PDB-9nph: X-ray crystal structure of recombinant Can f 1 in complex with hu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9nph

タイトル

X-ray crystal structure of recombinant Can f 1 in complex with human IgE mAb 1J11 Fab

要素

1J11 Fab heavy chain
1J11 Fab light chain
Major allergen Can f 1

キーワード

ALLERGEN/IMMUNE SYSTEM / allergen-antibody complex / dog allergen Can f 1 / anti Can f 1 antibody / human IgE bound to Can f 1 / ALLERGEN-IMMUNE SYSTEM complex / ALLERGEN

機能・相同性

von Ebner's gland protein/ Bos/Can allergen / Lipocalin / small molecule binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / extracellular space / Major allergen Can f 1

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Canis lupus familiaris (イヌ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.592 Å

データ登録者

Khatri, K. / Ball, A. / Smith, S.A. / Champan, M.D. / Pomes, A. / Chruszcz, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2025
タイトル: Human IgE monoclonal antibodies define two unusual epitopes trapping dog allergen Can f 1 in different conformations.
著者: Khatri, K. / Ball, A. / Glesner, J. / Linn, C. / Vailes, L.D. / Wunschmann, S. / Gabel, S.A. / Zhang, J. / Peebles Jr., R.S. / Borowski, T. / Mueller, G.A. / Chapman, M.D. / Smith, S.A. / Pomes, A. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2025年3月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9nph.cif.gz	307.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9nph.ent.gz	192.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9nph.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9nph_validation.pdf.gz	746.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9nph_full_validation.pdf.gz	755.3 KB	表示
XML形式データ	9nph_validation.xml.gz	27.5 KB	表示
CIF形式データ	9nph_validation.cif.gz	36.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/9nph ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/9nph	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9npgC 9npiC 8vqf 8vqg C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 1J11 Fab light chain

B: 1J11 Fab heavy chain

C: Major allergen Can f 1

ヘテロ分子

66.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.511, 69.511, 247.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

-
抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体	1J11 Fab light chain 分子量: 22717.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	1J11 Fab heavy chain 分子量: 25320.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 C

#3: タンパク質

Major allergen Can f 1 / Allergen Dog 1

分子量: 16569.699 Da / 分子数: 1 / Mutation: C118S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Canis lupus familiaris (イヌ) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O18873

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 75分子

#5: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M HEPES , 25% w/v PEG 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.59→40 Å / Num. obs: 20567 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 9.9 % / CC_1/2: 0.979 / CC star: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.122 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 2.59→2.63 Å / 冗長度: 9.6 % / R_merge(I) obs: 0.66 / Num. unique obs: 1008 / CC_1/2: 0.995 / CC star: 0.962 / R_pim(I) all: 0.192 / R_rim(I) all: 0.691 / % possible all: 93.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.592→38.221 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 27.721 / SU ML: 0.282 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.082 / ESU R Free: 0.342 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.261	1013	4.94 %
R_work	0.2153	19494	-
all	0.218	-	-
obs	-	20507	91.459 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.963 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.172 Å²	0.086 Å²	-0 Å²
2-	-	0.172 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.559 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.592→38.221 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4373	0	109	60	4542

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	4570
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	4082
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.506	1.804	6246
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.953	1.728	9435
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.577	5	586
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.866	5	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.556	10	670
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	12.236	10	173
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	723
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5310
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.013	0.02	978
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	764
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.235	0.2	3837
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	2173
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.094	0.2	2309
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.303	0.2	142
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.011	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.222	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.378	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.088	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.532	3.659	2353
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.532	3.659	2353
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.708	6.568	2936
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.707	6.568	2937
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.542	3.959	2217
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.212	3.794	2166
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.907	7.161	3310
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.473	6.882	3233
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.22	42.749	18011
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.182	42.72	17995

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.592-2.659	0.355	72	0.293	1399	0.296	1605	0.906	0.942	91.6511	0.273
2.659-2.731	0.303	81	0.296	1360	0.297	1562	0.925	0.941	92.2535	0.275
2.731-2.81	0.37	55	0.295	1343	0.297	1523	0.923	0.942	91.7925	0.267
2.81-2.896	0.364	53	0.258	1333	0.262	1520	0.916	0.955	91.1842	0.229
2.896-2.991	0.356	61	0.253	1299	0.257	1425	0.929	0.956	95.4386	0.227
2.991-3.095	0.279	71	0.243	1206	0.245	1396	0.944	0.959	91.4756	0.22
3.095-3.211	0.285	63	0.245	1197	0.247	1372	0.944	0.959	91.8367	0.221
3.211-3.341	0.243	71	0.23	1140	0.231	1327	0.953	0.966	91.2585	0.212
3.341-3.488	0.334	35	0.23	1115	0.233	1254	0.936	0.97	91.7065	0.213
3.488-3.657	0.283	49	0.226	1060	0.228	1218	0.953	0.97	91.0509	0.207
3.657-3.853	0.255	62	0.22	999	0.223	1152	0.961	0.971	92.1007	0.202
3.853-4.084	0.3	35	0.2	956	0.203	1096	0.941	0.974	90.4197	0.188
4.084-4.363	0.278	44	0.167	899	0.172	1035	0.952	0.982	91.1111	0.155
4.363-4.707	0.185	56	0.144	836	0.147	965	0.98	0.987	92.4352	0.138
4.707-5.148	0.227	49	0.158	784	0.162	902	0.97	0.983	92.3503	0.15
5.148-5.743	0.242	55	0.182	689	0.186	831	0.964	0.979	89.5307	0.169
5.743-6.607	0.216	37	0.201	629	0.202	732	0.978	0.977	90.9836	0.187
6.607-8.032	0.149	19	0.211	543	0.209	640	0.989	0.971	87.8125	0.202
8.032-11.116	0.24	35	0.192	426	0.195	515	0.966	0.977	89.5146	0.203
11.116-38.221	0.275	10	0.303	281	0.302	341	0.96	0.951	85.3372	0.33

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5246	-0.993	0.0695	1.4562	0.0449	2.1068	0.1061	0.2031	0.0635	0.041	-0.0234	-0.162	-0.0378	0.1665	-0.0827	0.1703	0.157	0.0214	0.3703	0	0.0311	3.892	-6.759	-16.885
2	0.7919	1.1704	0.1279	2.4278	1.4335	2.2873	-0.2286	0.0307	0.1604	-0.3528	0.1509	0.2502	-0.1496	0.058	0.0777	0.2925	0.23	-0.1151	0.3915	-0.0661	0.0534	-6.785	-19.623	-35.205
3	2.0952	-0.3702	0.5664	2.1345	1.0134	1.0519	0.1607	0.1883	-0.0422	-0.2114	-0.1723	0.1606	-0.1157	-0.1502	0.0115	0.1465	0.2036	-0.0255	0.3443	-0.013	0.0286	-17.617	0.476	-15.189
4	3.5474	-0.0622	-0.1927	0.8748	0.2796	0.964	-0.4063	-0.3105	-0.0092	0.089	-0.0748	0.0727	0.1885	-0.4059	0.4811	0.3208	0.0428	0.0476	0.4354	-0.1791	0.2596	-19.321	-34.168	-39.772
5	2.1615	-1.1424	-0.4825	2.575	0.8924	0.925	0.1582	0.0062	0.4331	-0.077	-0.0391	-0.2478	-0.1328	-0.0838	-0.1191	0.1679	0.163	0.0263	0.1959	0.0408	0.1754	-5.86	25.815	-8.165
6	2.8563	1.3755	-0.0158	3.0589	0.3916	3.7893	0.0231	-0.1862	0.4909	0.0423	0.0426	-0.1284	-0.4901	0.1175	-0.0656	0.1658	0.122	0.0279	0.2034	-0.0137	0.1481	-0.284	29.208	-2.653

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	2 - 79
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	80 - 208

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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集合体

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 AB

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 C

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非ポリマー , 3種, 75分子

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詳細

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)