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万見
- PDB-9nsj: Finding the exit route of hydrogen peroxide from the manganese su... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9nsj
タイトルFinding the exit route of hydrogen peroxide from the manganese superoxide dismutase (MnSOD) active site
要素Superoxide dismutase [Mn], mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / Manganese superoxide dismutase / metalloenzyme / peroxide / METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / erythrophore differentiation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation involved in phenotypic switching / negative regulation of membrane hyperpolarization / positive regulation of hydrogen peroxide biosynthetic process / response to magnetism / detection of oxygen / response to silicon dioxide / intracellular oxygen homeostasis / response to L-ascorbic acid ...acetylcholine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / erythrophore differentiation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation involved in phenotypic switching / negative regulation of membrane hyperpolarization / positive regulation of hydrogen peroxide biosynthetic process / response to magnetism / detection of oxygen / response to silicon dioxide / intracellular oxygen homeostasis / response to L-ascorbic acid / response to selenium ion / response to superoxide / response to manganese ion / hydrogen peroxide biosynthetic process / superoxide anion generation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / response to zinc ion / superoxide metabolic process / response to isolation stress / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / superoxide dismutase / negative regulation of fat cell differentiation / Detoxification of Reactive Oxygen Species / superoxide dismutase activity / response to immobilization stress / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / cellular response to ethanol / hemopoiesis / mitochondrial nucleoid / response to electrical stimulus / response to hyperoxia / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / response to cadmium ion / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / neuron development / response to axon injury / negative regulation of fibroblast proliferation / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / glutathione metabolic process / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / removal of superoxide radicals / release of cytochrome c from mitochondria / response to activity / post-embryonic development / respiratory electron transport chain / response to gamma radiation / locomotory behavior / response to hydrogen peroxide / liver development / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / oxygen binding / regulation of blood pressure / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / manganese ion binding / heart development / cellular response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / protein homotetramerization / negative regulation of neuron apoptotic process / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / mitochondrion / DNA binding / extracellular exosome / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / HYDROGEN PEROXIDE / PHOSPHATE ION / Superoxide dismutase [Mn], mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.33 Å
データ登録者Dasgupta, M. / Borgstahl, G.E.O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Mapping the Exit Route of Hydrogen Peroxide From the Manganese Superoxide Dismutase (MnSOD) Active Site.
著者: Dasgupta, M. / Slobodnik, K. / Cone, E.A. / Azadmanesh, J. / Kroll, T. / Borgstahl, G.E.O.
履歴
登録2025年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase [Mn], mitochondrial
B: Superoxide dismutase [Mn], mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,799129
ポリマ－44,7012
非ポリマー5,098127
水12,574698
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6350 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area18510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.112, 78.112, 236.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-247-

PEO

21A-401-

HOH

31B-400-

HOH

41B-517-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Superoxide dismutase [Mn], mitochondrial


分子量: 22350.279 Da / 分子数: 2 / 変異: Q143N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: SOD2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04179, superoxide dismutase

-
非ポリマー , 5種, 825分子

#2: 化合物...
ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE


分子量: 34.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: H2O2
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 698 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 1.8 M potassium phosphate (pH 7.8)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: CS-PAD XPP / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月15日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.33→39.34 Å / Num. obs: 98359 / % possible obs: 99.43 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.35
反射 シェル解像度: 1.33→1.378 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.17 / Num. unique obs: 6011 / CC1/2: 0.634 / % possible all: 97.25

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.33→39.34 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1959 2000 2.03 %
Rwork0.1622 --
obs0.1629 98339 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.33→39.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3132 0 272 698 4102
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123754
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.134987
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.242491
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08496
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008658
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.33-1.360.32531390.32966684X-RAY DIFFRACTION99
1.36-1.40.27531400.26956757X-RAY DIFFRACTION100
1.4-1.440.31451400.23766767X-RAY DIFFRACTION100
1.44-1.490.24491410.21166766X-RAY DIFFRACTION100
1.49-1.540.22511400.18836784X-RAY DIFFRACTION100
1.54-1.60.2091420.17626814X-RAY DIFFRACTION100
1.6-1.680.20961410.16746803X-RAY DIFFRACTION100
1.68-1.760.20731420.15876843X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.870.19171430.15266865X-RAY DIFFRACTION100
1.87-2.020.19121420.14666870X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.220.15661440.13716922X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.540.1461440.13516954X-RAY DIFFRACTION100
2.54-3.20.17861470.1497050X-RAY DIFFRACTION100
3.21-39.340.18641550.14147460X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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