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- PDB-9nns: Flavin-dependent N5-ornithine monooxygenase EtcB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9nns
タイトルFlavin-dependent N5-ornithine monooxygenase EtcB
要素L-lysine N6-monooxygenase MbtG
キーワードFLAVOPROTEIN / FAD-dependent / erythrochelin / monooxygenase
機能・相同性L-lysine N6-monooxygenase (NADPH) / L-lysine 6-monooxygenase (NADPH) activity / L-lysine 6-monooxygenase/L-ornithine 5-monooxygenase / L-lysine 6-monooxygenase/L-ornithine 5-monooxygenase / biosynthetic process / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / L-lysine N6-monooxygenase MbtG
機能・相同性情報
生物種Saccharopolyspora erythraea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Li, Y. / Liu, X. / Smith, J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)GM138396 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)DK042303 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Redefining the role of the EryM acetyltransferase in natural product biosynthetic pathways.
著者: Li, Y. / Liu, X. / Harris, N.R. / Roberts, J.R. / Valdivia, E.M. / Ji, X. / Smith, J.L.
履歴
登録2025年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22025年8月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: L-lysine N6-monooxygenase MbtG
B: L-lysine N6-monooxygenase MbtG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,7884
ポリマ－101,9332
非ポリマー8542
水19811
1
A: L-lysine N6-monooxygenase MbtG
B: L-lysine N6-monooxygenase MbtG
ヘテロ分子

A: L-lysine N6-monooxygenase MbtG
B: L-lysine N6-monooxygenase MbtG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,5758
ポリマ－203,8664
非ポリマー1,7094
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area12890 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area74110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.725, 83.306, 150.204
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Space group name HallP22ab(y,z,x)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y,-z+1/2
#3: -x,y,-z
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 7 through 60 or (resid 61...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 7 through 176 or resid 178...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11SERSERGLYGLYAA7 - 18426 - 203
d_12HISHISLEULEUAA189 - 193208 - 212
d_13ARGARGGLYGLYAA207 - 226226 - 245
d_14ALAALAALAALAAA231250
d_15SERSERSERSERAA234253
d_16ASPASPILEILEAA247 - 254266 - 273
d_17VALVALASNASNAA286 - 313305 - 332
d_18LEULEUGLUGLUAA318 - 319337 - 338
d_19ARGARGGLUGLUAA328 - 332347 - 351
d_110LEULEULEULEUAA342361
d_111VALVALTHRTHRAA347 - 432366 - 451
d_112ADPADPADPADPAC501
d_21SERSERASNASNBB7 - 17626 - 195
d_22PROPROGLYGLYBB178 - 226197 - 245
d_23ALAALAALAALABB235254
d_24SERSERSERSERBB238257
d_25ASPASPASNASNBB247 - 313266 - 332
d_26LEULEUGLUGLUBB318 - 332337 - 351
d_27LEULEULEULEUBB334353
d_28VALVALILEILEBB347 - 407366 - 426
d_29LEULEUTHRTHRBB411 - 432430 - 451
d_210ADPADPADPADPBD501

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.82914827377, -0.0380377190609, 0.557733154862), (0.0353783005046, -0.999252932473, -0.0155548319985), (0.557908160863, 0.0068343890538, 0.829874553875)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.82914827377, -0.0380377190609, 0.557733154862), (0.0353783005046, -0.999252932473, -0.0155548319985), (0.557908160863, 0.0068343890538, 0.829874553875)
ベクター: 27.5403595165, 46.2354554381, -8.4274373526)

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要素

#1: タンパク質 L-lysine N6-monooxygenase MbtG / Lysine 6-N-hydroxylase / Lysine N6-hydroxylase / Lysine-N-oxygenase / Mycobactin synthase protein G


分子量: 50966.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharopolyspora erythraea (バクテリア)
遺伝子: SACE_3033 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4FE36, L-lysine N6-monooxygenase (NADPH)
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.76 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→41.65 Å / Num. obs: 27141 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 15.4 % / Biso Wilson estimate: 86.4 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.982 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2640 / CC1/2: 0.736

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→41.65 Å / SU ML: 0.4969 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.6804
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 808 4.07 %
Rwork0.2531 19057 -
obs0.2571 19865 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 104.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→41.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5526 0 54 11 5591
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00865678
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.28717714
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0616874
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091014
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.40031997
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 2.67126617402 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.190.40451300.29483120X-RAY DIFFRACTION99.88
3.19-3.430.34391370.27113129X-RAY DIFFRACTION100
3.43-3.780.35391280.27593149X-RAY DIFFRACTION99.76
3.78-4.330.3751340.23973132X-RAY DIFFRACTION99.57
4.33-5.450.34161380.24553201X-RAY DIFFRACTION99.94
5.45-41.650.33811410.24783326X-RAY DIFFRACTION99.28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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