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- PDB-9npy: SARS-CoV-2 nsp1 bound to the Rhinolophus lepidus 40S ribosome (lo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9npy
タイトルSARS-CoV-2 nsp1 bound to the Rhinolophus lepidus 40S ribosome (local refinement of the 40S head)
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 14
  • 18S ribosomal RNA
  • RACK1
キーワードRIBOSOME / SARS-CoV-2 / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000)
機能・相同性情報
生物種Rhinolophus lepidus (ブライスキクガシラコウモリ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Gen, R. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Veesler, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2025
タイトル: SARS-CoV-2 nsp1 mediates broad inhibition of translation in mammals.
著者: Risako Gen / Amin Addetia / Daniel Asarnow / Young-Jun Park / Joel Quispe / Matthew C Chan / Jack T Brown / Jimin Lee / Melody G Campbell / Christopher P Lapointe / David Veesler /
要旨: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) non-structural protein 1 (nsp1) promotes innate immune evasion by inhibiting host translation in human cells. However, the role of nsp1 in ...Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) non-structural protein 1 (nsp1) promotes innate immune evasion by inhibiting host translation in human cells. However, the role of nsp1 in other host species remains elusive, especially in bats-natural reservoirs of sarbecoviruses with a markedly different innate immune system than humans. We reveal that nsp1 potently inhibits translation in Rhinolophus lepidus bat cells, which belong to the same genus as known sarbecovirus reservoir hosts. We determined a cryoelectron microscopy structure of nsp1 bound to the R. lepidus 40S ribosomal subunit, showing that it blocks the mRNA entry channel by targeting a highly conserved site among mammals. Accordingly, we found that nsp1 blocked protein translation in mammalian cells from several species, underscoring its broadly inhibitory activity and conserved role in numerous SARS-CoV-2 hosts. Our findings illuminate the arms race between coronaviruses and mammalian host immunity, providing a foundation for understanding the determinants of viral maintenance in bat hosts and spillover.
履歴
登録2025年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 40S ribosomal protein uS3, RPS3
J: 40S ribosomal protein eS10, RPS10
L: 40S ribosomal protein eS12, RPS12
O: 40S ribosomal protein uS19, RPS15
Q: 40S ribosomal protein uS9, RPS16
R: 40S ribosomal protein eS17, RPS17
S: 40S ribosomal protein uS13, RPS18
T: 40S ribosomal protein eS19, RPS19
U: 40S ribosomal protein uS10, RPS20
Y: 40S ribosomal protein eS25, RPS25
b: 40S ribosomal protein eS31, RPS27a
c: 40S ribosomal protein eS28, RPS28
d: 40S ribosomal protein uS14, RPS29
i: 18S ribosomal RNA
E: 40S ribosomal protein uS7, RPS5
g: RACK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)865,51748
ポリマ－864,52316
非ポリマー99332
水14,898827
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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40S ribosomal protein ... , 14種, 14分子 BJLOQRSTUYbcdE

#1: タンパク質 40S ribosomal protein uS3, RPS3


分子量: 26715.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhinolophus lepidus (ブライスキクガシラコウモリ)
#2: タンパク質 40S ribosomal protein eS10, RPS10


分子量: 18933.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhinolophus lepidus (ブライスキクガシラコウモリ)
#3: タンパク質 40S ribosomal protein eS12, RPS12


分子量: 14538.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhinolophus lepidus (ブライスキクガシラコウモリ)
#4: タンパク質 40S ribosomal protein uS19, RPS15


分子量: 17076.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhinolophus lepidus (ブライスキクガシラコウモリ)
#5: タンパク質 40S ribosomal protein uS9, RPS16


分子量: 16477.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhinolophus lepidus (ブライスキクガシラコウモリ)
#6: タンパク質 40S ribosomal protein eS17, RPS17


分子量: 15552.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhinolophus lepidus (ブライスキクガシラコウモリ)
#7: タンパク質 40S ribosomal protein uS13, RPS18


分子量: 17759.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhinolophus lepidus (ブライスキクガシラコウモリ)
#8: タンパク質 40S ribosomal protein eS19, RPS19


分子量: 16104.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhinolophus lepidus (ブライスキクガシラコウモリ)
#9: タンパク質 40S ribosomal protein uS10, RPS20


分子量: 13398.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhinolophus lepidus (ブライスキクガシラコウモリ)
#10: タンパク質 40S ribosomal protein eS25, RPS25


分子量: 13776.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhinolophus lepidus (ブライスキクガシラコウモリ)
#11: タンパク質 40S ribosomal protein eS31, RPS27a


分子量: 18004.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhinolophus lepidus (ブライスキクガシラコウモリ)
#12: タンパク質 40S ribosomal protein eS28, RPS28


分子量: 7855.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhinolophus lepidus (ブライスキクガシラコウモリ)
#13: タンパク質 40S ribosomal protein uS14, RPS29


分子量: 6690.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhinolophus lepidus (ブライスキクガシラコウモリ)
#15: タンパク質 40S ribosomal protein uS7, RPS5


分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhinolophus lepidus (ブライスキクガシラコウモリ)

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RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 ig

#14: RNA鎖 18S ribosomal RNA


分子量: 603611.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhinolophus lepidus (ブライスキクガシラコウモリ)
#16: タンパク質 RACK1


分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhinolophus lepidus (ブライスキクガシラコウモリ)

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非ポリマー , 4種, 859分子

#17: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#18: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#19: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#20: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 827 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1SARS-CoV-2 nsp1-Rhinolophus lepidus ribosome complex, head mapRIBOSOME#1-#160MULTIPLE SOURCES
2Rhinolophus lepidus ribosomeORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#1-#161NATURAL
3SARS-CoV-2 nsp1COMPLEX1RECOMBINANT
4Eukaryotic translation initiation factor 1COMPLEX1RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Rhinolophus lepidus (ブライスキクガシラコウモリ)188570
33Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)2697049
44Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
13Escherichia coli (大腸菌)562
24Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 30.7 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.1_5286 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1205667 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 2.1 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00525762
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.52737215
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d19.24212186
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.044634
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042927

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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