PDB-9nno: Crystal structure of CYP46A1 with N-[6-(1,3-oxazol-5-yl)-4-(trifl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9nno

タイトル

Crystal structure of CYP46A1 with N-[6-(1,3-oxazol-5-yl)-4-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]cyclopropanecarboxamide (compound 4l)

要素

Cholesterol 24-hydroxylase

キーワード

HYDROLASE/INHIBITOR / Inhibitor / Complex / CH24H / HYDROLASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cholesterol 24-hydroxylase / cholesterol 24-hydroxylase activity / protein localization to membrane raft / testosterone 16-beta-hydroxylase activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / bile acid biosynthetic process / progesterone metabolic process / testosterone 6-beta-hydroxylase activity / sterol metabolic process / steroid hydroxylase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Yano, J. / Skene, R.J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Design and identification of brain-penetrant, potent, and selective 1,3-oxazole-based cholesterol 24-hydroxylase (CH24H) inhibitors.
著者: Ito, Y. / Kimura, E. / Nomura, I. / Watanabe, E. / Yano, J. / Skene, R. / Miyamoto, M. / Ishii, T. / Nishi, T. / Koike, T.

履歴

登録	2025年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9nno.cif.gz	200.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9nno.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9nno.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9nno_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9nno_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9nno_validation.xml.gz	23.9 KB	表示
CIF形式データ	9nno_validation.cif.gz	32.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/9nno ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/9nno	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9nnjC 9nnmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cholesterol 24-hydroxylase

ヘテロ分子

55.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.294, 63.511, 123.595
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cholesterol 24-hydroxylase / CH24H / Cholesterol 24-monooxygenase / Cholesterol 24S-hydroxylase / Cytochrome P450 46A1 分子量: 54434.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP46A1, CYP46 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y6A2, cholesterol 24-hydroxylase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-A1BY9 / N-[6-(1,3-oxazol-5-yl)-4-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]cyclopropanecarboxamide 分子量: 297.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₀F₃N₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 18.5% PEG3350, 0.4 M calcium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.976 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.976 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 43035 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.098 / Χ²: 1.005 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 283935

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.8-1.83	6.1	0.946	2105	0.946	1	98.5
1.83-1.86	6.4	0.834	2113	0.987	1	99.2
1.86-1.9	6.5	0.722	2081	1.004	1	99.6
1.9-1.94	6.5	0.571	2126	0.998	1	99
1.94-1.98	6.6	0.508	2124	1.037	1	99.5
1.98-2.03	6.6	0.421	2098	1.039	1	99.5
2.03-2.08	6.6	0.335	2120	1.03	1	99.2
2.08-2.13	6.6	0.302	2132	1.024	1	99.5
2.13-2.2	6.7	0.238	2124	0.997	1	99.5
2.2-2.27	6.6	0.213	2142	1.015	1	99.6
2.27-2.35	6.7	0.184	2146	1.018	1	99.9
2.35-2.44	6.7	0.146	2135	0.995	1	99.6
2.44-2.55	6.7	0.135	2149	0.998	1	99.9
2.55-2.69	6.8	0.12	2157	1.003	1	99.9
2.69-2.86	6.9	0.099	2150	1.017	1	99.9
2.86-3.08	6.8	0.088	2181	1.008	1	100
3.08-3.39	6.7	0.072	2174	0.991	1	100
3.39-3.88	6.6	0.058	2196	1.01	1	100
3.88-4.88	6.5	0.039	2231	0.983	1	99.8
4.88-50	6.4	0.034	2351	0.999	1	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→35.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 5.857 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21475	2135	5 %	RANDOM
R_work	0.18932	-	-	-
obs	0.19061	40844	99.36 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.108 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.06 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.8→35.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3491	0	72	273	3836

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	3674
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.049	1.689	4983
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.446	5	444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.19	5	35
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.066	10	651
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	539
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2779
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.991	1.655	1749
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.753	2.961	2184
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.362	1.852	1925
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.005	19.73	5703
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.801→1.848 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.308	139	-
R_work	0.272	2881	-
obs	-	-	95.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 13.8251 Å / Origin y: -4.7419 Å / Origin z: -18.7258 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0131 Å²	0.0052 Å²	0.0022 Å²	-	0.0129 Å²	0.0027 Å²	-	-	0.0269 Å²
L	0.4812 °²	0.0249 °²	-0.092 °²	-	1.7438 °²	-0.062 °²	-	-	0.9098 °²
S	0.0185 Å °	0.0642 Å °	0.0072 Å °	-0.1316 Å °	-0.015 Å °	-0.0179 Å °	-0.0366 Å °	-0.0021 Å °	-0.0035 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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