PDB-9nsx: OXA-23-NA-1-157, 3 minute soak

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9nsx

タイトル

OXA-23-NA-1-157, 3 minute soak

要素

Beta-lactamase OXA-23

キーワード

HYDROLASE / OXA / antibiotic resistance / inhibitor / NA-1-157

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / cell wall organization / beta-lactamase / periplasmic space / hydrolase activity / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.57 Å

データ登録者

Smith, C.A. / Toth, M. / Stewart, N.K. / Vakulenko, S.B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dual Mechanism of the OXA-23 Carbapenemase Inhibition via Catalytic Lysine Decarboxylation and Water Access Restriction by the Carbapenem NA-1-157
著者: Toth, M. / Stewart, N.K. / Buynak, J.D. / Smith, C.A. / Vakulenko, S.B.

履歴

登録	2025年3月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9nsx.cif.gz	117.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9nsx.ent.gz	89.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9nsx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9nsx_validation.pdf.gz	839.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9nsx_full_validation.pdf.gz	840.3 KB	表示
XML形式データ	9nsx_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	9nsx_validation.cif.gz	19.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/9nsx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/9nsx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9nswC 9nsyC 9nszC 9nt0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-lactamase OXA-23

ヘテロ分子

31.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.982, 82.982, 84.976
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-450- HOH

#1: タンパク質	Beta-lactamase OXA-23 分子量: 31054.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: OXA-23, ari-1, bla-OXA-23, bla_2, bla_3, blaOXA, blaOXA-23, ABUW_0563 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9L4P2, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-Y33 / (5R)-3-{[(3S,5S)-5-(dimethylcarbamoyl)pyrrolidin-3-yl]sulfanyl}-5-[(2S,3R)-3-hydroxy-1-oxobutan-2-yl]-5-methyl-4,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carboxylic acid 分子量: 401.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₇N₃O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.78 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.57→37.82 Å / Num. obs: 42061 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13 % / CC_1/2: 1 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 21.4
反射シェル	解像度: 1.57→1.6 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2031 / CC_1/2: 0.81 / R_pim(I) all: 0.371

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.2_5419: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.57→37.82 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2054	2065	4.92 %
R_work	0.1801	-	-
obs	0.1814	42003	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.57→37.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1966	0	36	140	2142

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2056
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.022	2786
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.48	786
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	309
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	356

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.57-1.61	0.3039	129	0.2708	2608	X-RAY DIFFRACTION	99
1.61-1.65	0.2614	135	0.2236	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.69	0.2105	135	0.1909	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.74	0.2057	132	0.1868	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.8	0.1775	130	0.1844	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.86	0.2526	132	0.207	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.94	0.2567	96	0.1897	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-2.02	0.2154	139	0.17	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.13	0.1886	146	0.1707	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.26	0.1714	179	0.1708	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.44	0.2213	146	0.1805	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.68	0.1943	141	0.1881	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-3.07	0.2537	105	0.1889	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.87	0.1994	169	0.1729	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
3.87-37.82	0.1914	151	0.169	2885	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0659	0.0257	0.0448	0.0908	0.1433	0.2227	0.0186	-0.0282	0.1852	0.0848	0.172	0.103	-0.0319	-0.2369	-0.0001	0.3033	-0.0046	0.0091	0.2778	0.0679	0.2636	14.679	22.6463	6.8197
2	1.7669	-0.0521	0.7594	0.7765	-0.375	0.7325	0.0764	0.2103	-0.3158	-0.0171	0.0057	0.0663	0.0436	0.0464	-0.0023	0.1386	-0.0023	-0.0019	0.2132	-0.064	0.1699	6.2245	23.6244	-19.2437
3	0.7638	0.0425	0.1947	0.7872	0.0364	0.4843	0.017	0.1608	0.0889	0.1034	0.0067	0.1301	-0.0009	-0.1085	0.0054	0.1406	-0.0167	-0.0228	0.2631	-0.0696	0.2287	-12.057	28.2368	-23.5259
4	1.9044	0.0826	0.6313	0.9293	-0.0574	1.5687	0.0359	0.4449	-0.2043	-0.0988	-0.029	0.017	0.0426	0.031	-0.003	0.1261	0.0007	0.0006	0.2888	-0.09	0.1862	5.4566	23.7235	-26.1164
5	1.5362	-1.1042	0.6178	0.9841	-0.2454	1.9616	-0.017	-0.1213	-0.074	0.1588	0.0063	0.216	-0.1487	-0.2532	0.0004	0.1679	0.0086	0.0148	0.2067	-0.0139	0.1455	5.4349	27.1724	-9.2267

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 28 through 47 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 48 through 101 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 102 through 138 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 139 through 208 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 209 through 273 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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