PDB-9nom: Structure of the NIS synthetase NcdF from nocardichelin biosynthesis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9nom

タイトル

Structure of the NIS synthetase NcdF from nocardichelin biosynthesis

要素

NcdF, a non-ribosomal independent siderophore synthetase

キーワード

LIGASE / NIS synthetase / siderophore biosynthesis / NRPS independent siderophores / NcdF

機能・相同性

MALONATE ION

機能・相同性情報

生物種

Nocardia carnea NBRC 14403 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.87 Å

データ登録者

Fisk, M.B. / Gulick, A.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2025
タイトル: Identification and Characterization of the Biosynthesis of the Hybrid NRPS-NIS Siderophore Nocardichelin.
著者: Fisk, M.B. / Barrera Ramirez, J. / Merrick, C.E. / Wencewicz, T.A. / Gulick, A.M.

履歴

登録	2025年3月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9nom.cif.gz	285.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9nom.ent.gz	184.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9nom.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/9nom ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/9nom	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9nij PDB 未公開エントリ
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NcdF, a non-ribosomal independent siderophore synthetase

B: NcdF, a non-ribosomal independent siderophore synthetase

ヘテロ分子

138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NcdF, a non-ribosomal independent siderophore synthetase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
68.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: NcdF, a non-ribosomal independent siderophore synthetase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
68.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.544, 118.806, 168.202
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	NcdF, a non-ribosomal independent siderophore synthetase 分子量: 68751.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: N-terminal Gly His remain following cleavage of Histidine tag 由来: (組換発現) Nocardia carnea NBRC 14403 (バクテリア) 遺伝子: ncdF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.96 % / 解説: Rod-shaped crystals
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.6 M Sodium malonate and 0.1 M bis-tris propane pH 7 adjusted by HCl (16.35 mg/ml protein)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 113 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.87→50.7 Å / Num. obs: 39480 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 52.95 Å² / CC_1/2: 0.937 / R_merge(I) obs: 0.325 / R_pim(I) all: 0.136 / Net I/σ(I): 4
反射シェル	解像度: 2.87→2.99 Å / R_merge(I) obs: 1.325 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4402 / CC_1/2: 0.654 / R_pim(I) all: 0.539

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.87→50.7 Å / SU ML: 0.4037 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.4453
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2606	3784	5.07 %
R_work	0.2029	70852	-
obs	0.2059	39394	99.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.87→50.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9003	0	14	0	9017

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0083	9244
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0385	12594
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0546	1409
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0093	1641
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.3524	1288

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.87-2.91	0.3991	126	0.3277	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.91-2.94	0.3886	163	0.3168	2591	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.94-2.98	0.3161	132	0.3008	2634	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.98-3.03	0.3986	143	0.288	2628	X-RAY DIFFRACTION	99.64
3.03-3.07	0.3171	142	0.2746	2597	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.07-3.12	0.3535	128	0.2635	2661	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.12-3.17	0.277	133	0.2547	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.17-3.23	0.3381	130	0.2549	2663	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.23-3.29	0.2971	144	0.2444	2574	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.29-3.35	0.2666	144	0.2435	2603	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.35-3.42	0.3007	140	0.2366	2669	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.42-3.49	0.299	136	0.2267	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.49-3.57	0.2793	135	0.2094	2597	X-RAY DIFFRACTION	99.71
3.57-3.66	0.2493	133	0.2095	2646	X-RAY DIFFRACTION	98.97
3.66-3.76	0.2566	135	0.1996	2618	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.76-3.87	0.2721	155	0.1881	2610	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.87-4	0.2381	111	0.1877	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4-4.14	0.2315	146	0.1767	2604	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.14-4.3	0.2099	157	0.1823	2623	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.3-4.5	0.2339	131	0.1602	2627	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.5-4.74	0.2549	163	0.156	2625	X-RAY DIFFRACTION	99.75
4.74-5.03	0.2299	141	0.1665	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
5.03-5.42	0.2873	131	0.1878	2625	X-RAY DIFFRACTION	98.71
5.42-5.97	0.2854	152	0.1994	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
5.97-6.83	0.2691	149	0.1985	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
6.83-8.59	0.194	159	0.174	2634	X-RAY DIFFRACTION	99.96
8.6-50.7	0.1716	125	0.1604	2573	X-RAY DIFFRACTION	97.97

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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