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- PDB-9nn9: ISG15 complexed with nanobody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9nn9
タイトルISG15 complexed with nanobody
要素
  • Nanobody
  • Ubiquitin-like protein ISG15
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ubiquitin-like
機能・相同性
機能・相同性情報


ISG15-protein conjugation / positive regulation of protein oligomerization / regulation of type II interferon production / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / protein localization to mitochondrion / response to type I interferon / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of viral genome replication / RSV-host interactions ...ISG15-protein conjugation / positive regulation of protein oligomerization / regulation of type II interferon production / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / protein localization to mitochondrion / response to type I interferon / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of viral genome replication / RSV-host interactions / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of bone mineralization / negative regulation of protein ubiquitination / positive regulation of interferon-beta production / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / positive regulation of erythrocyte differentiation / Termination of translesion DNA synthesis / integrin-mediated signaling pathway / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / modification-dependent protein catabolic process / ISG15 antiviral mechanism / protein tag activity / PKR-mediated signaling / response to virus / Interferon alpha/beta signaling / integrin binding / positive regulation of type II interferon production / defense response to virus / defense response to bacterium / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-like protein ISG15
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Dabhade, P. / Schwartz, T.U.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM141834 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Identification and characterization of nanobodies specific for the human ubiquitin-like ISG15 protein.
著者: Gan, J. / Dabhade, P. / Wijne, C. / McKibben, W. / Draganov, S.D. / Alrawili, H. / Sun, Z.J. / Houghton, J.W. / Tate, E.W. / Le Gall, C. / Suresh, P. / Pishesha, N. / Pinto-Fernandez, A. / ...著者: Gan, J. / Dabhade, P. / Wijne, C. / McKibben, W. / Draganov, S.D. / Alrawili, H. / Sun, Z.J. / Houghton, J.W. / Tate, E.W. / Le Gall, C. / Suresh, P. / Pishesha, N. / Pinto-Fernandez, A. / Schwartz, T.U. / Ploegh, H.L.
履歴
登録2025年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-like protein ISG15
B: Nanobody
C: Ubiquitin-like protein ISG15
D: Nanobody
E: Ubiquitin-like protein ISG15
F: Nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,68810
ポリマ－103,4066
非ポリマー2824
水2,846158
1
A: Ubiquitin-like protein ISG15
B: Nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6274
ポリマ－34,4692
非ポリマー1582
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Ubiquitin-like protein ISG15
D: Nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5313
ポリマ－34,4692
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Ubiquitin-like protein ISG15
F: Nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5313
ポリマ－34,4692
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.460, 114.470, 79.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.86, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-like protein ISG15 / Interferon-induced 15 kDa protein / Interferon-induced 17 kDa protein / IP17 / Ubiquitin cross- ...Interferon-induced 15 kDa protein / Interferon-induced 17 kDa protein / IP17 / Ubiquitin cross-reactive protein / hUCRP


分子量: 18150.676 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 1-157 / 変異: C78S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ISG15, G1P2, UCRP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05161
#2: 抗体 Nanobody


分子量: 16317.908 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.44 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25 % PEG 3350, 0.1 M trisodium citrate pH 5.6, 0.2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.979338 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979338 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→99 Å / Num. obs: 36396 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1343 / Rpim(I) all: 0.085 / Rrim(I) all: 0.1593 / Net I/σ(I): 6.91
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.8263 / Mean I/σ(I) obs: 1.26 / Num. unique obs: 2168 / CC1/2: 0.344 / CC star: 0.716 / Rpim(I) all: 0.5274 / Rrim(I) all: 0.9829 / % possible all: 95.69

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XSCALEVERSION Jun 30, 2024 BUILT=20241002データスケーリング
XDSVERSION Jun 30, 2024 BUILT=20241002データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.59→76.27 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2443 2272 6.24 %
Rwork0.188 --
obs0.1915 36382 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→76.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6330 0 17 158 6505
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096474
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0398772
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.7532349
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055988
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081120
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.59-2.650.32421380.28612062X-RAY DIFFRACTION96
2.65-2.710.33951410.28242121X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.780.33991410.26012132X-RAY DIFFRACTION100
2.78-2.850.31751440.24222146X-RAY DIFFRACTION100
2.85-2.940.31131420.23012135X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.030.29361440.22732131X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.140.251410.212117X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.260.28241430.20262159X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.410.29181410.19762118X-RAY DIFFRACTION100
3.41-3.590.26981440.19352151X-RAY DIFFRACTION100
3.59-3.820.23971410.17622126X-RAY DIFFRACTION99
3.82-4.110.21881390.15872106X-RAY DIFFRACTION99
4.11-4.530.20611410.14882139X-RAY DIFFRACTION99
4.53-5.180.18991430.14792138X-RAY DIFFRACTION99
5.18-6.530.20861440.18152150X-RAY DIFFRACTION100
6.53-76.270.22351450.18482179X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3134-0.08670.1636.1655-1.94881.76650.12820.1053-0.0812-0.2843-0.10770.23630.16020.0285-0.00970.27890.0138-0.00480.3613-0.05110.27425.4327-53.252829.163
22.3771.01210.74224.1390.01051.4147-0.0244-0.00280.17330.1065-0.1157-0.04990.0309-0.04160.13070.3093-0.01230.0050.3295-0.02060.345415.5359-24.985637.9167
34.10462.0636-1.83752.6157-1.15251.74310.0729-0.35240.11810.1746-0.2214-0.1239-0.23180.26680.17180.532-0.0171-0.0670.42260.00010.323130.4319.99771.4572
42.3998-0.20630.22882.29361.7582.7402-0.0535-0.2037-0.21930.1883-0.01920.17930.038-0.06830.04940.5512-0.04670.09890.4170.02120.411416.2259-17.149462.4527
53.04531.37291.77252.79462.00183.1546-0.0834-0.0273-0.1369-0.03380.0516-0.2672-0.10960.13510.00130.32610.00070.04630.31650.07460.31615.3101-54.260156.9551
65.36590.39551.08782.7049-0.32612.3756-0.0091-0.46420.25620.043-0.06410.3596-0.0184-0.13750.10680.26270.00040.0040.3501-0.06970.3808-25.5893-56.670452.7863
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C'
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D'
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E'
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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