PDB-9npg: X-ray crystal structure of recombinant Can f 1-C100S in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9npg

タイトル

X-ray crystal structure of recombinant Can f 1-C100S in complex with human IgE mAb 12F3 Fab

要素

IgE 12F3 Fab heavy chain
IgE 12F3 Fab light chain
Major allergen Can f 1

キーワード

ALLERGEN/IMMUNE SYSTEM / Can f 1-IgE / dog allergen / allergen-antibody complex / human antibody / IgE-Can f 1 complex / allergen-antibody interaction / ALLERGEN / ALLERGEN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

von Ebner's gland protein/ Bos/Can allergen / Lipocalin / small molecule binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / extracellular space / Major allergen Can f 1

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Canis lupus familiaris (イヌ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.12 Å

データ登録者

Khatri, K. / Ball, A. / Smith, S.A. / Champan, M.D. / Pomes, A. / Chruszcz, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2025
タイトル: Human IgE monoclonal antibodies define two unusual epitopes trapping dog allergen Can f 1 in different conformations.
著者: Khatri, K. / Ball, A. / Glesner, J. / Linn, C. / Vailes, L.D. / Wunschmann, S. / Gabel, S.A. / Zhang, J. / Peebles Jr., R.S. / Borowski, T. / Mueller, G.A. / Chapman, M.D. / Smith, S.A. / Pomes, A. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2025年3月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb9npg.ent.gz	736.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9npg_validation.pdf.gz	499.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9npg_full_validation.pdf.gz	509.9 KB	表示
XML形式データ	9npg_validation.xml.gz	85.6 KB	表示
CIF形式データ	9npg_validation.cif.gz	112.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/9npg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/9npg	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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登録構造単位

A: IgE 12F3 Fab heavy chain

B: IgE 12F3 Fab light chain

C: Major allergen Can f 1

D: IgE 12F3 Fab heavy chain

E: IgE 12F3 Fab light chain

F: Major allergen Can f 1

G: IgE 12F3 Fab heavy chain

H: IgE 12F3 Fab light chain

K: IgE 12F3 Fab heavy chain

J: IgE 12F3 Fab light chain

L: Major allergen Can f 1

I: Major allergen Can f 1

258 kDa, 12 ポリマー
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1

A: IgE 12F3 Fab heavy chain

B: IgE 12F3 Fab light chain

C: Major allergen Can f 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
64.5 kDa, 3 ポリマー
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2

D: IgE 12F3 Fab heavy chain

E: IgE 12F3 Fab light chain

F: Major allergen Can f 1

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64.5 kDa, 3 ポリマー
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3

G: IgE 12F3 Fab heavy chain

H: IgE 12F3 Fab light chain

I: Major allergen Can f 1

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4

K: IgE 12F3 Fab heavy chain

J: IgE 12F3 Fab light chain

L: Major allergen Can f 1

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単位格子

Length a, b, c (Å)	81.407, 191.156, 88.187
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.91, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	IgE 12F3 Fab heavy chain 分子量: 24638.535 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	IgE 12F3 Fab light chain 分子量: 23392.988 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質	Major allergen Can f 1 / Allergen Dog 1 分子量: 16512.646 Da / 分子数: 4 / Mutation: C118S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O18873
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 4.2, 20% w/v PEG 8,000 conditions

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.12→40 Å / Num. obs: 46837 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.976 / CC star: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.257 / R_pim(I) all: 0.104 / R_rim(I) all: 0.278 / Net I/σ(I): 7.47
反射シェル	解像度: 3.12→3.17 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.749 / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / Num. unique obs: 2313 / CC_1/2: 0.598 / CC star: 0.865 / R_pim(I) all: 0.314 / R_rim(I) all: 0.813 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.12→39.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.902 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.877 / SU B: 53.438 / SU ML: 0.425 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.488 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24488	2298	4.9 %	RANDOM
R_work	0.20318	-	-	-
obs	0.20524	44368	99.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 83.621 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.26 Å²	-0 Å²	1.71 Å²
2-	-	-2.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.12→39.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17418	0	0	96	17514

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	17796
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	16375
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.291	1.814	24227
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.455	1.732	37853
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.495	5	2294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.191	5	80
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.904	10	2825
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	2772
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	20934
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3914
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.338	2.255	9224
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.337	2.255	9224
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.375	4.046	11502
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.375	4.046	11503
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.286	2.307	8572
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.286	2.307	8573
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.251	4.199	12726
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.383	26.64	69233
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.38	26.64	69221
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.12→3.201 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.314	148	-
R_work	0.29	3266	-
obs	-	-	99.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8354	-0.0259	1.1879	5.1915	0.7869	4.2593	-0.2677	0.0662	-0.0667	-0.7313	0.3331	0.4767	-0.4653	-0.336	-0.0653	0.2307	-0.0102	-0.1605	0.6849	-0.1022	0.3586	-11.156	54.032	16.957
2	0.5719	1.0193	0.357	3.0819	2.1385	2.0657	0.0229	-0.0486	-0.0113	0.0405	-0.0017	-0.057	0.0707	-0.0814	-0.0212	0.1755	-0.0116	-0.1177	0.4618	-0.062	0.2402	-4.447	54.026	22.181
3	1.1669	-0.6282	-0.5228	1.0638	0.0673	9.0616	-0.0374	-0.0515	-0.1979	-0.0407	0.1025	0.1913	0.0086	-0.5556	-0.0651	0.0377	-0.0538	-0.0593	0.3552	-0.0665	0.3102	-24.079	28.149	39.464
4	0.6955	0.5566	-0.5036	2.3926	-0.7716	0.4476	0.1833	-0.1469	0.0581	0.2585	-0.1307	0.0571	-0.1279	0.1734	-0.0526	0.2976	-0.0793	-0.1397	0.5222	-0.0799	0.1305	-7.065	51.99	43.021
5	25.1555	-12.8415	4.5589	31.3894	8.2044	9.9382	0.1161	0.5562	-0.4357	1.8499	-0.3062	-0.0445	-0.4787	1.5133	0.1901	0.5429	-0.3062	-0.1725	0.778	-0.0411	0.1088	-4.668	34.274	49.137
6	0.8825	-2.1073	-2.8903	8.9755	4.3303	11.4542	-0.3123	-0.2817	0.064	0.4407	0.4019	-0.2885	1.2325	1.4543	-0.0897	0.2388	0.1865	-0.1614	0.5409	-0.0511	0.2293	-7.92	24.307	46.913
7	12.0191	8.228	-3.1755	8.8098	-6.1074	8.1489	0.6503	-0.4971	0.8962	0.8872	-0.5388	0.5491	-0.8773	1.1257	-0.1115	0.2448	-0.0475	-0.0093	0.3063	-0.1004	0.2517	8.613	85.574	30.772
8	13.5993	7.9855	-2.3695	9.8445	3.0176	4.1903	0.4928	-0.0774	0.828	0.8259	-0.0711	0.1631	0.3327	0.0018	-0.4217	0.2788	-0.0485	-0.1063	0.288	-0.0291	0.2699	4.711	88.666	37.017
9	2.2198	0.2991	0.7508	3.8712	-1.0556	2.8713	0.0002	0.2706	0.0755	0.0607	-0.0316	-0.272	-0.0059	0.1415	0.0314	0.0596	-0.0394	-0.0922	0.3557	-0.0312	0.1915	7.716	84.934	24.995
10	1.5589	2.7815	1.1518	16.9446	3.5445	3.5995	-0.0718	0.0975	-0.198	1.2928	0.1216	0.5636	0.1215	-0.5462	-0.0499	0.1715	-0.0067	0.1092	0.3749	-0.0628	0.2792	-53.5	5.669	23.436
11	1.3156	-1.6049	-0.9797	3.7217	1.2196	2.2185	0.0197	0.0178	0.0526	0.4516	-0.1798	-0.0021	-0.017	-0.0576	0.1601	0.2256	0.0152	-0.1359	0.3654	-0.029	0.2807	-44.508	4.559	22.028
12	3.9647	-1.7413	-2.1899	2.835	0.5285	5.8792	-0.0522	0.3101	0.2487	0.2984	-0.0041	0.5251	0.142	-0.4099	0.0563	0.1551	-0.0074	-0.0668	0.3742	-0.0479	0.4945	-54.409	31.44	-2.469
13	0.3113	0.1194	-0.5614	3.2024	-0.6336	3.3241	-0.0726	0.1511	0.0049	-0.2074	0.0207	-0.2373	0.1858	0.0285	0.0519	0.1788	0.0081	-0.1366	0.2899	-0.0376	0.2056	-35.981	-1.428	4.167
14	0.0994	-0.63	0.2374	4.5428	-1.631	0.622	0.0037	0.0267	0.0101	0.1047	-0.0156	-0.1873	-0.0062	-0.0538	0.0119	0.0569	0.0288	-0.1146	0.3815	-0.0319	0.3125	-38.587	22.028	-0.599
15	3.5391	-6.9427	-2.8114	19.9481	8.3464	3.573	0.0472	-0.1734	0.3317	-0.1324	0.2606	-0.5723	-0.0275	0.2419	-0.3078	0.0602	-0.0001	-0.1039	0.3612	-0.0091	0.345	-34.969	40.163	-7.461
16	2.1785	-2.669	1.9236	4.3965	-3.4556	7.2018	0.131	0.0312	-0.2447	-0.339	0.116	-0.1453	0.0963	0.0713	-0.247	0.2988	0.0107	-0.0671	0.2487	-0.0274	0.3634	-32.137	-27.749	15.344
17	8.4727	1.8067	-2.5729	1.4502	0.301	2.4051	-0.2328	-0.1918	-0.214	0.0858	-0.0072	0.0605	0.7054	0.1812	0.24	0.4469	0.0696	-0.0631	0.2587	0.0336	0.1551	-40.4	-30.719	18.619
18	0.8829	0.9912	0.0493	2.2984	-0.3372	3.1329	0.1204	-0.3046	-0.1337	0.2669	-0.1459	-0.5007	0.0415	0.2103	0.0255	0.2188	0.0735	-0.1712	0.3683	0.0341	0.2615	-29.851	-25.604	25.704
19	0.4988	-1.3713	-0.0522	3.7865	0.3049	1.9276	-0.1312	-0.1015	0.0579	0.3742	0.3032	-0.2022	-0.1284	0.1236	-0.172	0.1286	0.0593	-0.1518	0.4499	-0.089	0.2923	-6.559	-0.22	21.54
20	0.955	1.6718	1.5069	11.6867	0.3223	4.6903	0.1831	0.1671	0.0413	0.1908	-0.043	-0.5629	-0.6681	-0.2418	-0.1401	0.5451	0.3444	0.0692	0.4725	0.0618	0.5972	-10.966	31.912	-6.124
21	1.8899	-0.7693	-1.1968	1.2986	-0.0633	3.9614	-0.0352	0.2753	0.0594	0.094	-0.1435	0.2681	-0.0357	-0.4928	0.1788	0.0795	-0.0128	-0.0939	0.4696	-0.0683	0.321	-15.284	25.687	-2.648
22	2.107	-1.0108	-1.0662	1.8529	-0.1445	10.378	0.168	-0.0956	0.3749	-0.3224	-0.1657	-0.7612	0.2281	0.2708	-0.0023	0.1305	0.0246	0.013	0.3086	0.0198	0.5275	9.702	-3.288	2.591
23	1.6853	-2.1076	1.8716	3.8501	-2.6661	3.3658	0.0788	-0.0325	0.1673	-0.1971	0.0134	-0.2428	0.1205	0.0463	-0.0922	0.0443	0.0243	-0.0703	0.4154	-0.1184	0.2836	1.071	-6.758	3.582
24	1.3776	-0.9412	-0.2808	6.7888	4.0558	5.1864	0.0409	-0.1499	0.0653	-0.104	-0.0069	-0.2512	-0.0978	0.2758	-0.034	0.034	-0.0082	-0.0742	0.4623	0.0181	0.2048	1.343	28.409	-3.869
25	5.1937	-1.0857	3.407	1.9111	-1.2162	7.1726	0.1136	0.3338	-0.2922	-0.3871	0.2111	-0.4127	0.8972	0.5543	-0.3247	0.3473	0.0712	-0.099	0.2759	-0.1124	0.346	10.534	-33.634	14.771
26	18.6138	-10.4308	-10.8443	11.2794	2.7872	11.2925	-0.3011	-0.1612	0.6904	-0.356	0.8224	-0.1314	0.6723	0.2148	-0.5213	0.2802	0.0049	-0.2025	0.3146	-0.0168	0.1757	-0.113	-33.927	15.72
27	2.0392	0.3871	0.1589	3.4746	-2.9166	2.7584	-0.17	-0.0417	-0.0857	0.2275	0.0757	-0.3369	-0.0376	0.0668	0.0943	0.2443	0.1923	-0.1936	0.4745	-0.1338	0.1956	9.218	-31.017	24.542
28	7.5923	2.4147	-5.4311	3.489	-2.4628	4.7482	0.3649	-0.4412	-0.3909	0.2745	-0.6954	-0.4953	-0.2645	0.8245	0.3305	0.2684	0.064	-0.2423	0.5504	0.0599	0.2653	-39.043	64.775	43.313
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30	0.8736	-1.5531	-0.7367	6.3507	1.5313	2.9986	-0.0733	0.1229	0.012	0.2074	-0.0789	-0.1855	0.0801	0.0275	0.1522	0.0374	-0.0263	-0.0797	0.3418	0.0108	0.2231	-50.515	30.524	47.304
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32	4.3991	0.798	-6.666	3.7761	2.9291	23.9067	-0.0431	0.2166	-0.4359	-0.042	-0.3557	0.2937	0.5118	-2.5504	0.3988	0.0454	-0.0337	-0.0741	0.591	-0.0349	0.245	-63.901	29.582	44.548
33	0.4326	0.4202	-0.6155	2.7843	1.5446	11.0251	-0.0789	-0.0927	-0.1477	-0.7172	-0.1941	0.3265	-0.7079	-1.1302	0.273	0.242	0.1597	-0.1792	0.477	-0.1323	0.3359	-64.428	35.515	37.797
34	6.6344	2.6781	-2.4506	6.8962	0.0155	2.1808	-0.0087	-0.6906	0.1578	1.1009	-0.0963	-0.9547	-0.2099	0.4093	0.105	0.5876	-0.1332	-0.4475	0.4756	-0.0012	0.3709	-33.56	92.578	32.474
35	22.8168	4.613	5.4167	3.8996	3.3931	5.0626	0.1725	-0.5802	0.7893	0.514	-0.3593	0.2501	-0.4219	0.026	0.1867	0.5052	-0.1475	-0.0387	0.1908	-0.0434	0.1524	-38.387	97.451	35.638
36	1.7438	-0.7414	0.2811	2.8008	-1.4331	3.9246	0.1363	0.1151	-0.0259	0.2419	-0.1466	-0.4104	-0.5543	0.6303	0.0103	0.2487	-0.1215	-0.1864	0.3804	0.0079	0.2627	-33.23	91.819	23.699

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	33 - 126
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	127 - 224
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 142
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	143 - 148
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	149 - 213
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	11 - 31
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	32 - 62
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	63 - 153
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	1 - 30
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	31 - 126
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	127 - 225
13	X-RAY DIFFRACTION	13	E	1 - 69
14	X-RAY DIFFRACTION	14	E	70 - 187
15	X-RAY DIFFRACTION	15	E	188 - 212
16	X-RAY DIFFRACTION	16	F	12 - 56
17	X-RAY DIFFRACTION	17	F	57 - 88
18	X-RAY DIFFRACTION	18	F	89 - 153
19	X-RAY DIFFRACTION	19	G	1 - 127
20	X-RAY DIFFRACTION	20	G	128 - 144
21	X-RAY DIFFRACTION	21	G	145 - 224
22	X-RAY DIFFRACTION	22	H	1 - 30
23	X-RAY DIFFRACTION	23	H	31 - 108
24	X-RAY DIFFRACTION	24	H	109 - 214
25	X-RAY DIFFRACTION	25	I	12 - 60
26	X-RAY DIFFRACTION	26	I	61 - 74
27	X-RAY DIFFRACTION	27	I	75 - 153
28	X-RAY DIFFRACTION	28	J	1 - 35
29	X-RAY DIFFRACTION	29	J	36 - 122
30	X-RAY DIFFRACTION	30	J	123 - 213
31	X-RAY DIFFRACTION	31	K	1 - 127
32	X-RAY DIFFRACTION	32	K	128 - 148
33	X-RAY DIFFRACTION	33	K	149 - 225
34	X-RAY DIFFRACTION	34	L	11 - 42
35	X-RAY DIFFRACTION	35	L	43 - 66
36	X-RAY DIFFRACTION	36	L	67 - 153

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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