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- PDB-9nls: E. coli initiation complex with EQ2-YbiT in Intermediate/PtIM(b) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9nls
タイトルE. coli initiation complex with EQ2-YbiT in Intermediate/PtIM(b) conformation
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 9
  • (50S ribosomal protein ...) x 11
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 19
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 11
  • 16S ribosomal RNA
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • Probable ATP-binding protein YbiT
  • mRNA
  • tRNA
キーワードRIBOSOME / ABCF / initiation-complex / ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cytoplasmic translational initiation / transcriptional attenuation / positive regulation of ribosome biogenesis / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / negative regulation of cytoplasmic translation / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation ...negative regulation of cytoplasmic translational initiation / transcriptional attenuation / positive regulation of ribosome biogenesis / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / negative regulation of cytoplasmic translation / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / assembly of large subunit precursor of preribosome / ribosome assembly / cytosolic ribosome assembly / translational initiation / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / response to radiation / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / regulation of translation / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / ABC-transporter extension domain / ABC transporter / Ribosomal protein L1, bacterial-type / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. ...: / ABC-transporter extension domain / ABC transporter / Ribosomal protein L1, bacterial-type / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein S21 / : / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / : / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / N-FORMYLMETHIONINE / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) ...ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / N-FORMYLMETHIONINE / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Probable ATP-binding protein YbiT / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein bL19
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Singh, S. / Hunt, J.F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: E. coli initiation complex with EQ2-YbiT in Intermediate/PtIM(b) conformation
著者: Singh, S. / Hunt, J.F.
履歴
登録2025年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: Large ribosomal subunit protein uL1
13: Large ribosomal subunit protein uL13
14: 50S ribosomal protein L14
15: Large ribosomal subunit protein uL15
16: 50S ribosomal protein L16
17: Large ribosomal subunit protein bL17
18: Large ribosomal subunit protein uL18
19: 50S ribosomal protein L19
2: 50S ribosomal protein L2
20: Large ribosomal subunit protein bL20
21: Large ribosomal subunit protein bL21
22: Large ribosomal subunit protein uL22
23: Large ribosomal subunit protein uL23
24: Large ribosomal subunit protein uL24
25: Large ribosomal subunit protein bL25
27: Large ribosomal subunit protein bL27
28: 50S ribosomal protein L28
29: Large ribosomal subunit protein uL29
3: 50S ribosomal protein L3
30: 50S ribosomal protein L30
31: Large ribosomal subunit protein bL31
32: 50S ribosomal protein L32
33: Large ribosomal subunit protein bL33
34: 50S ribosomal protein L34
35: Large ribosomal subunit protein bL35
36: 50S ribosomal protein L36
4: Large ribosomal subunit protein uL4
5: 50S ribosomal protein L5
6: Large ribosomal subunit protein uL6
9: Large ribosomal subunit protein bL9
M: mRNA
R1: 23S ribosomal RNA
R2: 5S ribosomal RNA
R3: 16S ribosomal RNA
T: tRNA
Y: Probable ATP-binding protein YbiT
sb: Small ribosomal subunit protein uS2
sc: Small ribosomal subunit protein uS3
sd: 30S ribosomal protein S4
se: Small ribosomal subunit protein uS5
sf: 30S ribosomal protein S6, non-modified isoform
sg: 30S ribosomal protein S7
sh: 30S ribosomal protein S8
si: Small ribosomal subunit protein uS9
sj: 30S ribosomal protein S10
sk: Small ribosomal subunit protein uS11
sl: Small ribosomal subunit protein uS12
sm: 30S ribosomal protein S13
sn: Small ribosomal subunit protein uS14
so: Small ribosomal subunit protein uS15
sp: Small ribosomal subunit protein bS16
sq: Small ribosomal subunit protein uS17
sr: 30S ribosomal protein S18
ss: 30S ribosomal protein S19
st: 30S ribosomal protein S20
su: Small ribosomal subunit protein bS21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,230,238310
ポリマ－2,222,90856
非ポリマー7,331254
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
Large ribosomal subunit protein ... , 19種, 19分子 1131517182021222324252729313335469

#1: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL1 / 50S ribosomal protein L1


分子量: 23392.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplA, b3984, JW3947 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L0
#2: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL13 / 50S ribosomal protein L13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplM, b3231, JW3200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AA10
#4: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL15 / 50S ribosomal protein L15


分子量: 15008.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplO, b3301, JW3263 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02413
#6: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL17 / 50S ribosomal protein L17


分子量: 13721.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplQ, b3294, JW3256 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG44
#7: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL18 / 50S ribosomal protein L18


分子量: 12663.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplR, b3304, JW3266 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C018
#10: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL20


分子量: 13396.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3T7Q7
#11: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL21 / 50S ribosomal protein L21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplU, UTI89_C3620 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1R6F0
#12: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL22 / 50S ribosomal protein L22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplV, UTI89_C3767 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1R610
#13: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 10546.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SQV2
#14: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL24 / 50S ribosomal protein L24


分子量: 11078.874 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7U9LWC1
#15: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL25


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68919
#16: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL27 / 50S ribosomal protein L27


分子量: 8362.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmA, b3185, JW3152 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L8
#18: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SQY2
#21: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL31 / 50S ribosomal protein L31


分子量: 7516.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmE, b3936, JW3907 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M9
#23: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein bL33 / 50S ribosomal protein L33


分子量: 5814.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmG, b3636, JW3611 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7N9
#25: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL35


分子量: 7181.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Q2
#27: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL4 / 50S ribosomal protein L4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplD, eryA, b3319, JW3281 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60723
#29: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL6


分子量: 18801.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SR17
#30: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL9 / 50S ribosomal protein L9


分子量: 15789.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplI, b4203, JW4161 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R1

-
50S ribosomal protein ... , 11種, 11分子 1416192283303234365

#3: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13451.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplN, A13A_03633 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S1NW45
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L16 / Large ribosomal subunit protein uL16


分子量: 15312.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplP, b3313, JW3275 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY7
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13028.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplS, A13A_02795 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S1PSA3
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L2 / Large ribosomal subunit protein uL2


分子量: 29663.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplB, b3317, JW3279 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60422
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 8896.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmB, G925_03874 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E2KZD0
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L3 / Large ribosomal subunit protein uL3


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplC, b3320, JW3282 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60438
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L30 / Large ribosomal subunit protein uL30


分子量: 6423.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmD, b3302, JW3264 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG51
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6332.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmF, ECDEC2D_1303 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A828UBL8
#24: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MGC4
#26: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmJ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E2L017
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20073.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplE, CCU01_002520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4P8BX24

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 MR1R2R3T

#31: RNA鎖 mRNA


分子量: 2886.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#32: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 941322.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 2019144442
#33: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38483.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1815787944
#34: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 498725.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1338015391
#35: RNA鎖 tRNA


分子量: 24807.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 932857508

-
タンパク質 , 1種, 1分子 Y

#36: タンパク質 Probable ATP-binding protein YbiT


分子量: 59924.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ybiT, b0820, JW0804 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A9U3

-
Small ribosomal subunit protein ... , 11種, 11分子 sbscsesiskslsnsospsqsu

#37: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS2 / 30S ribosomal protein S2


分子量: 24253.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsB, b0169, JW0164 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V0
#38: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS3 / 30S ribosomal protein S3


分子量: 23078.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsC, Z4685, ECs4179 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V5
#40: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS5 / 30S ribosomal protein S5


分子量: 16532.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsE, spc, b3303, JW3265 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W1
#44: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS9


分子量: 14554.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SRY2
#46: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS11


分子量: 12388.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SR57
#47: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS12


分子量: 13636.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SQR7
#49: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS14


分子量: 11475.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsN, EIMP300_17810 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8S0FJJ0
#50: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS15 / 30S ribosomal protein S15


分子量: 10159.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsO, secC, b3165, JW3134 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADZ4
#51: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS16


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SYP2
#52: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS17 / 30S ribosomal protein S17


分子量: 9263.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsQ, neaA, b3311, JW3273 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG63
#56: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS21 / 30S ribosomal protein S21


分子量: 7763.073 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsU, b3065, JW3037 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68679

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30S ribosomal protein ... , 9種, 9分子 sdsfsgshsjsmsrssst

#39: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 23383.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SR62
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S6, non-modified isoform


分子量: 11669.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsF, b4200, JW4158 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02358
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S7 / Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 16861.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsG, b3341, JW3303 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02359
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 14015.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsH, ECDEC2D_3910 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A828U358
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11196.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsJ, NRG857_16455 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3EQD3
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 12625.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsM, A13A_03621 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S1P5F8
#53: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 7606.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsR, ECW_m4565 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E0J6I2
#54: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 9057.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsS, ECKIH15140_04691 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7U9LGZ0
#55: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 9506.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3TRH7

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非ポリマー , 5種, 254分子

#57: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#58: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#59: 化合物 ChemComp-FME / N-FORMYLMETHIONINE / N-ホルミルメチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 177.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11NO3S
#60: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#61: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of E. coli 70S ribosome, mRNA, tRNA, YbiT / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#56 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 56.8 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37225 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 53.37 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0035162394
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5569242229
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.034530793
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004413462
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.186262828

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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