PDB-9npc: Crystal structure of the inactive conformation of a glycoside hyd...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9npc

タイトル

Crystal structure of the inactive conformation of a glycoside hydrolase (CapGH2b) from the GH2 family in the space group I212121 at 2.65 A

要素

Glycoside hydrolase family 2

キーワード

HYDROLASE / Redox-regulation / glycosyl hydrolase / mannosidase / redox-switch / metagenome / disulfide bond

機能・相同性

DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

metagenome (メタゲノム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Martins, M.P. / Spadeto, J.P.M. / Miyamoto, R.Y. / Morais, M.A.B. / Murakami, M.T.

資金援助

ブラジル, 3件

組織	認可番号	国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)	2021/04891-3	ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)	2021/09793-0	ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)	2022/06298-0	ブラジル

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the inactive conformation of a glycoside hydrolase (CapGH2b) from the GH2 family in the space group I212121 at 2.65 A
著者: Martins, M.P. / Spadeto, J.P.M. / Miyamoto, R.Y. / Morais, M.A.B. / Murakami, M.T.

履歴

登録	2025年3月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年11月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9npc.cif.gz	900.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9npc.ent.gz	755.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9npc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/9npc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/9npc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycoside hydrolase family 2

B: Glycoside hydrolase family 2

C: Glycoside hydrolase family 2

ヘテロ分子

279 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, 電子顕微鏡法

単位格子

Length a, b, c (Å)	191.853, 192.001, 191.921
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Glycoside hydrolase family 2 分子量: 91895.203 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: beta-mannosidase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL 分子量: 194.226 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.63 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1 M ammonium phosphate dibasic, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, 0.1 M praseodyminium

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97934 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97934 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.65→48 Å / Num. obs: 102548 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.06 % / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.163 / R_rim(I) all: 0.176 / Net I/σ(I): 4.6

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
2.65-2.81	1.361	19539	0.244	1.916	1
2.81-3	0.827	18600	0.414	1.166	1
3-3.24	0.472	17209	0.69	0.665	1
3.24-3.55	0.249	15195	0.882	0.351	1
3.55-3.97	0.125	14416	0.96	0.176	1
3.97-4.58	0.07	12321	0.987	0.099	1
4.58-5.59	0.055	10179	0.992	0.078	1
5.59-7.85	0.045	8084	0.994	0.064	1
7.85-48	0.024	4380	0.997	0.034	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.2_5419: ???)	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.65→45.25 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2329	5115	5 %
R_work	0.2026	-	-
obs	0.2041	102256	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→45.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17752	0	176	434	18362

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	18393
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.763	24927
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.907	6745
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	2611
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	3227

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.65-2.68	0.3621	167	0.3317	3142	X-RAY DIFFRACTION	96
2.68-2.71	0.3235	166	0.2935	3157	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.74	0.3365	169	0.2812	3204	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.78	0.3351	171	0.281	3249	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.82	0.3501	170	0.2861	3248	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.85	0.3446	166	0.2857	3140	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-2.9	0.3223	171	0.299	3249	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-2.94	0.3277	169	0.2939	3210	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-2.98	0.3554	170	0.2996	3232	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.03	0.3886	171	0.2836	3247	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.09	0.336	169	0.2698	3218	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.14	0.2863	169	0.2546	3202	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.2	0.3147	170	0.2531	3236	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.27	0.2993	168	0.2447	3187	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.34	0.2531	169	0.2392	3208	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-3.42	0.2676	169	0.244	3223	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.5	0.2737	170	0.2455	3221	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5-3.6	0.2402	170	0.2013	3230	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6-3.7	0.2602	174	0.2193	3303	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7-3.82	0.2153	166	0.1878	3164	X-RAY DIFFRACTION	100
3.82-3.96	0.2047	172	0.1781	3256	X-RAY DIFFRACTION	100
3.96-4.12	0.2046	172	0.1692	3270	X-RAY DIFFRACTION	100
4.12-4.3	0.2018	171	0.161	3240	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3-4.53	0.1935	171	0.1535	3257	X-RAY DIFFRACTION	100
4.53-4.81	0.1738	171	0.1567	3256	X-RAY DIFFRACTION	100
4.81-5.19	0.1726	172	0.1572	3257	X-RAY DIFFRACTION	100
5.19-5.71	0.1889	171	0.1708	3259	X-RAY DIFFRACTION	100
5.71-6.53	0.2083	176	0.1849	3334	X-RAY DIFFRACTION	100
6.53-8.22	0.1938	175	0.1753	3321	X-RAY DIFFRACTION	100
8.23-45.25	0.1833	180	0.1774	3421	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0358	-1.0945	-0.8077	2.4281	0.6805	1.3416	-0.0727	-0.1588	-0.3201	0.1935	0.0589	0.0387	0.2448	-0.05	0.0247	0.4414	-0.0399	-0.0551	0.3709	0.0465	0.398	40.7895	18.7999	-30.2076
2	1.6908	-0.0583	-0.5197	0.9409	0.3099	1.6849	-0.0003	0.1762	-0.0911	-0.0814	-0.0726	0.1804	-0.0242	-0.2918	0.0698	0.3779	-0.0185	-0.016	0.3598	-0.0065	0.4437	33.9714	24.2253	-55.0751
3	2.7436	-0.9089	0.1408	1.5986	-0.794	1.3675	0.1294	-0.1421	-0.1383	0.1953	0.0531	0.5668	-0.0428	-0.4385	-0.1357	0.4546	-0.0336	0.0177	0.5142	-0.0677	0.6345	6.844	32.3006	-47.7609
4	2.1823	0.4065	0.8353	1.4196	0.8461	2.2569	0.0505	-0.0177	-0.1728	-0.0581	0.0088	-0.1769	0.1274	0.2963	-0.078	0.3507	0.0487	0.0413	0.3984	0.0521	0.4306	77.1619	30.2299	-55.1291
5	0.7935	0.2145	-0.0588	1.5238	0.6643	1.7504	-0.0714	0.1956	0.0415	-0.2511	0.1074	-0.0063	-0.2146	0.1229	-0.0108	0.3671	-0.0122	0.0091	0.4551	0.0191	0.4084	71.7397	55.1036	-61.9864
6	1.5475	-0.762	0.7499	1.1371	0.0996	2.5206	0.0682	0.5216	-0.1971	-0.3789	-0.2014	0.0753	0.1605	0.0498	0.1104	0.5265	-0.0746	0.0173	0.6505	-0.01	0.4702	63.6522	47.753	-89.1021
7	1.5289	1.0344	-0.6376	2.3865	-1.0353	1.8439	0.0287	-0.1272	0.018	0.3144	-0.0646	-0.1278	0.0089	0.1378	0.0628	0.3722	0.055	-0.0466	0.402	-0.0452	0.3074	65.7164	55.1821	-18.7792
8	1.7309	0.6589	-0.4022	1.9386	0.1204	0.92	0.097	0.0011	0.258	0.1169	-0.0253	0.2194	-0.1952	-0.0601	-0.0672	0.431	0.024	-0.0015	0.3857	-0.0023	0.3496	40.837	62.0197	-24.2195
9	1.1555	0.0605	0.6539	2.5778	-0.9923	1.501	-0.1567	0.0679	0.337	0.0986	0.1004	-0.1666	-0.5163	0.2154	0.03	0.5856	-0.0115	0.0648	0.4179	-0.0358	0.4755	48.1897	89.163	-32.2796

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 19 through 184 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 185 through 451 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 452 through 796 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 19 through 184 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 185 through 451 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 452 through 796 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 19 through 184 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 185 through 451 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 452 through 796 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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