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- PDB-9nss: Bacterial Pictet-Spenglerase KslB in complex with L-Trp alternati... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9nss
タイトルBacterial Pictet-Spenglerase KslB in complex with L-Trp alternative binding mode
要素Pictet-Spenglerase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Pictet-Spenglerase
機能・相同性Cucumopine synthase, C-terminal helical bundle domain / Cucumopine synthase C-terminal helical bundle domain / TRYPTOPHAN / Cucumopine synthase C-terminal helical bundle domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Kitasatospora setae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Kim, K. / Kim, W.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA281106 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM148356 米国
引用ジャーナル: Rsc Chem Biol / 年: 2025
タイトル: Structural and mechanistic insights into KslB, a bacterial Pictet-Spenglerase in kitasetaline biosynthesis.
著者: Kim, W. / Zheng, Z. / Kim, K. / Lee, Y.H. / Liu, H.W. / Zhang, Y.J.
履歴
登録2025年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22025年6月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pictet-Spenglerase
B: Pictet-Spenglerase
C: Pictet-Spenglerase
D: Pictet-Spenglerase
E: Pictet-Spenglerase
F: Pictet-Spenglerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,29612
ポリマ－211,0706
非ポリマー1,2256
水00
1
A: Pictet-Spenglerase
B: Pictet-Spenglerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,7654
ポリマ－70,3572
非ポリマー4082
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6480 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area21890 Å2
手法PISA
2
C: Pictet-Spenglerase
D: Pictet-Spenglerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,7654
ポリマ－70,3572
非ポリマー4082
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5680 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area20540 Å2
手法PISA
3
E: Pictet-Spenglerase
F: Pictet-Spenglerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,7654
ポリマ－70,3572
非ポリマー4082
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4430 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area19880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.203, 95.203, 193.493
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
Space group name HallP32
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3

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要素

#1: タンパク質
Pictet-Spenglerase / Cucumopine synthase C-terminal helical bundle domain-containing protein


分子量: 35178.398 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kitasatospora setae (バクテリア)
遺伝子: KSE_70640 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E4NIM4
#2: 化合物
ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG 3350, Sodium chloride, Bis-Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2024年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.41
反射解像度: 2.67→47.6 Å / Num. obs: 54515 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.981 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 2.68→2.75 Å / Num. unique obs: 3293 / CC1/2: 0.571

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.68→47.6 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 36.2159
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 2029 3.77 %
Rwork0.2032 51729 -
obs0.2098 53758 97.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→47.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13834 0 90 0 13924
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011414285
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.391619564
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08972229
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.02962518
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.97425118
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.68-2.750.27551160.25683204X-RAY DIFFRACTION81.8
2.75-2.820.26891290.2623524X-RAY DIFFRACTION89.6
2.82-2.90.32741340.25013695X-RAY DIFFRACTION93.1
2.9-30.27771400.2483708X-RAY DIFFRACTION93.99
3-3.10.27081500.24083700X-RAY DIFFRACTION94.53
3.1-3.230.30191460.23863759X-RAY DIFFRACTION95.04
3.23-3.380.2861480.22353741X-RAY DIFFRACTION94.83
3.38-3.550.23151520.21773754X-RAY DIFFRACTION95.64
3.55-3.780.2291400.20473766X-RAY DIFFRACTION95.83
3.78-4.070.20911450.19993780X-RAY DIFFRACTION96.04
4.07-4.480.21921420.18193788X-RAY DIFFRACTION96.04
4.48-5.120.17691480.17813782X-RAY DIFFRACTION95.97
5.12-6.450.20031440.19983793X-RAY DIFFRACTION96.29
6.45-47.60.20041460.20043784X-RAY DIFFRACTION96.19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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