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万見
- PDB-9nqp: Composite structure of HSV1 helicase-primase in complex with a fo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9nqp
タイトルComposite structure of HSV1 helicase-primase in complex with a forked DNA and pritelivir
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*TP*CP*TP*GP*TP*T)-3')
  • DNA helicase/primase complex-associated protein
  • DNA primase
  • DNA replication helicase
キーワードVIRAL PROTEIN/DNA / DNA replication / HSV-1 helicase-primase / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bidirectional double-stranded viral DNA replication / helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / DNA-directed RNA polymerase activity / DNA replication / hydrolase activity / host cell nucleus / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA replication helicase domain / DNA helicase/primase complex-associated protein / DNA replication helicase, Herpesvirus / Herpesvirus DNA helicase/primase complex associated protein / Helicase / DNA primase / Herpesviridae UL52/UL70 DNA primase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / DNA replication helicase / DNA helicase/primase complex-associated protein / DNA primase
類似検索 - 構成要素
生物種Human alphaherpesvirus 1 strain 17 (ヘルペスウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者He, Q. / Baranovskiy, A.G. / Morstadt, L.M. / Babayeva, N.D. / Lim, C. / Tahirov, T.H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM152032 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)DP2GM150023 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Structural basis of herpesvirus helicase-primase inhibition by pritelivir and amenamevir.
著者: Andrey G Baranovskiy / Qixiang He / Yoshiaki Suwa / Lucia M Morstadt / Nigar D Babayeva / Ci Ji Lim / Tahir H Tahirov /
要旨: Widespread herpesvirus infections are associated with various diseases. DNA replication of human herpes simplex virus type 1 (HSV-1) requires a helicase-primase (HP) complex of three core proteins: ...Widespread herpesvirus infections are associated with various diseases. DNA replication of human herpes simplex virus type 1 (HSV-1) requires a helicase-primase (HP) complex of three core proteins: UL5, UL52, and UL8. This complex unwinds viral DNA and synthesizes primers for DNA replication, making it an attractive antiviral target. Although HP inhibitors pritelivir and amenamevir were identified through screening, their binding mechanisms remain unclear. Here, we report cryo-electron microscopy structures of HSV-1 HP bound to a forked DNA template alone and in complex with pritelivir or amenamevir. The structures reveal a bilobed architecture highlighting HP coordinated action at the replication fork and providing a structural basis for HP inhibition by illustrating precisely how pritelivir and amenamevir block helicase activity. Data lay a solid foundation for the development of improved antiviral therapies.
履歴
登録2025年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA replication helicase
B: DNA primase
C: DNA helicase/primase complex-associated protein
D: DNA (5'-D(P*AP*TP*CP*TP*GP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)303,9737
ポリマ－303,4394
非ポリマー5333
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 DNA replication helicase


分子量: 95760.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human alphaherpesvirus 1 strain 17 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: HELI, UL5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P10189, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: タンパク質 DNA primase


分子量: 114558.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human alphaherpesvirus 1 strain 17 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: UL52 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P10236, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#3: タンパク質 DNA helicase/primase complex-associated protein / HEPA / Primase-associated factor


分子量: 80005.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human alphaherpesvirus 1 strain 17 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: UL8 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P10192

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DNA鎖 , 1種, 1分子 D

#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*TP*CP*TP*GP*TP*T)-3')


分子量: 13114.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 3種, 4分子

#5: 化合物 ChemComp-A1BXB / Pritelivir / N-methyl-N-(4-methyl-5-sulfamoyl-1,3-thiazol-2-yl)-2-[4-(pyridin-2-yl)phenyl]acetamide


分子量: 402.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18N4O3S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: HSV-1 helicase-primase in complex with a forked DNA and pritelivir
タイプ: COMPLEX
詳細: HSV-1 helicase-primase in complex with a forked DNA and pritelivir sovled using cryo-EM single-particle analysis
Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.3 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 1 strain 17 (ヘルペスウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
詳細: CHAPSO is made fresh at 80 mM before being added to the sample at a final concentration of 2 mM immediately before vitrification
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mM2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acidHEPES1
2100 mMpotassium chlorideKCl1
30.5 percentGlycerolGlycerol1
42 mMdithiothreitolDTT1
52 mMCHAPSOCHAPSO1
試料濃度: 5.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: The sample was monodisperse
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9216

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2Latitude画像取得
4cryoSPARCCTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIX1.21_5207:モデル精密化
10cryoSPARC初期オイラー角割当
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3516384
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 409125 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
精密化最高解像度: 3.2 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00320031
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.48127343
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.562864
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0393080
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0053554

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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