PDB-9nnm: Crystal structure of CYP46A1 with 3-chloro-N-[(3M)-3-(1,3-oxazol-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9nnm

タイトル

Crystal structure of CYP46A1 with 3-chloro-N-[(3M)-3-(1,3-oxazol-5-yl)-5-(trifluoromethyl)phenyl]benzamide (compound 3f)

要素

Cholesterol 24-hydroxylase

キーワード

HYDROLASE/INHIBITOR / Inhibitor / Complex / CH24H / HYDROLASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cholesterol 24-hydroxylase / cholesterol 24-hydroxylase activity / protein localization to membrane raft / testosterone 16-beta-hydroxylase activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / bile acid biosynthetic process / progesterone metabolic process / testosterone 6-beta-hydroxylase activity / sterol metabolic process / steroid hydroxylase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Yano, J. / Skene, R.J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Design and identification of brain-penetrant, potent, and selective 1,3-oxazole-based cholesterol 24-hydroxylase (CH24H) inhibitors.
著者: Ito, Y. / Kimura, E. / Nomura, I. / Watanabe, E. / Yano, J. / Skene, R. / Miyamoto, M. / Ishii, T. / Nishi, T. / Koike, T.

履歴

登録	2025年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9nnm.cif.gz	202.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9nnm.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9nnm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/9nnm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/9nnm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9nnjC 9nnoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cholesterol 24-hydroxylase

ヘテロ分子

55.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.729, 63.853, 124.763
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cholesterol 24-hydroxylase / CH24H / Cholesterol 24-monooxygenase / Cholesterol 24S-hydroxylase / Cytochrome P450 46A1 分子量: 54434.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP46A1, CYP46 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y6A2, cholesterol 24-hydroxylase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-A1BZA / 3-chloro-N-[(3M)-3-(1,3-oxazol-5-yl)-5-(trifluoromethyl)phenyl]benzamide 分子量: 366.722 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₀ClF₃N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 18.5% PEG3350, 0.4 M calcium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.976 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.976 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 52144 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Χ²: 1.004 / Net I/σ(I): 6.6 / Num. measured all: 257449

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.7-1.73	4.6	0.856	2585	0.974	1	100
1.73-1.76	4.9	0.866	2529	1.001	1	100
1.76-1.79	5	0.752	2580	0.997	1	100
1.79-1.83	5	0.652	2583	1.035	1	100
1.83-1.87	5	0.57	2586	1.025	1	100
1.87-1.91	5	0.487	2540	1.022	1	100
1.91-1.96	5	0.399	2588	1.02	1	100
1.96-2.02	5	0.31	2592	0.972	1	100
2.02-2.07	5	0.25	2567	1.003	1	100
2.07-2.14	5	0.214	2572	0.977	1	100
2.14-2.22	5	0.183	2615	1.019	1	100
2.22-2.31	5	0.163	2569	0.989	1	100
2.31-2.41	5	0.13	2619	0.968	1	100
2.41-2.54	5	0.116	2605	0.986	1	100
2.54-2.7	5	0.111	2607	0.984	1	100
2.7-2.91	4.9	0.105	2614	1.046	1	100
2.91-3.2	4.9	0.09	2638	1.078	1	100
3.2-3.66	4.8	0.065	2637	1.017	1	100
3.66-4.61	4.8	0.042	2689	0.965	1	100
4.61-50	4.7	0.04	2829	1	1	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→35.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 4.929 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21671	2566	4.9 %	RANDOM
R_work	0.19109	-	-	-
obs	0.19238	49472	99.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.961 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.27 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.7→35.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3488	0	68	415	3971

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.012	3668
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.012	1.69	4977
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.422	5	443
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.382	5	35
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.279	10	656
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	537
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2778
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.801	1.439	1742
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.429	2.572	2174
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.069	1.607	1926
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.382	17.64	5815
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.702→1.747 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.31	187	-
R_work	0.293	3486	-
obs	-	-	96.43 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 13.941 Å / Origin y: -4.8599 Å / Origin z: -18.8087 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0205 Å²	0.0031 Å²	0.0092 Å²	-	0.0085 Å²	-0.0008 Å²	-	-	0.0061 Å²
L	0.4435 °²	0.0548 °²	-0.0372 °²	-	1.568 °²	-0.1169 °²	-	-	0.7086 °²
S	0.0077 Å °	0.0597 Å °	-0.0158 Å °	-0.1579 Å °	-0.0072 Å °	-0.0609 Å °	-0.015 Å °	0.0052 Å °	-0.0005 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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