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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9nm2
タイトルDimeric Structure of full-length CrgA, a Cell Division Protein from Mycobacterium tuberculosis, in Lipid Bilayers
要素Cell division protein CrgA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Cell division proteins / Transmembrane proteins
機能・相同性Cell division protein CrgA / Cell division protein CrgA / regulation of cell shape / cell division / plasma membrane / Cell division protein CrgA
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法個体NMR / molecular dynamics
データ登録者Shin, Y. / Prasad, R. / Das, N. / Taylor, J.A. / Qin, H. / Hu, W. / Hu, Y.-Y. / Fu, R. / Zhang, R. / Zhou, H.-X. / Cross, T.A.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Office of the DirectorAI119178 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorGM122698 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorGM148766 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorGM118091 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR1644779 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR2128556 米国
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Mycobacterium tuberculosis CrgA Forms a Dimeric Structure with Its Transmembrane Domain Sandwiched between Cytoplasmic and Periplasmic beta-Sheets, Enabling Multiple Interactions with ...タイトル: Mycobacterium tuberculosis CrgA Forms a Dimeric Structure with Its Transmembrane Domain Sandwiched between Cytoplasmic and Periplasmic beta-Sheets, Enabling Multiple Interactions with Other Divisome Proteins.
著者: Shin, Y. / Prasad, R. / Das, N. / Taylor, J.A. / Qin, H. / Hu, W. / Hu, Y.Y. / Fu, R. / Zhang, R. / Zhou, H.X. / Cross, T.A.
#1: ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2015
タイトル: Structure of CrgA, a cell division structural and regulatory protein from Mycobacterium tuberculosis, in lipid bilayers.
著者: Das, N. / Dai, J. / Hung, I. / Rajagopalan, M.R. / Zhou, H.X. / Cross, T.A.
履歴
登録2025年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division protein CrgA
B: Cell division protein CrgA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2842
ポリマ－23,2842
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 13structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Cell division protein CrgA


分子量: 11641.963 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: crgA, Rv0011c, MTCY10H4.11c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WP57
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic12D 1H-15N PISEMA
122anisotropic12D 1H-15N PISEMA
233isotropic22D 13C-13C DARR

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
oriented membrane film1200 mg/L [U-15N]-Ala CrgA-Ala, 200 mg/L [U-15N]-Val CrgA-Val, 200 mg/L [U-15N]-Leu, [U-15N]-Thr CrgA-Leu,Thr, 200 mg/L [U-15N]-Met CrgA-Met, 200 mg/L [U-15N]-Phe CrgA-Phe, 200 mg/L [U-15N]-Trp CrgA-Trp, 200 mg/L [U-15N]-Gly CrgA-Gly, 200 mg/L [U-15N]-Ile CrgA-Ile, 200 mg/L [U-15N]-Tyr CrgA-Tyr, Aqueous solutionCrgA incorporated into POPC/POPG (4/1) at a protein (monomer) to lipid ratio of 1/80.15N_samplesAqueous solution
liposome3200 mg/L [U-13C]-Met,[U-13C]-Ala CrgA-Met,Ala, 200 mg/L [U-13C]-Leu,[U-13C]-Tyr CrgA-Leu,Tyr, 200 mg/L [U-13C]-Phe CrgA-Phe, 200 mg/L [U-13C]-Met CrgA-Met, 200 mg/L [U-13C]-Val CrgA-Val, 200 mg/L [U-13C]-Lys CrgA-Lys, Aqueous solutionCrgA incorporated into POPC/POPG (4/1) at a protein (monomer) to lipid ratio of 1/40.13C_samplesAqueous solution
oriented membrane film21 g/L [U-15N]-NH4Cl CrgA-Arg, 1 g/L [U-15N]-NH4Cl CrgA-Asn,Lys,Ser, Aqueous solutionCrgA incorporated into POPC/POPG (4/1) at a protein (monomer) to lipid ratio of 1/80.15N_reverse_samplesAqueous solution
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
200 mg/LCrgA-Ala[U-15N]-Ala1
200 mg/LCrgA-Val[U-15N]-Val1
200 mg/LCrgA-Leu,Thr[U-15N]-Leu, [U-15N]-Thr1
200 mg/LCrgA-Met[U-15N]-Met1
200 mg/LCrgA-Phe[U-15N]-Phe1
200 mg/LCrgA-Trp[U-15N]-Trp1
200 mg/LCrgA-Gly[U-15N]-Gly1
200 mg/LCrgA-Ile[U-15N]-Ile1
200 mg/LCrgA-Tyr[U-15N]-Tyr1
200 mg/LCrgA-Met,Ala[U-13C]-Met,[U-13C]-Ala3
200 mg/LCrgA-Leu,Tyr[U-13C]-Leu,[U-13C]-Tyr3
200 mg/LCrgA-Phe[U-13C]-Phe3
200 mg/LCrgA-Met[U-13C]-Met3
200 mg/LCrgA-Val[U-13C]-Val3
200 mg/LCrgA-Lys[U-13C]-Lys3
1 g/LCrgA-Arg[U-15N]-NH4Cl2
1 g/LCrgA-Asn,Lys,Ser[U-15N]-NH4Cl2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
15 mMConditions_181 atm289 K
25 mMConditions_281 atm265 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NAMD2.13Phillips, Braun, Wang, Gumbart, Tajkhorshid, Villa, Chipot, Skeel, Kale and Schulten精密化
X-PLOR NIH3.4Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
TopSpinBruker Biospinchemical shift assignment
TopSpinBruker Biospinpeak picking
TopSpinBruker Biospinデータ解析
TopSpinBruker Biospin解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The authors state that the N-Ca-C bond angle of Thr20 in chain B is 160 deg, much higher than the ideal 110 deg due to strain at this type-VI turn.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 13 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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