PDB-9no6: Structure of csTOS the Terpinolene Synthase from Cannabis sativa

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9no6

タイトル

Structure of csTOS the Terpinolene Synthase from Cannabis sativa

要素

Terpinolene synthase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / terpinolene synthase / Cannabis sativa / plant protein

機能・相同性

機能・相同性情報

diterpenoid biosynthetic process / terpene synthase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Cannabis sativa (アサ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Wiles, D. / Roest, J. / Vivivan, J.P. / Beddoe, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2025
タイトル: The product specificities of terpinolene synthase, from cannabis sativa, reveals the plasticity of the terpene synthase active site.
著者: Wiles, D. / Roest, J. / Vivan, J.P. / Beddoe, T.

履歴

登録	2025年3月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9no6.cif.gz	221.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9no6.ent.gz	175.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9no6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9no6_validation.pdf.gz	428.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9no6_full_validation.pdf.gz	435.9 KB	表示
XML形式データ	9no6_validation.xml.gz	22.6 KB	表示
CIF形式データ	9no6_validation.cif.gz	29.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/9no6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/9no6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (9) #96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Terpinolene synthase

74.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Terpinolene synthase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
150 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.030, 118.413, 204.948
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-657- HOH
2	1	A-667- HOH

#1: タンパク質	Terpinolene synthase 分子量: 74879.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cannabis sativa (アサ) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5C1IZK1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20 mM Tris-HCl pH 7.0, 100 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 30% PEG-3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→80 Å / Num. obs: 17259 / % possible obs: 87.8 % / 冗長度: 5.3 % / CC_1/2: 0.98 / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 6.6
反射シェル	解像度: 2.5→2.562 Å / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique obs: 863 / CC_1/2: 0.45

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.1_5286	精密化
pointless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→80 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.68 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2698	709	4.98 %
R_work	0.2173	-	-
obs	0.2199	14234	69.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→80 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4145	0	0	106	4251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.493
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.254	1571
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	610
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	716

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.69	0.3042	50	0.2344	981	X-RAY DIFFRACTION	26
2.69-2.96	0.2797	104	0.2769	1894	X-RAY DIFFRACTION	50
2.96-3.39	0.2997	136	0.2568	2875	X-RAY DIFFRACTION	75
3.39-4.28	0.2807	188	0.2062	3842	X-RAY DIFFRACTION	99
4.28-80	0.2488	231	0.1977	3933	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0155	0.0155	-0.003	0.0655	-0.0034	0.026	0.1185	0.1241	0.0381	0.0052	0.1076	0.149	-0.0895	0.0981	0.0076	0.3588	-0.0607	-0.0193	0.2779	-0.0435	0.2613	35.013	85.3359	74.7401
2	0.0398	0.0313	0.0207	0.0363	0.0401	0.0808	0.1924	-0.112	0.0072	0.2633	0.0016	-0.0056	0.07	0.0744	0.009	0.3786	-0.1296	-0.0108	0.3353	0.0251	0.2159	32.2702	74.6306	99.373
3	0.1124	-0.007	0.0282	0.1001	-0.0864	0.0742	-0.1115	-0.1102	0.0787	0.0606	0.0105	0.1961	-0.1552	-0.0004	-0.0051	0.2625	-0.0358	0.0097	0.2174	-0.0096	0.1921	23.953	83.4844	78.0726
4	0.0674	0.0195	-0.1004	0.0288	0.0393	0.3731	0.0803	-0.0369	0.018	-0.047	-0.0063	-0.0308	-0.1092	0.1027	0.0455	0.1232	-0.0058	-0.0073	0.1227	0.0302	0.2746	19.6609	66.5899	65.9129
5	0.0054	-0.0224	0.0046	0.0645	-0.0119	0.1504	0.036	0.093	-0.0171	0.0338	0.07	0.1495	0.1437	0.0172	0.2552	-0.1477	-0.0927	0.0968	0.1213	0.1142	0.2082	21.1689	51.1468	65.6102
6	0.0764	-0.0298	0.034	0.0359	0.0316	0.1041	0.0496	-0.053	-0.0142	0.1027	-0.0151	0.0762	-0.005	-0.1593	-0.0737	0.3186	-0.028	0.1205	0.1082	0.0795	0.0876	15.5799	58.6565	87.1691
7	0.0565	0.0041	0.0687	0.2029	0.1574	0.2195	0.0863	-0.009	-0.0444	0.1074	0.039	-0.1304	-0.0082	0.1577	0.0331	0.1367	-0.0259	0.0464	0.2553	-0.0525	0.3004	27.0187	71.1393	77.2138

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 75 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 76 through 168 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 169 through 245 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 246 through 299 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 300 through 445 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 446 through 506 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 507 through 562 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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