PDB-9nsy: OXA-23-NA-1-157, 4 minute soak

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9nsy

タイトル

OXA-23-NA-1-157, 4 minute soak

要素

Beta-lactamase OXA-23

キーワード

HYDROLASE / OXA / antibiotic resistance / inhibitor / NA-1-157

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / cell wall organization / beta-lactamase / periplasmic space / hydrolase activity / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Smith, C.A. / Toth, M. / Stewart, N.K. / Vakulenko, S.B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dual Mechanism of the OXA-23 Carbapenemase Inhibition via Catalytic Lysine Decarboxylation and Water Access Restriction by the Carbapenem NA-1-157
著者: Toth, M. / Stewart, N.K. / Buynak, J.D. / Smith, C.A. / Vakulenko, S.B.

履歴

登録	2025年3月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9nsy.cif.gz	117 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9nsy.ent.gz	89.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9nsy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9nsy_validation.pdf.gz	1021.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9nsy_full_validation.pdf.gz	1024 KB	表示
XML形式データ	9nsy_validation.xml.gz	14.5 KB	表示
CIF形式データ	9nsy_validation.cif.gz	19.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/9nsy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/9nsy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9nswC 9nsxC 9nszC 9nt0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-lactamase OXA-23

ヘテロ分子

31.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.467, 82.467, 84.426
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質	Beta-lactamase OXA-23 分子量: 31054.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: OXA-23, ari-1, bla-OXA-23, bla_2, bla_3, blaOXA, blaOXA-23, ABUW_0563 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9L4P2, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-Y33 / (5R)-3-{[(3S,5S)-5-(dimethylcarbamoyl)pyrrolidin-3-yl]sulfanyl}-5-[(2S,3R)-3-hydroxy-1-oxobutan-2-yl]-5-methyl-4,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carboxylic acid 分子量: 401.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₇N₃O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.78 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→37.6 Å / Num. obs: 32604 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 15.4
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1695 / CC_1/2: 0.814 / R_pim(I) all: 0.407

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.2_5419: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.7→37.58 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2294	1642	5.06 %
R_work	0.1963	-	-
obs	0.1979	32444	99.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→37.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1998	0	5	97	2100

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2082
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.114	2822
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.113	807
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	313
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	361

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.75	0.3929	133	0.3608	2475	X-RAY DIFFRACTION	98
1.75-1.81	0.3186	131	0.299	2514	X-RAY DIFFRACTION	99
1.81-1.87	0.3759	154	0.301	2524	X-RAY DIFFRACTION	99
1.87-1.95	0.3001	144	0.2611	2488	X-RAY DIFFRACTION	99
1.95-2.04	0.2351	177	0.1957	2495	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.14	0.2159	120	0.1908	2548	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.28	0.2122	129	0.1921	2558	X-RAY DIFFRACTION	99
2.28-2.45	0.2269	169	0.1903	2515	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.7	0.2275	121	0.1958	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-3.09	0.2236	83	0.1938	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.89	0.1938	139	0.1762	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
3.89-37.58	0.2133	142	0.1755	2786	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1434	0.051	0.1396	0.1266	0.1316	0.179	0.3546	-0.109	0.0239	0.1061	0.0114	-0.2925	-0.3706	0.0941	0.0328	0.3096	-0.0006	0.0772	0.3413	-0.01	0.2782	22.3738	-14.534	49.0336
2	1.0043	-0.2886	0.015	2.7841	-0.6565	0.9571	-0.0245	0.0737	0.104	-0.322	0.0283	0.1565	0.0382	-0.0538	0.0063	0.2394	0.0122	-0.0683	0.163	0.0177	0.2111	24.4962	-1.3776	19.0096
3	0.9438	1.0543	-0.2765	1.3496	-0.7682	2.0648	0.0278	-0.0923	0.3543	0.1775	-0.026	0.0906	-0.3151	0.0699	0.001	0.2574	-0.0124	-0.0061	0.1881	-0.0046	0.2126	26.8708	-5.0993	33.0855

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 28 through 47 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 48 through 208 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 209 through 273 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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