	0.175	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.13	0.2023	161	0.166	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.27	0.2324	125	0.172	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.44	0.2181	139	0.1829	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.69	0.2389	147	0.1801	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-3.08	0.1809	148	0.1769	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.88	0.1864	123	0.1576	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
3.88-38.17	0.1621	131	0.1549	2911	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1128	-0.001	0.0471	0.1334	-0.1954	0.3023	-0.0859	-0.0722	-0.2217	0.1138	0.1894	0.016	0.1598	0.3253	-0.0007	0.4026	-0.0038	0.0085	0.3527	-0.0757	0.2583	-14.6897	-22.591	6.9242
2	2.0403	-0.0518	-0.9509	0.7039	-0.009	0.9078	0.0936	-0.0092	0.269	0.0218	-0.0044	0.0151	-0.0821	0.0177	0.0003	0.183	-0.0188	0.0037	0.2368	0.0182	0.2049	-8.9088	-21.1395	-15.8486
3	1.4205	-0.3297	-0.6693	1.3446	-0.1526	0.6369	-0.065	0.1739	-0.2409	-0.0795	0.0333	-0.1721	0.111	0.0214	-0.0002	0.2005	-0.0191	0.0445	0.2871	0.0222	0.262	10.6528	-29.3773	-26.2128
4	2.4748	-0.007	-0.5542	1.7601	0.1146	2.0257	0.0441	0.2889	0.1103	-0.122	-0.017	-0.0107	-0.0497	-0.0384	0.0002	0.1534	-0.0023	-0.0026	0.2821	0.0193	0.1996	-5.2591	-24.7345	-24.2361
5	1.5443	-1.2637	-0.7446	1.4443	0.0456	2.529	-0.0133	-0.258	0.2054	0.0138	-0.071	-0.1746	-0.1186	0.3634	-0.0033	0.1871	-0.0179	-0.0074	0.3145	-0.0115	0.1772	-3.9128	-23.3177	-10.483
6	0.7574	-0.2901	-0.0219	0.3742	0.2877	0.3167	0.0849	-0.4304	-0.6168	0.5258	-0.0985	-0.2891	0.3065	0.2731	-0.0042	0.2788	0.0148	-0.0482	0.3344	0.0159	0.2048	-7.5469	-29.7682	-3.5199

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 28 through 47 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 48 through 91 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 92 through 138 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 139 through 220 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 221 through 255 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 256 through 273 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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