[日本語] English
万見
- PDB-9npu: Pre-catalytic ternary complex of DNA Polymerase Lambda with bound... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9npu
タイトルPre-catalytic ternary complex of DNA Polymerase Lambda with bound 1-nt gapped SSB substrate containing template ribonucleotide opposite primer terminus, and incoming dUMPNPP
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')
  • DNA polymerase lambda
  • DNA/RNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*A)-R(P*G)-D(P*TP*AP*CP*TP*G)-3')
キーワードTRANSFERASE / Family X polymerase / nonhomologous end joining
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA biosynthetic process / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / base-excision repair, gap-filling / nucleotide-excision repair / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break ...DNA biosynthetic process / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / base-excision repair, gap-filling / nucleotide-excision repair / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / DNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase X family / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain ...DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase X family / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase, thumb domain superfamily / DNA polymerase beta thumb / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) / DNA polymerase lambda
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Kaminski, A.M. / Luthman, A.J. / Pedersen, L.C. / Ramsden, D.A. / Kunkel, T.A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1ZIC ES102645 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA097096 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)Z01 ES065070 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Nonhomologous end-joining uses distinct mechanisms to repair each strand of a double strand break.
著者: Luthman, A.J. / Chiruvella, K.K. / Kaminski, A.M. / Kunkel, T.A. / Pedersen, L.C. / Ramsden, D.A.
履歴
登録2025年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase lambda
T: DNA/RNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*A)-R(P*G)-D(P*TP*AP*CP*TP*G)-3')
P: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*C)-3')
D: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,78512
ポリマ－44,9264
非ポリマー8588
水4,774265
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5920 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area17020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.204, 59.923, 140.096
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 PD

#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*C)-3')


分子量: 1793.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')


分子量: 1191.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 / DNA/RNAハイブリッド , 2種, 2分子 AT

#1: タンパク質 DNA polymerase lambda / Pol Lambda / DNA polymerase beta-2 / Pol beta2 / DNA polymerase kappa


分子量: 38550.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLL / プラスミド: pGEXM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3)
参照: UniProt: Q9UGP5, DNA-directed DNA polymerase, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ
#2: DNA/RNAハイブリッド DNA/RNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*A)-R(P*G)-D(P*TP*AP*CP*TP*G)-3')


分子量: 3390.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 7種, 273分子

#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-DUP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE


分子量: 467.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#10: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.15 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 68 mM Na cacodylate pH 6.5, 20.4% (w/v) PEG8000, 136 mM ammonium sulfate, 12% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9202 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年2月6日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9202 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→41.01 Å / Num. obs: 60232 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 19.95 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.63→1.69 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 1.541 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 5928 / CC1/2: 0.407 / Rpim(I) all: 0.526 / Rrim(I) all: 1.631 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.63→40.99 Å / SU ML: 0.1924 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.8574
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1992 3029 5.03 %random
Rwork0.1781 57196 --
obs0.1792 60225 99.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→40.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2463 427 48 265 3203
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01173112
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08264322
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0613479
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0109480
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9685932
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.63-1.650.37551450.32342571X-RAY DIFFRACTION100
1.65-1.680.3081390.29682543X-RAY DIFFRACTION99.89
1.68-1.710.2961300.27262602X-RAY DIFFRACTION100
1.71-1.740.2551600.25352511X-RAY DIFFRACTION100
1.74-1.770.26491140.23722591X-RAY DIFFRACTION100
1.77-1.810.27441340.23392572X-RAY DIFFRACTION100
1.81-1.850.23691350.22012560X-RAY DIFFRACTION100
1.85-1.890.23571370.20292578X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.940.22191510.20282570X-RAY DIFFRACTION99.96
1.94-1.990.20561260.18362567X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.050.19591290.18022588X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.120.2091460.17632573X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.190.20861360.17582588X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.280.21171360.17232591X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.380.21061340.16592592X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.510.17071340.16362608X-RAY DIFFRACTION99.93
2.51-2.670.18421460.16562610X-RAY DIFFRACTION99.96
2.67-2.870.22991260.17982618X-RAY DIFFRACTION100
2.87-3.160.18511440.16342642X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.620.18041410.15392621X-RAY DIFFRACTION99.96
3.62-4.560.14611390.14112693X-RAY DIFFRACTION100
4.56-40.990.19191470.18262807X-RAY DIFFRACTION99.86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.612300775739-0.07101836017740.05134512795641.801893718230.07827602939060.969296724023-0.02933782342640.5040805828330.0393169954847-0.6145175898090.355877129789-0.606748360836-0.3695628842090.5205216396240.002355991533440.508937957153-0.1308443269930.1458049459860.573206000129-0.061424951750.427429505068-7.57125.922-25.877
21.858045674470.246311288291-0.0299820943231.880772128340.05397015861721.21156718294-0.0551916403552-0.2470155578650.1702641369040.06453407051810.106877990215-0.0342059336997-0.0397853203142-0.09824755852973.84469520070.1337970803260.00173072414737-0.008561360791070.14324598547-0.03533579081750.137238673964-13.73520.2940.76
31.33646597751-0.4816910936410.6935759544761.13150888962-0.161748397232.246346196750.114521310578-0.0662720548861-0.4539779910170.03998075913720.02441871012250.005391281211940.292757216076-0.003352516771090.01895174790360.179533982826-0.0217938583683-0.01999764080090.118085768468-0.0209055208850.250333004743-12.448-5.078-7.455
41.00576550932-0.6500479472940.3522825351181.856600713610.06119014254692.321495277130.07646830274450.49291186536-0.0592268163785-0.400128244889-0.01954773589320.0911146769336-0.06390487009110.1073087320340.006855754279490.2673477637990.00222650197501-0.01479451263150.288586057492-0.06320107647640.18020150027-19.6841.878-27.729
51.607770231420.17772626428-0.1925085108160.5795377704370.8065053539471.191128615610.005800741375340.2693291883520.10512310812-0.1838118319120.02396633603840.164135196473-0.175193300169-0.171171023435-0.002216398931740.1745317512060.0145560429382-0.01012323389210.162171569227-0.003306843094370.144225585345-24.71215.534-16.993
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 239:329 )A239 - 329
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 330:386 )A330 - 386
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 387:495 )A387 - 495
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 496:575 )A496 - 575
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN T AND RESID 1:11 ) OR ( CHAIN P AND RESID 1:6 ) OR ( CHAIN D AND RESID 1:4 )T1 - 11
6X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN T AND RESID 1:11 ) OR ( CHAIN P AND RESID 1:6 ) OR ( CHAIN D AND RESID 1:4 )P1 - 6
7X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN T AND RESID 1:11 ) OR ( CHAIN P AND RESID 1:6 ) OR ( CHAIN D AND RESID 1:4 )D1 - 4

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る