PDB-9nm3: Crystal structure of FBF-1 RBD+CT complexed with compact FBE RNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9nm3

タイトル

Crystal structure of FBF-1 RBD+CT complexed with compact FBE RNA

要素

Fem-3 mRNA-binding factor 1
RNA (5'-R(*CP*UP*GP*UP*GP*AP*AP*UP*G)-3')

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / FBF-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

germline cell cycle switching, mitotic to meiotic cell cycle / oocyte growth / sex differentiation / olfactory learning / germ cell nucleus / post-transcriptional regulation of gene expression / mRNA 3'-UTR binding / negative regulation of translation / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Qiu, C. / Hall, T.M.T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Rna / 年: 2025
タイトル: C. elegans FBF-1 and FBF-2 C-terminal intrinsically-disordered regions differentially regulate RNA-binding affinity.
著者: Hawthorne, H.R. / Qiu, C. / Hall, T.M.T.

履歴

登録	2025年3月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9nm3.cif.gz	222.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9nm3.ent.gz	146.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9nm3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9nm3_validation.pdf.gz	448.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9nm3_full_validation.pdf.gz	450.5 KB	表示
XML形式データ	9nm3_validation.xml.gz	18.5 KB	表示
CIF形式データ	9nm3_validation.cif.gz	23.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/9nm3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/9nm3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fem-3 mRNA-binding factor 1

B: RNA (5'-R(*CP*UP*GP*UP*GP*AP*AP*UP*G)-3')

54.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.832, 43.600, 253.278
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁
Space group name Hall	P22ab(y,z,x)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y,-z+1/2 #3: -x,y,-z #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Fem-3 mRNA-binding factor 1 分子量: 51814.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: fbf-1, H12I13.4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9N5M6
#2: RNA鎖	RNA (5'-R(CPUPGPUPGPAPAPUPG)-3') 分子量: 2872.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Caenorhabditis elegans* (センチュウ)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 8000, 0.2 M NaCl, 0.1 M CAPS, pH 10.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.64→50 Å / Num. obs: 13803 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 50.26 Å² / CC_1/2: 0.956 / R_merge(I) obs: 0.203 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 2.64→2.69 Å / R_merge(I) obs: 1.323 / Num. unique obs: 607 / CC_1/2: 0.602

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21_5207	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.65→42.23 Å / SU ML: 0.3242 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.3629
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2641	1373	10.02 %
R_work	0.2132	12336	-
obs	0.2184	13709	93.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→42.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3192	190	0	46	3428

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0022	3453
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4382	4690
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0309	544
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	565
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.8458	1346

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.65-2.74	0.3417	122	0.2829	1082	X-RAY DIFFRACTION	83.55
2.74-2.85	0.3659	135	0.2743	1137	X-RAY DIFFRACTION	88.83
2.85-2.98	0.3581	122	0.2698	1143	X-RAY DIFFRACTION	90.04
2.98-3.14	0.3148	124	0.2627	1158	X-RAY DIFFRACTION	87.87
3.14-3.33	0.3229	138	0.2437	1219	X-RAY DIFFRACTION	93.52
3.33-3.59	0.2894	144	0.2232	1275	X-RAY DIFFRACTION	97.19
3.59-3.95	0.2497	140	0.1994	1279	X-RAY DIFFRACTION	98.2
3.95-4.52	0.2485	143	0.1808	1302	X-RAY DIFFRACTION	98.84
4.52-5.7	0.227	152	0.2003	1344	X-RAY DIFFRACTION	99.27
5.7-42.23	0.2176	153	0.1907	1397	X-RAY DIFFRACTION	95.92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.726073092283	0.129456792261	-0.852710158951	0.77996106994	-1.44928453542	5.84710410575	0.108603379094	0.031185986074	-0.0694663884695	-0.143060346185	-0.0362654478411	-0.0235635567832	0.348525023214	0.226801761531	-0.074335711881	0.264313715132	0.0149764517212	-0.025613006971	0.262154282682	-0.0120329849349	0.405765721707	22.5918753908	-9.63792248703	-62.7190161908
2	1.17037537098	-1.53444193217	-1.60048325229	4.31774531569	3.47013369184	5.31154660116	-0.0924500184747	-0.404344003109	-0.19528116894	0.628027481599	-0.0259176236991	0.341916395404	0.418203201141	0.149282895043	0.115345969862	0.352024681824	-0.0276098274743	0.0206739150734	0.406412085297	0.03891102766	0.336204271557	12.1987560826	-13.8900865284	-26.2770474515
3	8.27027227636	-0.55127152122	-0.531632203234	5.33940558608	2.48090969494	5.97278463222	0.382473265898	-0.537806241883	0.264222943937	-0.034682651599	0.230083109499	-0.0628398145821	-0.87424997182	-1.00629910622	-0.476011366689	0.534826273846	0.129445021177	0.224624868169	0.714958075197	0.0415991388993	0.386027622783	0.253572528181	1.55195535025	-11.0952877217
4	3.28663649102	0.292580184248	1.58900441612	1.99087934226	-0.749479590358	1.17382493123	0.57014515514	-0.591476543111	0.296233728741	0.215501857867	0.499887733498	0.476307964758	-1.31595992731	-0.254679809001	-0.924338061387	0.790591052452	0.0387340497844	0.112544175623	0.399398313098	0.0450242116328	0.577136883824	12.9892646466	3.74455520357	-37.5743248016

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 164 through 346 )	A	A	164 - 346	1 - 183
2	2	chain 'A' and (resid 347 through 475 )	A	A	347 - 475	184 - 312
3	3	chain 'A' and (resid 476 through 611 )	A	A	476 - 611	313 - 399
4	4	chain 'B' and (resid 1 through 9 )	B	B	1 - 9

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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