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Yorodumi- PDB-9nm5: Crystal structure of human glutamine synthetase in complex with A... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9nm5 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of human glutamine synthetase in complex with ADP and phosphinothricin phosphate | ||||||
Components | (Glutamine synthetase) x 2 | ||||||
Keywords | LIGASE / glutamine synthetase / glufosinate / ADP | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationintracellular ammonium homeostasis / protein palmitoylation / protein S-acyltransferase / Astrocytic Glutamate-Glutamine Uptake And Metabolism / protein-cysteine S-palmitoyltransferase activity / regulation of protein localization to nucleolus / regulation of sprouting angiogenesis / regulation of endothelial cell migration / glutamine synthetase / : ...intracellular ammonium homeostasis / protein palmitoylation / protein S-acyltransferase / Astrocytic Glutamate-Glutamine Uptake And Metabolism / protein-cysteine S-palmitoyltransferase activity / regulation of protein localization to nucleolus / regulation of sprouting angiogenesis / regulation of endothelial cell migration / glutamine synthetase / : / glutamine synthetase activity / Glutamate and glutamine metabolism / L-glutamate catabolic process / glial cell projection / response to glucose / positive regulation of erythrocyte differentiation / cellular response to starvation / ribosome biogenesis / cell body / angiogenesis / cell population proliferation / mitochondrion / extracellular exosome / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Lovell, S. / Battaile, K.P. / Jeitner, T.M. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: To be publishedTitle: Crystal structure of human glutamine synthetase in complex with ADP and phosphinothricin phosphate Authors: Lovell, S. / Battaile, K.P. / Jeitner, T.M. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9nm5.cif.gz | 1.5 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9nm5.ent.gz | 1.2 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9nm5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/9nm5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/9nm5 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 10 molecules ABCHIDEFGJ
| #1: Protein | Mass: 42134.402 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: GLUL, GLNS / Plasmid: pET21a+ / Production host: ![]() References: UniProt: P15104, glutamine synthetase, protein S-acyltransferase #2: Protein | Mass: 42118.402 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: GLUL, GLNS / Plasmid: pET21a+ / Production host: ![]() References: UniProt: P15104, glutamine synthetase, protein S-acyltransferase |
|---|
-Non-polymers , 6 types, 3641 molecules 










| #3: Chemical | ChemComp-ADP / #4: Chemical | ChemComp-MN / #5: Chemical | ChemComp-P3P / ( #6: Chemical | ChemComp-MPD / ( #7: Chemical | ChemComp-CL / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.68 Å3/Da / Density % sol: 54.07 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.5 Details: 35% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 100 mM sodium acetate/acetic acid pH 4.5 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 17-ID / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 14, 2016 |
| Radiation | Monochromator: Double Crystal Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.85→47.18 Å / Num. obs: 374524 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 3.3 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.134 / Χ2: 0.83 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 1236134 |
| Reflection shell | Resolution: 1.85→1.88 Å / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.584 / Num. measured all: 61119 / Num. unique obs: 18657 / CC1/2: 0.771 / Rpim(I) all: 0.378 / Rrim(I) all: 0.698 / Χ2: 0.64 / Net I/σ(I) obs: 1.8 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85→37.54 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 14.83 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→37.54 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
|
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
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PDBj

