[日本語] English
万見
- PDB-9nlt: Crystal Structure of Flpp3-minibinder687 Complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9nlt
タイトルCrystal Structure of Flpp3-minibinder687 Complex
要素
  • DUF3568 family protein
  • minibinder687
キーワードAPOPTOSIS / De novo design / deep learning / Plpp3 / minibinder / Francisella-like lipoprotein
機能・相同性Lipoprotein Flpp3-like / Protein of unknown function (DUF3568) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / IODIDE ION / DUF3568 family protein
機能・相同性情報
生物種Francisella tularensis (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Bera, A.K. / Gokce, G. / Kang, A. / Bhardwaj, G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Defense Advanced Research Projects Agency (DARPA)HR0011 21 2 0012 米国
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: De Novo Design of High-Affinity Miniprotein Binders Targeting Francisella Tularensis Virulence Factor.
著者: Gokce-Alpkilic, G. / Huang, B. / Liu, A. / Kreuk, L.S.M. / Wang, Y. / Adebomi, V. / Bueso, Y.F. / Bera, A.K. / Kang, A. / Gerben, S.R. / Rettie, S. / Vafeados, D.K. / Roullier, N. / ...著者: Gokce-Alpkilic, G. / Huang, B. / Liu, A. / Kreuk, L.S.M. / Wang, Y. / Adebomi, V. / Bueso, Y.F. / Bera, A.K. / Kang, A. / Gerben, S.R. / Rettie, S. / Vafeados, D.K. / Roullier, N. / Goreshnik, I. / Li, X. / Baker, D. / Woodward, J.J. / Mougous, J.D. / Bhardwaj, G.
履歴
登録2025年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年11月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: DUF3568 family protein
A: minibinder687
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9984
ポリマ－18,7452
非ポリマー2542
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area8200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.166, 42.891, 54.051
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.275, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 DUF3568 family protein


分子量: 12369.481 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis (バクテリア)
遺伝子: DR87_234 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0AAP6R832
#2: タンパク質 minibinder687


分子量: 6375.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION


分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis Tris Propane pH 6.5, 0.2 M Sodium iodide, 20 % w/v PEG 3350 and 10 % v/v Ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年2月26日
詳細: Horizontal pre-focus bimorph mirror & KB bimorph mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→35.95 Å / Num. obs: 6471 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 25.47 Å2 / CC1/2: 0.977 / Rmerge(I) obs: 0.327 / Rpim(I) all: 0.212 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 2.37→2.5 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.475 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 969 / CC1/2: 0.636 / Rpim(I) all: 0.663 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.37→35.95 Å / SU ML: 0.3408 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.7345
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2688 647 10.02 %
Rwork0.2218 5811 -
obs0.2264 6458 94.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→35.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1266 0 2 11 1279
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00221282
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.44741725
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0399188
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033227
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6223490
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.37-2.560.38251340.3331199X-RAY DIFFRACTION99.55
2.56-2.810.32981220.27111098X-RAY DIFFRACTION90.04
2.81-3.220.28951340.23021209X-RAY DIFFRACTION99.85
3.22-4.050.22551180.18571054X-RAY DIFFRACTION85.55
4.06-35.950.22461390.18541251X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.79594471967 Å / Origin y: 4.03891414613 Å / Origin z: 16.5260690266 Å
111213212223313233
T0.297976783722 Å2-0.00726159089002 Å2-0.132143737834 Å2-0.210175308666 Å2-0.0138021293715 Å2--0.41536980284 Å2
L3.76252813116 °20.0123434545911 °2-0.429450902549 °2-3.54023782813 °20.122847627042 °2--1.09087528769 °2
S0.162820258995 Å °0.518892612729 Å °-0.442868437484 Å °-0.651360002985 Å °-0.00566763373161 Å °0.438146249271 Å °0.156179668707 Å °-0.143623514033 Å °-0.115850420887 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る